Habilidades gget
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gget

Seguro 🌐 Acceso a red📁 Acceso al sistema de archivos

Consultar bases de datos genómicas para información y secuencias de genes

También disponible en: davila7

gget ofrece acceso unificado a más de 20 bases de datos genómicas mediante una CLI sencilla o una interfaz en Python. Consulta información de genes, recupera secuencias, realiza búsquedas BLAST y ejecuta análisis de enriquecimiento sin gestionar múltiples conexiones API.

Soporta: Claude Codex Code(CC)
🥈 78 Plata
1

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2

Subir en Claude

Ve a Configuración → Capacidades → Skills → Subir skill

3

Activa y empieza a usar

Pruébalo

Usando "gget". Search for BRCA1 gene in human

Resultado esperado:

  • Found: ENSG00000012048 (BRCA1)
  • Description: BRCA1 DNA repair associated
  • UniProt ID: P38398
  • Chromosome: 17q21.31
  • Biotype: protein coding

Usando "gget". Get tissue expression for ACE2

Resultado esperado:

  • Kidney: median expression 245.3
  • Testis: median expression 189.7
  • Small intestine: median expression 156.2
  • Bladder: median expression 98.4

Auditoría de seguridad

Seguro
v4 • 1/17/2026

This is legitimate bioinformatics software. All 614 static findings are false positives: markdown code fences were misidentified as Ruby shell execution, hardcoded URLs are public genomic databases (Ensembl, UniProt, NCBI), cryptographic patterns are data integrity checksums, and the critical heuristic is standard bioinformatics behavior (network queries to public APIs + local file operations for results).

9
Archivos escaneados
3,490
Líneas analizadas
2
hallazgos
4
Auditorías totales

Factores de riesgo

🌐 Acceso a red (2)
references/database_info.md:22 SKILL.md:866-868
📁 Acceso al sistema de archivos (3)
scripts/gene_analysis.py:55-61 scripts/enrichment_pipeline.py:24-25 scripts/batch_sequence_analysis.py:97-98
Auditado por: claude Ver historial de auditorías →

Puntuación de calidad

68
Arquitectura
100
Mantenibilidad
85
Contenido
30
Comunidad
100
Seguridad
91
Cumplimiento de la especificación

Lo que puedes crear

Consultas rápidas de genes

Recupera rápidamente información, secuencias y anotaciones de genes desde Ensembl, UniProt y NCBI durante la exploración de investigación.

Análisis de enriquecimiento

Ejecuta enriquecimiento de ontología génica y rutas en listas de genes para identificar patrones biológicos y asociaciones funcionales.

Comparación de secuencias

Realiza búsquedas BLAST y recupera estructuras de proteínas para tareas de análisis y comparación de secuencias.

Prueba estos prompts

Búsqueda básica de genes 
Use gget to search for the gene TP53 in human and return its Ensembl ID, description, and UniProt ID.
Recuperación de secuencias 
Retrieve the nucleotide and protein sequences for Ensembl gene ENSG00000139618 in FASTA format using gget.
Búsqueda BLAST 
Run a BLAST search using gget to find similar sequences to 'MSEQWKAVLFPLLLAAATSL...'. Use the nr database and return top 5 hits.
Análisis de enriquecimiento 
Run gget enrichr on the gene list ['TP53', 'BRCA1', 'MDM2', 'CDKN1A'] against KEGG Pathways database and show top 10 enriched terms.

Mejores prácticas

  • Mantén gget actualizado para adaptarse a los cambios en la estructura de las bases de datos
  • Usa la opción -csv para la salida de la CLI y facilitar el análisis
  • Limita las consultas grandes para evitar errores de tiempo de espera del servidor

Evitar

  • Ejecutar miles de consultas sin limitación de tasa
  • Usar versiones no publicadas de bases de datos en flujos de trabajo reproducibles
  • Omitir la validación de resultados cuando el análisis posterior depende de la calidad de los datos

Preguntas frecuentes

¿Qué bases de datos consulta gget?
gget consulta más de 20 bases de datos, incluidas Ensembl, UniProt, NCBI, PDB, KEGG, AlphaFold y ARCHS4.
¿gget requiere autenticación?
No, gget consulta bases de datos genómicas públicas que no requieren claves API para el uso estándar.
¿Puedo usar gget en scripts de Python?
Sí, gget funciona tanto como herramienta CLI como paquete de Python. Importa gget y llama directamente a gget.module().
¿Cómo gestiona gget los límites de tasa?
gget incluye limitación de tasa incorporada. Para consultas de alto volumen, considera añadir retrasos entre solicitudes.
¿Qué especies son compatibles?
gget admite todas las especies en Ensembl, incluidas humanas, ratón, rata, mosca, gusano, levadura y muchas más.
¿Qué tan precisos son los resultados de enriquecimiento?
Enrichr proporciona enriquecimiento estadístico mediante prueba hipergeométrica. Ajusta los umbrales de valor p según las necesidades de tu análisis.

Detalles del desarrollador

Licencia

BSD-2-Clause license

Repositorio

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/gget

Ref.

main

Estructura de archivos

📁 references/

📄 database_info.md

📄 module_reference.md

📄 workflows.md

📁 scripts/

📄 batch_sequence_analysis.py

📄 enrichment_pipeline.py

📄 gene_analysis.py

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md