Habilidades busco-phylogeny
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busco-phylogeny
Revisión del contenido r2 Riesgo alto ⚙️ Comandos externos🌐 Acceso a red📁 Acceso al sistema de archivos
Generar flujos de trabajo de filogenómica con BUSCO
La filogenómica a partir de ensamblajes genómicos requiere muchas herramientas, scripts de planificador y controles de calidad. Esta habilidad guía la extracción de ortólogos con BUSCO o compleasm, el alineamiento, el recorte, la inferencia de árboles y la redacción de métodos.
Compatible con: Claude Codex Code(CC)
Detente y solicita confirmación antes de instalar.
Revisa el plan y obtén el consentimiento explícito del usuario antes de modificar archivos.
Instalar con mi Agente
Copia esta solicitud en tu Agente. Incluye la página canónica del Skill y el manifiesto.
Solicitud de agente
Review the Skillstore skill "busco-phylogeny" from https://skillstore.io/skills/brunoasm-busco-phylogeny.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/brunoasm-busco-phylogeny/manifest. Verify the artifact. Stop and obtain explicit user consent before installing or changing files.Tu Agente debe seguir mostrando su plan y solicitar cualquier confirmación exigida por la política de seguridad.
Recursos legibles por agentes
Usa estos enlaces cuando un agente de IA, crawler o script necesite contexto limpio en vez de leer la página completa.
Pruébalo
Usando "busco-phylogeny". Tengo 24 ensamblajes genómicos de insectos y acceso a un clúster SLURM.
Resultado esperado:
- Un plan estructurado de flujo de trabajo con preguntas requeridas, linaje BUSCO recomendado, diseño de directorios y estrategia de planificador.
- Una secuencia de scripts de trabajo generados para descubrimiento de ortólogos, control de calidad, alineamiento, recorte e inferencia de árboles.
- Una lista de comprobación final de archivos de árboles esperados, informes de control de calidad y texto de métodos.
Usando "busco-phylogeny". Conozco el taxón, pero todavía no tengo accesiones de ensamblajes de NCBI.
Resultado esperado:
- Un paso guiado de descubrimiento de ensamblajes de NCBI con criterios de selección para nivel de ensamblaje y estado RefSeq.
- Un plan de recopilación de accesiones y próximos pasos para la descarga de genomas y el renombrado de muestras.
Usando "busco-phylogeny". Comprueba si mis scripts de filogenómica están listos para una ejecución en el clúster.
Resultado esperado:
- Un informe de validación que cubre opciones de herramientas, continuidad de entradas y salidas, solicitudes de recursos y supuestos conocidos del planificador.
- Correcciones concretas para aplicar antes de enviar trabajos grandes.
Auditoría de seguridad
Riesgo altov9 • 23/7/2026 Abrir el informe versionado
Most static matches are benign workflow syntax, documentation markup, fixed relative paths, or safe argument-list subprocess calls. Confirmed risks include eval-based command injection, unverified executable downloads, and predictable shared temporary directories. No prompt injection, credential collection, or data-exfiltration intent was found. Static review was capped at 400/549 representative findings; omitted static matches are unconfirmed, so automatic publishing stays disabled until manual review.
29
Archivos escaneados
8,659
Líneas analizadas
32
Elementos de revisión
0
Falsos positivos ignorados
Preocupaciones de seguridad confirmadas (1)
Alto
Command Injection Through Eval
run_aliscore.sh concatenates user-controlled option values and an alignment basename into ALISCORE_CMD, then executes the string with eval. A crafted -o, -t, -w, -r, or filename value can run arbitrary shell commands.
The option parser directly appends positional values to a command string, and line 217 passes that string to eval. Shell metacharacters in those values are therefore interpreted as commands.
Elementos de revisión de capacidades (32)
Estas son capacidades locales reales que pueden esperarse para esta habilidad, por lo que requieren revisión, pero no se cuentan como comportamiento malicioso confirmado.
