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pdb-database

Name: pdb-database
Author: K-Dense-AI

Seguro ⚙️ Comandos externos🌐 Acceso a red📁 Acceso al sistema de archivos

Buscar estructuras moleculares en el Banco de Datos de Proteínas

También disponible en: davila7

Accede al RCSB Banco de Datos de Proteínas para buscar y descargar estructuras 3D de proteínas y ácidos nucleicos. Esta habilidad permite la investigación en biología estructural, descubrimiento de fármacos e ingeniería de proteínas proporcionando acceso programático a más de 200,000 estructuras moleculares determinadas experimentalmente y modeladas computacionalmente.

Soporta: Claude Codex Code(CC)

📊 69 Adecuado

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Pruébalo

Usando "pdb-database". Encuentra estructuras similares a hemoglobina humana

Resultado esperado:

Se encontraron 5 estructuras similares:
- 4HHB - Hemoglobina (1.74 Å, DIFRACCIÓN DE RAYOS X, Homo sapiens)
- 1HHO - Hemoglobina (2.10 Å, DIFRACCIÓN DE RAYOS X, Pan troglodytes)
- 1A3N - Hemoglobina (2.50 Å, DIFRACCIÓN DE RAYOS X, Equus caballus)
Rango de resolución: 1.74 - 3.20 Å

Auditoría de seguridad

Seguro

v4 • 1/17/2026

This is a legitimate scientific skill for accessing the public RCSB Protein Data Bank. All 232 static findings are false positives. The scanner misinterpreted markdown inline code formatting (backticks) as Ruby shell execution, protein amino acid sequences as Windows SAM database, generic substrings as cryptographic algorithms, and public scientific API endpoints as network threats.

Archivos escaneados

927

Líneas analizadas

hallazgos

Auditorías totales

Factores de riesgo

⚙️ Comandos externos (115)

🌐 Acceso a red (49)

📁 Acceso al sistema de archivos (3)

references/api_reference.md:407 SKILL.md:159 SKILL.md:165

Auditado por: claude Ver historial de auditorías →

Puntuación de calidad

Arquitectura

100

Mantenibilidad

Contenido

Comunidad

100

Seguridad

Cumplimiento de la especificación

Lo que puedes crear

Encontrar complejos diana de fármacos

Buscar complejos proteína-ligando para comprender sitios de unión y diseñar nuevas terapéuticas.

Comparar estructuras mutantes

Encontrar estructuras homólogas y analizar relaciones secuencia-estructura para diseño de proteínas.

Descargar estructuras para análisis

Recuperar coordenadas 3D para análisis computacional, visualización e investigación basada en estructuras.

Prueba estos prompts

Búsqueda básica de estructuras

Encuentra la entrada PDB para hemoglobina y dime su resolución y método experimental.

Búsqueda por secuencia

Encuentra proteínas con secuencias similares a: MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVID

Filtrar por calidad

Encuentra todas las estructuras de proteínas humanas con resolución mejor que 2.0 Angstromos determinadas por cristalografía de rayos X.

Descarga por lotes

Descarga los archivos PDB para las entradas 4HHB, 1MBN y 1GZX en formato mmCIF.

Mejores prácticas

Usa la API de búsqueda para obtener primero los IDs de PDB, luego obtén datos detallados para minimizar llamadas a la API.
Implementa limitación de tasa con retrasos entre solicitudes para evitar alcanzar los límites de la API.
Almacena en caché localmente los datos accedidos frecuentemente para reducir solicitudes de red redundantes.

Evitar

Hacer llamadas individuales a la API en un bucle sin retrasos - esto activará los límites de tasa.
Descargar toda la base de datos cuando solo se necesitan entradas específicas.
No verificar los códigos de estado de respuesta de la API antes de procesar los datos.

Preguntas frecuentes

¿Cuál es la diferencia entre formatos PDB y mmCIF?

PDB es el formato de texto legacy con restricciones de columnas. mmCIF es el estándar moderno que maneja estructuras más grandes y más metadatos.

¿Cómo analizo los archivos de estructura descargados?

Usa PDBParser de BioPython para archivos PDB o el analizador mmCIF para formato mmCIF. Ambos pueden iterar a través de átomos y residuos.

¿Qué es una buena resolución para estructuras cristalográficas?

Las estructuras de alta resolución están por debajo de 2.0 Å. Las estructuras entre 2.0-3.0 Å son de calidad moderada. Por encima de 3.0 Å es de menor resolución.

¿Cómo busco por secuencia de proteína?

Usa SequenceQuery con tu secuencia de aminoácidos. Establece evalue_cutoff e identity_cutoff para filtrar resultados por similitud.

¿Qué son los ensamblajes biológicos?

Los ensamblajes biológicos representan la forma funcional de una macromolécula, que puede diferir de la unidad asimétrica cristalográfica.

¿Puedo buscar estructuras unidas a ligandos?

Sí, usa AttributeQuery con rcsb_nonpolymer_entity_instance_container_identifiers.comp_id para encontrar estructuras que contengan ligandos específicos como ATP o hemo.

Detalles del desarrollador

Autor

K-Dense-AI

Licencia

MIT

Repositorio

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pdb-database

Ref.

main

Estructura de archivos

📁 references/

📄 api_reference.md

📄 evaluation_result.json

📄 SKILL.md