Habilidades kegg-database
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kegg-database

Seguro ⚙️ Comandos externos🌐 Acceso a red📁 Acceso al sistema de archivos

Consultar base de datos KEGG para vías metabólicas y genes

También disponible en: davila7

Los investigadores necesitan acceso eficiente a los datos bioinformáticos de KEGG para el análisis de vías metabólicas y mapeo de genes. Esta habilidad proporciona funciones auxiliares en Python para todas las operaciones de la API REST de KEGG, incluyendo recuperación de vías metabólicas, mapeo genes-vías, búsqueda de compuestos y conversión de identificadores entre bases de datos.

Soporta: Claude Codex Code(CC)
🥉 75 Bronce
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Pruébalo

Usando "kegg-database". Encontrar vías metabólicas asociadas con el gen de glucólisis hsa:10458

Resultado esperado:

  • Vía hsa00010: Glucólisis / Gluconeogénesis
  • Vía hsa01100: Vías metabólicas
  • Vía hsa01200: Metabolismo del carbono
  • Vía hsa01210: Metabolismo de ácidos 2-oxocarboxílicos
  • Vía hsa01230: Biosíntesis de aminoácidos

Usando "kegg-database". Obtener información sobre el fármaco D00001

Resultado esperado:

  • Fármaco: D00001
  • Nombre: Teofilina
  • Clase: Alcaloides de purina
  • Fórmula: C7H8N4O2
  • Blanco: Receptores de adenosina

Usando "kegg-database". Convertir identificador de gen humano de KEGG a UniProt

Resultado esperado:

  • hsa:10458 -> Q9Y5K8
  • hsa:10459 -> Q9Y5K9
  • hsa:10572 -> Q8NHW6

Auditoría de seguridad

Seguro
v4 • 1/17/2026

All 253 static findings are false positives. The scanner incorrectly flags Markdown backticks as Ruby shell execution, KEGG API URLs as suspicious network targets, and bioinformatics identifiers (pathway IDs, gene names) as weak crypto algorithms. This is a legitimate bioinformatics research tool that uses standard urllib for HTTP requests to the official KEGG REST API. No malicious code, command injection, or data exfiltration present.

4
Archivos escaneados
2,232
Líneas analizadas
3
hallazgos
4
Auditorías totales

Factores de riesgo

⚙️ Comandos externos (4)
SKILL.md:24-25 SKILL.md:38-48 references/kegg_reference.md:51-73 references/kegg_reference.md:105-128
🌐 Acceso a red (3)
scripts/kegg_api.py:7-19 scripts/kegg_api.py:35-38 SKILL.md:372
📁 Acceso al sistema de archivos (2)
scripts/kegg_api.py:141-148 scripts/kegg_api.py:228-234
Auditado por: claude Ver historial de auditorías →

Puntuación de calidad

64
Arquitectura
90
Mantenibilidad
87
Contenido
22
Comunidad
100
Seguridad
91
Cumplimiento de la especificación

Lo que puedes crear

Análisis de enriquecimiento de vías metabólicas

Mapear genes de interés a vías metabólicas de KEGG y recuperar información detallada de las vías para estudios de enriquecimiento.

Integración entre bases de datos

Convertir identificadores de genes de KEGG a UniProt, identificadores de NCBI Gene o PubChem para integración con otros pipelines de análisis.

Detección de interacciones farmacológicas

Buscar bases de datos de fármacos y verificar posibles interacciones farmacológicas usando el endpoint DDI de KEGG.

Prueba estos prompts

Listar vías metabólicas 
Usa kegg_list para recuperar todas las vías metabólicas de KEGG para humano (hsa) y muestra los primeros 10 identificadores y nombres de vías.
Buscar genes 
Busca en la base de datos de genes de KEGG entradas que coincidan con 'p53' usando kegg_find y muestra los resultados.
Mapear vías metabólicas 
Usa kegg_link para encontrar todas las vías metabólicas de KEGG que contienen el gen TP53 (hsa:7157) y recupera información básica de cada una.
Convertir identificadores 
Convierte todos los identificadores de genes humanos de KEGG a identificadores de NCBI Gene usando kegg_conv y muestra los primeros 5 pares de mapeo.

Mejores prácticas

  • Guardar en caché los resultados de la API localmente para reducir solicitudes redundantes y respetar los límites de velocidad.
  • Verificar códigos de estado HTTP (200=éxito, 400=solicitud incorrecta, 404=no encontrado) para el manejo de errores.
  • Usar códigos de organismos específicos (hsa, mmu, eco) para reducir resultados y mejorar el rendimiento.

Evitar

  • Hacer solicitudes rápidas sin demoras - viola las directrices de uso de la API de KEGG.
  • Ignorar respuestas de error HTTP - siempre manejar apropiadamente errores 400/404.
  • Solicitar más de 10 entradas en una sola llamada - KEGG limita las operaciones por lotes.

Preguntas frecuentes

¿Qué es KEGG?
KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) es una base de datos para comprender las funciones de alto nivel de los sistemas biológicos a partir de datos genómicos y moleculares.
¿Esta habilidad es gratuita?
La API de KEGG es gratuita para uso académico. Las aplicaciones comerciales requieren una licencia separada de KEGG.
¿Qué organismos se soportan?
KEGG admite miles de organismos incluyendo humano (hsa), ratón (mmu), levaduras (sce) y E. coli (eco).
¿Puedo obtener datos de secuencias?
Sí, usa kegg_get con 'aaseq' para secuencias de proteínas o 'ntseq' para secuencias de nucleótidos.
¿Cómo convierto identificadores de genes?
Usa kegg_conv con la base de datos objetivo (uniprot, ncbi-geneid) y la fuente (código de organismo o identificador de gen específico).
¿Cuáles son los límites de la API?
Máximo 10 entradas por solicitud. Los formatos Image, KGML y JSON permiten solo una entrada a la vez.

Detalles del desarrollador

Licencia

Non-academic use of KEGG requires a commercial license

Repositorio

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/kegg-database

Ref.

main

Estructura de archivos

📁 references/

📄 kegg_reference.md

📁 scripts/

📄 kegg_api.py

📄 SKILL.md