Alto
Hardcoded URL
GITHUB_BASE="https://raw.githubusercontent.com/brunoasm/my_claude_skills/main/phylo_from_buscos/scri
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
Alto
Hardcoded URL
if wget -q https://github.com/PatrickKueck/AliCUT/raw/master/Aliscore_v.2.0/Aliscore.02.2.pl -O scri
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
Alto
Hardcoded URL
wget -q https://github.com/PatrickKueck/AliCUT/raw/master/ALICUT_V2.3.1/ALICUT_V2.31.pl -O scripts/A
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
Alto
Hardcoded URL
wget -q https://github.com/PatrickKueck/AliCUT/raw/master/Aliscore_v.2.0/Aliscore_module.pm -O scrip
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
Alto
Hardcoded URL
wget https://raw.githubusercontent.com/PatrickKueck/AliCUT/master/Aliscore.02.2.pl
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
Alto
Hardcoded URL
wget https://raw.githubusercontent.com/PatrickKueck/AliCUT/master/Aliscore_module.pm
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
Alto
Hardcoded URL
wget https://raw.githubusercontent.com/PatrickKueck/AliCUT/master/ALICUT_V2.31.pl
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
Alto
Hardcoded URL
wget https://raw.githubusercontent.com/PatrickKueck/FASconCAT-G/master/FASconCAT-G_v1.06.1.pl
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
Alto
Hardcoded URL
wget https://github.com/iqtree/iqtree2/releases/download/v2.3.6/iqtree-2.3.6-Linux-intel.tar.gz
The instructions download an executable archive or installer without a checksum or signature before installation or execution. Compromise of the hosted artifact would allow code execution in the user's environment.
Alto
Hardcoded URL
wget https://github.com/iqtree/iqtree2/releases/download/v2.3.6/iqtree-2.3.6-macOS-intel.tar.gz
The instructions download an executable archive or installer without a checksum or signature before installation or execution. Compromise of the hosted artifact would allow code execution in the user's environment.
Alto
Hardcoded URL
wget https://github.com/iqtree/iqtree2/releases/download/v2.3.6/iqtree-2.3.6-macOS-arm.tar.gz
The instructions download an executable archive or installer without a checksum or signature before installation or execution. Compromise of the hosted artifact would allow code execution in the user's environment.
Alto
Hardcoded URL
wget https://github.com/smirarab/ASTRAL/raw/master/Astral.5.7.8.zip
The instructions download an executable archive or installer without a checksum or signature before installation or execution. Compromise of the hosted artifact would allow code execution in the user's environment.
Alto
Hardcoded URL
wget https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-Linux-x86_64.sh
The instructions download an executable archive or installer without a checksum or signature before installation or execution. Compromise of the hosted artifact would allow code execution in the user's environment.
Alto
Hardcoded URL
wget https://raw.githubusercontent.com/PatrickKueck/FASconCAT-G/master/FASconCAT-G_v1.06.1.pl -O FAS
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
Medio
Temp directory access
mkdir -p /tmp/phylo_downloads
The installation example reuses a predictable shared /tmp directory instead of creating a private directory. This permits local collisions and precreation attacks on installation artifacts.
Medio
Temp directory access
cd /tmp/phylo_downloads
The installation example enters a predictable shared /tmp directory without checking ownership or permissions. Another local process can precreate that path and influence downloaded installation files.
Medio
Temp directory access
rm -rf /tmp/phylo_downloads
The installation example recursively deletes a fixed shared /tmp path. Concurrent runs or a preexisting directory can cause cross-run data loss, so a private mktemp directory is required.
Medio
Temp directory access
mkdir -p /tmp/phylo_downloads
The installation example reuses a predictable shared /tmp directory instead of creating a private directory. This permits local collisions and precreation attacks on installation artifacts.
Medio
Temp directory access
cd /tmp/phylo_downloads
The installation example enters a predictable shared /tmp directory without checking ownership or permissions. Another local process can precreate that path and influence downloaded installation files.
Medio
Temp directory access
rm -rf /tmp/phylo_downloads
The installation example recursively deletes a fixed shared /tmp path. Concurrent runs or a preexisting directory can cause cross-run data loss, so a private mktemp directory is required.
