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biopython

Name: biopython
Author: K-Dense-AI

Seguro 🔑 Variables de entorno⚙️ Comandos externos📁 Acceso al sistema de archivos🌐 Acceso a red

Analizar secuencias biológicas con Biopython

También disponible en: davila7

Procesa secuencias de ADN, ARN y proteínas de manera eficiente usando Biopython. Accede a bases de datos NCBI programáticamente, realiza alineaciones de secuencias y automatiza canalizaciones complejas de bioinformática para aplicaciones de investigación.

Soporta: Claude Codex Code(CC)

📊 71 Adecuado

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Ve a Configuración → Capacidades → Skills → Subir skill

Activa y empieza a usar

Pruébalo

Usando "biopython". Leer un archivo GenBank e imprimir información sobre cada registro

Resultado esperado:

ID del registro: NC_001416
Descripción: Bacteriofago lambda de Escherichia coli, genoma completo
Longitud de la secuencia: 48502 pb
Contenido de GC: 49,23%
Características: 73 en total (genes, promotores, operadores)

Usando "biopython". Buscar en PubMed CRISPR y obtener los primeros 5 resultados

Resultado esperado:

Se encontraron 15432 resultados para 'CRISPR'
PMIDs: 37253479, 37253478, 37253477, 37253476, 37253475
Primer resultado: Título, Autores, Información de la revista

Auditoría de seguridad

Seguro

v4 • 1/17/2026

All 546 static findings are FALSE POSITIVES. This skill contains only markdown documentation files with Python code examples for Biopython. The scanner misidentified markdown code block delimiters as shell commands, Biopython module names (Bio.Align, Bio.Phylo) as cryptographic algorithms, and documentation placeholders as real secrets. No executable code exists. This is a legitimate scientific documentation skill.

Archivos escaneados

3,743

Líneas analizadas

hallazgos

Auditorías totales

Factores de riesgo

🔑 Variables de entorno (7)

evaluation_output.json:48 evaluation_output.json:188 references/databases.md:26 references/databases.md:26 skill-report.json:219 SKILL.md:59 SKILL.md:59

⚙️ Comandos externos (415)

📁 Acceso al sistema de archivos (6)

references/advanced.md:71 references/advanced.md:465 references/advanced.md:85 references/blast.md:28 references/blast.md:403 SKILL.md:343

🌐 Acceso a red (8)

references/databases.md:35 references/databases.md:25 skill-report.json:219 skill-report.json:6 SKILL.md:409 SKILL.md:410 SKILL.md:411 SKILL.md:412

Auditado por: claude Ver historial de auditorías →

Puntuación de calidad

Arquitectura

Mantenibilidad

Contenido

Comunidad

100

Seguridad

100

Cumplimiento de la especificación

Lo que puedes crear

Procesamiento de secuencias por lotes

Procesar archivos FASTA grandes, calcular contenido de GC, traducir secuencias y preparar datos para análisis posteriores.

Construir canalizaciones de análisis

Crear flujos de trabajo automatizados para recuperación de secuencias, alineación, filogenética y análisis de resultados.

Aprender bioinformática

Explorar operaciones de secuencias, acceso a bases de datos y bioinformática estructural a través de ejemplos prácticos.

Prueba estos prompts

Leer archivos de secuencias

Muéstrame cómo leer un archivo FASTA y extraer registros de secuencias usando Bio.SeqIO.

Acceso a bases de datos NCBI

Escribe código para buscar en PubMed usando Bio.Entrez y obtener los primeros 10 resultados para una consulta sobre proteína quinasa.

Alineación de secuencias

Realizar una alineación global por pares entre dos secuencias de ADN usando Bio.Align y mostrarme la puntuación de alineación.

Estructura de proteínas

Cargar un archivo PDB y calcular la distancia entre dos átomos de carbono alfa en una cadena de proteína.

Mejores prácticas

Siempre establece Entrez.email al acceder a bases de datos NCBI para cumplir con su política de uso
Usa iteradores como SeqIO.parse() para archivos grandes para evitar cargar todo en memoria
Almacena en caché las secuencias descargadas para evitar solicitudes de red redundantes y respetar los límites de velocidad

Evitar

No codificar claves API en scripts; usar variables de entorno en su lugar
No omitir el manejo de errores para operaciones de red que pueden fallar por problemas de conectividad
No procesar alineaciones grandes sin verificar primero los requisitos de memoria

Preguntas frecuentes

¿Qué formatos de archivo soporta Biopython?

FASTA, GenBank, FASTQ, EMBL, SwissProt, PDB, mmCIF, y muchos más formatos de alineación.

¿Cómo accedo a las bases de datos NCBI?

Usa Bio.Entrez con tu correo electrónico configurado. Busca con esearch, obtén con efetch y analiza resultados con Entrez.read.

¿Puede Biopython ejecutar búsquedas BLAST locales?

Sí, pero requiere NCBI BLAST+ instalado por separado. Usa Bio.Blast.Applications para ejecución desde línea de comandos.

¿Cómo calculo propiedades de secuencias?

Usa Bio.SeqUtils para contenido de GC, peso molecular, temperatura de fusión y análisis de proteínas.

¿Cuál es la diferencia entre parse y read?

parse() devuelve un iterador para múltiples registros; read() espera exactamente un registro en el archivo.

¿Cómo manejo los límites de velocidad con NCBI?

Establece Entrez.api_key para 10 solicitudes por segundo, o usa 3 por segundo sin clave. Añade retardos entre solicitudes.

Detalles del desarrollador

Autor

K-Dense-AI

Licencia

BSD-3-Clause

Repositorio

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/biopython

Ref.

main

Estructura de archivos

📁 references/

📄 advanced.md

📄 alignment.md

📄 blast.md

📄 databases.md

📄 phylogenetics.md

📄 sequence_io.md

📄 structure.md

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md