Habilidades brenda-database
E

brenda-database

Riesgo bajo 🌐 Acceso a red📁 Acceso al sistema de archivos⚡ Contiene scripts

Consultar datos enzimáticos de la base de datos BRENDA

También disponible en: davila7

Accede a datos cinéticos enzimáticos completos de la base de datos de enzimas más grande del mundo. Encuentra valores de Km, ecuaciones de reacción, parámetros específicos de organismos y datos de especificidad de sustrato para investigación bioquímica e ingeniería metabólica.

Soporta: Claude Codex Code(CC)
📊 71 Adecuado
1

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Pruébalo

Usando "brenda-database". Get Km values for alcohol dehydrogenase (EC 1.1.1.1) for human and yeast

Resultado esperado:

  • Alcohol Dehydrogenase (EC 1.1.1.1) Kinetic Data:
  •  
  • Homo sapiens:
  • - Average Km: 0.34 mM (ethanol)
  • - Optimal pH: 8.0-9.0
  • - Temperature: 25C (data points: 15)
  •  
  • Saccharomyces cerevisiae:
  • - Average Km: 1.2 mM (ethanol)
  • - Optimal pH: 7.0-8.0
  • - Temperature: 30C (data points: 8)
  •  
  • Cofactors: NAD+ required for both organisms

Auditoría de seguridad

Riesgo bajo
v4 • 1/17/2026

The brenda-database skill is a legitimate scientific tool for accessing enzyme data from the BRENDA database. All 436 static findings are false positives triggered by documentation formatting (backtick characters for code blocks), legitimate BRENDA API authentication (SHA-256 password hashing), and biochemical terminology (NAD+, ATP as cofactors, not C2 commands). The codebase performs authorized SOAP API queries to a public scientific database and exports research data. No malicious behavior, data exfiltration, or unauthorized access patterns were found.

7
Archivos escaneados
4,388
Líneas analizadas
3
hallazgos
4
Auditorías totales

Factores de riesgo

🌐 Acceso a red (1)
references/api_reference.md:10-12
📁 Acceso al sistema de archivos (1)
scripts/brenda_queries.py:756-766
⚡ Contiene scripts (1)
scripts/brenda_queries.py:33-64
Auditado por: claude Ver historial de auditorías →

Puntuación de calidad

64
Arquitectura
100
Mantenibilidad
81
Contenido
21
Comunidad
90
Seguridad
74
Cumplimiento de la especificación

Lo que puedes crear

Análisis cinético enzimático

Recuperar valores de Km y kcat para caracterizar el comportamiento de enzimas y comparar entre organismos.

Diseño de vías metabólicas

Encontrar enzimas para reacciones específicas y optimizar condiciones para la construcción de vías metabólicas.

Extracción de datos de literatura

Extraer parámetros enzimáticos de datos publicados de BRENDA para modelado computacional y análisis.

Prueba estos prompts

Consulta básica 
Get Km values for alcohol dehydrogenase (EC 1.1.1.1) from BRENDA.
Filtro por organismo 
Find Km values for EC 1.1.1.1 in Escherichia coli and Homo sapiens.
Búsqueda de reacciones 
Find all reactions involving glucose and their enzyme EC numbers.
Constructor de vías 
Find the enzymatic pathway to produce lactate from pyruvate including all required cofactors.

Mejores prácticas

  • Almacenar credenciales de BRENDA en variables de entorno para autenticación segura
  • Agregar retardos de limitación de velocidad (0.5-1 segundo) entre llamadas a la API para evitar límites de tasa
  • Usar números EC específicos y filtros de organismo para reducir el volumen de datos y mejorar los tiempos de respuesta

Evitar

  • Hacer solicitudes concurrentes a la API sin retardos activará la limitación de tasa
  • Usar comodines para búsquedas amplias sin limitar resultados puede devolver conjuntos de datos masivos
  • No almacenar en caché los resultados de consultas repetidas desperdicia cuota de API y ralentiza el rendimiento

Preguntas frecuentes

¿Necesito una cuenta de BRENDA?
Sí, debe registrarse en brenda-enzymes.org para obtener credenciales de API.
¿Qué es un número EC?
Los números de Comisión de Enzimas clasifican las enzimas (por ejemplo, 1.1.1.1 para alcohol deshidrogenasa).
¿Qué representa Km?
La constante de Michaelis - la concentración de sustrato a la velocidad de reacción máxima media.
¿Cuántas solicitudes puedo hacer?
BRENDA recomienda 1 solicitud por segundo para uso sostenido.
¿Qué formatos de datos están soportados?
Exportar a formatos CSV, JSON o Excel para análisis posterior.
¿Puedo buscar por organismo?
Sí, filtre consultas por nombre de organismo para obtener datos enzimáticos específicos de especie.

Detalles del desarrollador

Licencia

MIT

Repositorio

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/brenda-database

Ref.

main

Estructura de archivos

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 brenda_queries.py

📄 brenda_visualization.py

📄 enzyme_pathway_builder.py

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md