Medio
Temp directory access
mkdir -p /tmp/phylo_downloads
The installation example reuses a predictable shared /tmp directory instead of creating a private directory. This permits local collisions and precreation attacks on installation artifacts.
Medio
Temp directory access
cd /tmp/phylo_downloads
The installation example enters a predictable shared /tmp directory without checking ownership or permissions. Another local process can precreate that path and influence downloaded installation files.
Medio
Temp directory access
rm -rf /tmp/phylo_downloads
The installation example recursively deletes a fixed shared /tmp path. Concurrent runs or a preexisting directory can cause cross-run data loss, so a private mktemp directory is required.
Medio
Temp directory access
mkdir -p /tmp/phylo_downloads
The installation example reuses a predictable shared /tmp directory instead of creating a private directory. This permits local collisions and precreation attacks on installation artifacts.
Medio
Temp directory access
cd /tmp/phylo_downloads
The installation example enters a predictable shared /tmp directory without checking ownership or permissions. Another local process can precreate that path and influence downloaded installation files.
Medio
Temp directory access
rm -rf /tmp/phylo_downloads
The installation example recursively deletes a fixed shared /tmp path. Concurrent runs or a preexisting directory can cause cross-run data loss, so a private mktemp directory is required.
Medio
Temp directory access
mkdir -p /tmp/phylo_downloads
The installation example reuses a predictable shared /tmp directory instead of creating a private directory. This permits local collisions and precreation attacks on installation artifacts.
Medio
Temp directory access
cd /tmp/phylo_downloads
The installation example enters a predictable shared /tmp directory without checking ownership or permissions. Another local process can precreate that path and influence downloaded installation files.
Medio
Temp directory access
rm -rf /tmp/phylo_downloads
The installation example recursively deletes a fixed shared /tmp path. Concurrent runs or a preexisting directory can cause cross-run data loss, so a private mktemp directory is required.
Medio
Temp directory access
mkdir -p /tmp/phylo_downloads
The installation example reuses a predictable shared /tmp directory instead of creating a private directory. This permits local collisions and precreation attacks on installation artifacts.
Medio
Temp directory access
cd /tmp/phylo_downloads
The installation example enters a predictable shared /tmp directory without checking ownership or permissions. Another local process can precreate that path and influence downloaded installation files.
Medio
Temp directory access
rm -rf /tmp/phylo_downloads
The installation example recursively deletes a fixed shared /tmp path. Concurrent runs or a preexisting directory can cause cross-run data loss, so a private mktemp directory is required.
Factores de riesgo
⚙️ Comandos externos (50)
references/REFERENCE.md:2204 references/REFERENCE.md:2219-2221 references/REFERENCE.md:89 references/REFERENCE.md:195 references/REFERENCE.md:219 references/REFERENCE.md:748 references/REFERENCE.md:752 references/REFERENCE.md:953 references/REFERENCE.md:958 references/REFERENCE.md:1010 references/REFERENCE.md:1180 references/REFERENCE.md:1357 references/REFERENCE.md:1481 references/REFERENCE.md:1482 references/REFERENCE.md:1512 references/REFERENCE.md:1513 references/REFERENCE.md:1543 references/REFERENCE.md:1544 references/REFERENCE.md:1567 references/REFERENCE.md:1579 references/REFERENCE.md:1614 references/REFERENCE.md:1651 references/REFERENCE.md:1652 references/REFERENCE.md:1677 references/REFERENCE.md:1678 references/REFERENCE.md:1694 references/REFERENCE.md:1716 references/REFERENCE.md:1750 references/REFERENCE.md:1751 references/REFERENCE.md:1772 references/REFERENCE.md:1773 references/REFERENCE.md:1788 references/REFERENCE.md:1812 references/REFERENCE.md:1813 references/REFERENCE.md:1828 references/REFERENCE.md:1851 references/REFERENCE.md:1852 references/REFERENCE.md:1867 references/REFERENCE.md:2006 references/REFERENCE.md:2007 references/REFERENCE.md:2039 references/REFERENCE.md:2040 references/REFERENCE.md:2068 references/REFERENCE.md:2098 references/REFERENCE.md:180 references/REFERENCE.md:204 references/REFERENCE.md:228 references/REFERENCE.md:670 references/REFERENCE.md:952 references/REFERENCE.md:957
