gget
Consultar bases de datos genómicas para información y secuencias de genes
こちらからも入手できます: davila7
gget ofrece acceso unificado a más de 20 bases de datos genómicas mediante una CLI sencilla o una interfaz en Python. Consulta información de genes, recupera secuencias, realiza búsquedas BLAST y ejecuta análisis de enriquecimiento sin gestionar múltiples conexiones API.
スキルZIPをダウンロード
Claudeでアップロード
設定 → 機能 → スキル → スキルをアップロードへ移動
オンにして利用開始
テストする
「gget」を使用しています。 Search for BRCA1 gene in human
期待される結果:
- Found: ENSG00000012048 (BRCA1)
- Description: BRCA1 DNA repair associated
- UniProt ID: P38398
- Chromosome: 17q21.31
- Biotype: protein coding
「gget」を使用しています。 Get tissue expression for ACE2
期待される結果:
- Kidney: median expression 245.3
- Testis: median expression 189.7
- Small intestine: median expression 156.2
- Bladder: median expression 98.4
セキュリティ監査
安全This is legitimate bioinformatics software. All 614 static findings are false positives: markdown code fences were misidentified as Ruby shell execution, hardcoded URLs are public genomic databases (Ensembl, UniProt, NCBI), cryptographic patterns are data integrity checksums, and the critical heuristic is standard bioinformatics behavior (network queries to public APIs + local file operations for results).
リスク要因
🌐 ネットワークアクセス (2)
品質スコア
作れるもの
Consultas rápidas de genes
Recupera rápidamente información, secuencias y anotaciones de genes desde Ensembl, UniProt y NCBI durante la exploración de investigación.
Análisis de enriquecimiento
Ejecuta enriquecimiento de ontología génica y rutas en listas de genes para identificar patrones biológicos y asociaciones funcionales.
Comparación de secuencias
Realiza búsquedas BLAST y recupera estructuras de proteínas para tareas de análisis y comparación de secuencias.
これらのプロンプトを試す
Use gget to search for the gene TP53 in human and return its Ensembl ID, description, and UniProt ID.
Retrieve the nucleotide and protein sequences for Ensembl gene ENSG00000139618 in FASTA format using gget.
Run a BLAST search using gget to find similar sequences to 'MSEQWKAVLFPLLLAAATSL...'. Use the nr database and return top 5 hits.
Run gget enrichr on the gene list ['TP53', 'BRCA1', 'MDM2', 'CDKN1A'] against KEGG Pathways database and show top 10 enriched terms.
ベストプラクティス
- Mantén gget actualizado para adaptarse a los cambios en la estructura de las bases de datos
- Usa la opción -csv para la salida de la CLI y facilitar el análisis
- Limita las consultas grandes para evitar errores de tiempo de espera del servidor
回避
- Ejecutar miles de consultas sin limitación de tasa
- Usar versiones no publicadas de bases de datos en flujos de trabajo reproducibles
- Omitir la validación de resultados cuando el análisis posterior depende de la calidad de los datos