El análisis genómico de célula única requiere modelos probabilísticos especializados para reducción de dimensionalidad, corrección de lotes e integración entre diversas modalidades. scvi-tools proporciona modelos generativos profundos basados en PyTorch para el análisis integral de datos de célula única.

La investigación biológica requiere herramientas especializadas para el análisis de secuencias de ADN, árboles filogenéticos y métricas de diversidad. Esta habilidad proporciona orientación para usar scikit-bio para procesar secuencias, calcular diversidad alfa y beta, y realizar pruebas estadísticas en datos de microbioma.

Los científicos pasan horas formateando figuras para envío a revistas. Esta habilidad proporciona estilos preconfigurados de matplotlib, paletas accesibles para daltonismo y herramientas de exportación automatizadas para crear figuras profesionales en minutos en lugar de horas.

Construye presentaciones científicas profesionales para conferencias, seminarios y defensas de tesis. Genera diapositivas con IA con formato consistente, utiliza plantillas LaTeX Beamer y sigue principios de diseño basados en investigación.

Las afirmaciones científicas a menudo pasan desapercibidas a pesar de contener fallas metodológicas, sesgos y conclusiones exageradas. Esta habilidad proporciona marcos sistemáticos para evaluar la calidad de la investigación utilizando metodologías establecidas como GRADE y Cochrane ROB, permitiendo una evaluación precisa de la evidencia.

Los científicos necesitan nuevas direcciones de investigación pero a menudo se quedan atrapados en patrones de pensamiento establecidos. Esta habilidad actúa como un socio colaborativo de ideación para generar hipótesis, explorar conexiones interdisciplinarias inesperadas y desarrollar metodologías innovadoras a través de técnicas de lluvia de ideas estructuradas.

Encontrar investigación actual y artículos académicos requiere tiempo significativo. Esta habilidad utiliza modelos Perplexity Sonar a través de OpenRouter para buscar literatura académica, estudios recientes y documentación técnica con citas automáticas.

Escribir subvenciones de investigación competitivas para agencias federales es complejo y consume tiempo. Esta habilidad proporciona orientación específica de la agencia, plantillas y mejores prácticas para propuestas de NSF, NIH, DOE y DARPA.

Investigar vías biológicas requiere buscar en múltiples bases de datos y realizar análisis estadísticos. Esta habilidad proporciona acceso directo a la API REST de la base de datos Reactome para análisis de enriquecimiento de vías, mapeo gen-vía y consultas de interacciones moleculares.

RDKit es una poderosa biblioteca de quimiocinformática de código abierto para análisis molecular. Esta habilidad proporciona orientación completa para calcular propiedades moleculares, realizar búsquedas de similitud, filtrar compuestos por subestructura y visualizar estructuras químicas.

El desarrollo de computación cuántica requiere comprender el diseño complejo de circuitos, la transpilación y la optimización específica de hardware. Esta habilidad proporciona orientación integral para construir circuitos cuánticos, ejecutar algoritmos como VQE y QAOA en simuladores o hardware real, y visualizar resultados.

Trabajar con conjuntos de datos de descubrimiento de fármacos requiere navegar por fuentes dispersas y formatos inconsistentes. PyTDC proporciona más de 50 conjuntos de datos de ML terapéutico curados con APIs estandarizadas, divisiones significativas y protocolos de evaluación de referencia.

Los ingenieros e investigadores necesitan encontrar compensaciones óptimas entre objetivosconflictivos como costo, peso y rendimiento. Esta habilidad proporciona acceso a NSGA-II, NSGA-III y otros algoritmos evolutivos a través de pymoo para descubrir soluciones óptimas de Pareto para problemas de diseño complejos.

El desarrollo de modelos de aprendizaje automático para la salud requiere comprender formatos complejos de datos clínicos, sistemas de codificación médica y arquitecturas de modelos especializadas. Esta habilidad proporciona orientación integral sobre el uso de PyHealth para construir, entrenar y evaluar modelos de predicción clínica para la predicción de mortalidad, recomendación de medicamentos y tareas de codificación médica.

Identificar genes diferencialmente expresados a partir datos de conteo de RNA-seq bulk con rigor estadístico. PyDESeq2 proporciona flujos de trabajo completos de DESeq2 incluyendo normalización, estimación de dispersión, prueba de Wald, corrección FDR y visualizaciones listas para publicación.

Encontrar investigación biomédica relevante consume tiempo. Esta habilidad proporciona técnicas de búsqueda avanzadas, orientación sobre términos MeSH y documentación de la API de E-utilities para localizar rápidamente artículos, ensayos clínicos y revisiones sistemáticas en la base de datos de PubMed con millones de citas.

Encontrar información química requiere navegar múltiples bases de datos y consultas API complejas. Esta habilidad proporciona acceso unificado a la base de datos PubChem con búsqueda simple por nombre, estructura o identificador, además de recuperación de propiedades y búsquedas de similitud para flujos de trabajo de quimioinformática.

Los científicos pasan horas buscando y documentando protocolos de laboratorio manualmente. Esta habilidad proporciona una integración completa con la API v3 de protocols.io, permitiendo acceso programático para buscar, crear, gestionar y publicar protocolos científicos con funciones de colaboración en equipo.

La revisión por pares de manuscritos científicos requiere una metodología consistente entre disciplinas. Esta habilidad proporciona marcos estructurados para evaluar metodología, estadísticas, reproducibilidad, ética y estándares de reporte para la evaluación integral de manuscritos y subvenciones.

Encontrar estructuras biológicas 3D requiere navegar por múltiples bases de datos y formatos de archivos. Esta habilidad proporciona acceso unificado al repositorio RCSB PDB para buscar, descargar y analizar más de 200,000 estructuras moleculares determinadas experimentalmente y calculadas.