🌐 Acceso a red (33)
references/REFERENCE.md:685 references/REFERENCE.md:769 references/REFERENCE.md:785 references/REFERENCE.md:786 references/REFERENCE.md:787 references/REFERENCE.md:792 references/REFERENCE.md:934 references/REFERENCE.md:935 references/REFERENCE.md:938 references/REFERENCE.md:998 references/REFERENCE.md:1045 references/REFERENCE.md:1070 references/REFERENCE.md:1095 references/REFERENCE.md:1133 references/REFERENCE.md:1303 references/REFERENCE.md:2177 references/REFERENCE.md:2179 references/REFERENCE.md:2181 references/REFERENCE.md:2183 references/REFERENCE.md:2185 references/REFERENCE.md:2187 references/REFERENCE.md:2189 references/REFERENCE.md:2191 references/REFERENCE.md:2193 references/REFERENCE.md:2195 references/REFERENCE.md:2197 scripts/query_ncbi_assemblies.py:6 scripts/query_ncbi_assemblies.py:24 scripts/run_alicut.sh:35 scripts/run_aliscore.sh:40 SKILL.md:212 SKILL.md:284 SKILL.md:515
📁 Acceso al sistema de archivos (50)
references/REFERENCE.md:518 references/REFERENCE.md:1649 references/REFERENCE.md:1656 references/REFERENCE.md:1675 references/REFERENCE.md:1680 references/REFERENCE.md:1691 references/REFERENCE.md:1697 references/REFERENCE.md:1711 references/REFERENCE.md:1718 references/REFERENCE.md:1747 references/REFERENCE.md:1753 references/REFERENCE.md:1769 references/REFERENCE.md:1775 references/REFERENCE.md:1785 references/REFERENCE.md:1789 references/REFERENCE.md:1810 references/REFERENCE.md:1815 references/REFERENCE.md:1825 references/REFERENCE.md:1829 references/REFERENCE.md:1849 references/REFERENCE.md:1854 references/REFERENCE.md:1864 references/REFERENCE.md:1868 references/REFERENCE.md:191 references/REFERENCE.md:215 references/REFERENCE.md:231 references/REFERENCE.md:1475 references/REFERENCE.md:1508 references/REFERENCE.md:1535 references/REFERENCE.md:1562 references/REFERENCE.md:1608 references/REFERENCE.md:1645 references/REFERENCE.md:1672 references/REFERENCE.md:1687 references/REFERENCE.md:1707 references/REFERENCE.md:1743 references/REFERENCE.md:1766 references/REFERENCE.md:1781 references/REFERENCE.md:1806 references/REFERENCE.md:1821 references/REFERENCE.md:1845 references/REFERENCE.md:1860 references/REFERENCE.md:1889 references/REFERENCE.md:1925 references/REFERENCE.md:1946 references/REFERENCE.md:2000 references/REFERENCE.md:2034 references/REFERENCE.md:2056 references/REFERENCE.md:2090 references/REFERENCE.md:191
Auditado por: codex Ver historial de auditorías →
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<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/brunoasm-busco-phylogeny.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>Citas académicas (APA · BibTeX · CFF)
Cita APA
brunoasm. (2026). busco-phylogeny security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/brunoasm-busco-phylogeny/audits/9Cita BibTeX
@techreport{brunoasm-brunoasm-busco-phylogeny-2026,
author = {brunoasm},
title = {busco-phylogeny security audit report (audit version 9)},
institution = {Skillstore},
year = {2026},
number = {9},
url = {https://skillstore.io/skills/brunoasm-busco-phylogeny/audits/9},
note = {Author version unspecified}
}CITATION.cff
cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "busco-phylogeny security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
- name: "brunoasm"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/brunoasm-busco-phylogeny/audits/9"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:brunoasm-busco-phylogeny:audit:9"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
Puntuación de Skillstore
Por qué esta puntuación Confianza de la evidencia: Medio 77
Arquitectura
85
Mantenibilidad
87
Contenido
70
Comunidad
74
Cumplimiento de la especificación
Lo que puedes crear
Construir una filogenia genómica
Crear un flujo de trabajo completo desde ensamblajes genómicos hasta resultados concatenados y de árbol de especies.
