biomni
Automatizar la investigación biomédica con agentes de IA
Auch verfügbar von: davila7
Biomni transforma la investigación biomédica compleja ejecutando autónomamente tareas de análisis de múltiples pasos. Los investigadores pueden centrarse en las preguntas científicas mientras la IA maneja el procesamiento de datos, la revisión de literatura y el análisis computacional en genómica, descubrimiento de fármacos y dominios clínicos.
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Teste es
Verwendung von "biomni". Diseñar una pantalla CRISPR para reguladores de autofagia
Erwartetes Ergebnis:
- Generated sgRNA library with 76,230 guides targeting 19,057 genes
- Designed 4 sgRNAs per gene with on-target scores above 0.7
- Included positive controls: ATG5, BECN1, ULK1, mTOR
- Prioritized 347 candidate genes based on pathway analysis
- Provided Python code for screen analysis pipeline
Verwendung von "biomni". Analizar RNA-seq de célula única de muestras de tumor
Erwartetes Ergebnis:
- Identified 12 distinct cell populations via clustering
- Annotated major immune cell types: T cells, B cells, macrophages
- Found 3 novel cell clusters with unknown markers
- Differential expression revealed 234 upregulated genes in tumor region
Sicherheitsaudit
Niedriges RisikoThe static analysis flagged 415 patterns, but 95% are FALSE POSITIVES from markdown documentation. The backtick patterns are markdown code delimiters, not shell execution. The API key patterns show example environment variable names in documentation, not actual secrets. The skill is a legitimate Stanford SNAP lab biomedical research framework. The code execution + network + credential combination is the intended design for an AI agent that generates bioinformatics analysis code. Proper security warnings are documented recommending sandboxed execution.
Risikofaktoren
⚙️ Externe Befehle (3)
🔑 Umgebungsvariablen (2)
📁 Dateisystemzugriff (2)
🌐 Netzwerkzugriff (1)
Qualitätsbewertung
Was du bauen kannst
Diseñar pantallas CRISPR de todo el genoma
Automatizar el diseño de bibliotecas sgRNA, priorización de genes y análisis de efectos de knockout para estudios de genómica funcional
Procesar datos de secuenciación de célula única
Realizar control de calidad, clustering, anotación de tipos celulares y análisis de expresión diferencial
Predecir propiedades ADMET de compuestos
Evaluar absorción, distribución, metabolismo, excreción y toxicidad para candidatos a fármacos
Probiere diese Prompts
Design a CRISPR knockout screen to identify genes regulating autophagy in HEK293 cells. Include sgRNA library design, positive/negative controls, and gene prioritization based on pathway relevance.
Analyze this single-cell RNA-seq dataset: perform QC, identify cell populations via clustering, annotate cell types using marker genes, and conduct differential expression. File: path/to/data.h5ad
Interpret GWAS results for Type 2 Diabetes: identify genome-wide significant variants, map to causal genes, perform pathway enrichment, and predict functional consequences
Predict ADMET properties for these compounds: [SMILES strings]. Focus on Caco-2 permeability, plasma protein binding, CYP450 interactions, clearance, and hERG toxicity
Bewährte Verfahren
- Especificar el contexto biológico incluyendo organismo, tipo celular y condiciones experimentales
- Proporcionar rutas de archivos cuando se analizan conjuntos de datos
- Establecer restricciones computacionales para análisis complejos
- Guardar el historial de conversación para reproducibilidad
Vermeiden
- Ejecutar sin revisar el código generado en entornos de producción
- Compartir claves de API o credenciales en entornos compartidos
- Procesar datos clínicos sensibles sin la autorización adecuada
- Ignorar la configuración de timeout para análisis de larga duración
Häufig gestellte Fragen
¿Es seguro usar biomni?
¿Qué proveedores de LLM soporta biomni?
¿Cuántos datos descarga biomni?
¿Puede biomni analizar mis datos experimentales?
¿Qué dominios cubre biomni?
¿Cómo cito biomni?
Entwicklerdetails
Autor
K-Dense-AILizenz
Apache-2.0 license
Repository
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/biomniRef
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