Preparar trabajos de clúster
Generar scripts específicos del planificador para los pasos de compleasm, alineamiento, recorte e inferencia de árboles.
Documentar un pipeline de filogenómica
Producir resúmenes de control de calidad, listas de comprobación de salidas y borradores de texto de métodos con citas de herramientas.
Prueba estos prompts
Iniciar un flujo de trabajo básico
Genera un flujo de trabajo de filogenómica con BUSCO para mis ensamblajes genómicos locales. Hazme primero las preguntas requeridas y luego recomienda la estructura de directorios y los primeros pasos de configuración.
Encontrar ensamblajes de NCBI
Ayúdame a encontrar ensamblajes genómicos de NCBI para mi taxón focal, elegir accesiones apropiadas y prepararlos para una filogenia con BUSCO o compleasm.
Crear scripts de planificador
Crea scripts de SLURM o PBS para compleasm, alineamiento con MAFFT, recorte, IQ-TREE y ASTRAL usando mi número de genomas, límites de CPU, memoria, walltime y linaje BUSCO.
Optimizar y validar el pipeline
Revisa mi flujo de trabajo de filogenómica planificado en cuanto a asignación de recursos, continuidad de rutas, opciones de herramientas, modelos de sustitución y controles de validación faltantes antes de ejecutarlo en el clúster.
Mejores prácticas
- Confirma las versiones de las herramientas, los límites del planificador y el comportamiento de activación de Conda antes de ejecutar los scripts generados.
- Usa nombres de muestra estables que incluyan información de accesión y especie para la trazabilidad del árbol.
- Ejecuta el primer trabajo de compleasm por separado para que la base de datos de linaje BUSCO quede en caché antes de los trabajos paralelos.
Evitar
- Enviar todos los trabajos de genomas antes de confirmar la base de datos de linaje y la configuración del entorno.
- Usar nombres de muestra vagos que dificultan rastrear las etiquetas del árbol final.
- Omitir la interpretación del control de calidad y la documentación de métodos después de la generación del árbol.
Preguntas frecuentes
¿Esta habilidad ejecuta herramientas filogenómicas automáticamente?
Principalmente genera y valida scripts de flujo de trabajo. Los usuarios ejecutan esos scripts en su propio entorno local, SLURM o PBS.
¿Puede usar genomas de NCBI?
Sí. Incluye orientación y scripts auxiliares para encontrar ensamblajes, descargar genomas y renombrar archivos para etiquetas de árboles.
¿Qué herramientas de ortólogos admite?
Se centra en ortólogos de copia única de BUSCO o compleasm y luego conecta esas salidas con pasos de alineamiento y construcción de árboles.
¿Puede crear scripts de trabajos para clúster?
Sí. Incluye plantillas para SLURM, PBS y ejecución local, con marcadores de posición para CPU, memoria, walltime, linaje y conteos de loci.
¿Elige el mejor modelo de sustitución?
Recomienda conjuntos de modelos y usa la selección de modelos de IQ-TREE, pero los usuarios deben confirmar las opciones para su taxón y tipo de secuencia.
¿Qué deberían revisar los usuarios antes de ejecutar scripts?
Los usuarios deben comprobar rutas, configuración de cuenta del planificador, activación de Conda, solicitudes de CPU y memoria, versiones de herramientas y todas las dependencias descargadas.
Detalles del desarrollador
Autor
brunoasmLicencia
MIT
Revisión de Skillstore
r2
Aviso de versión
El autor no declaró una versión.
Ref.
a39a91716eadede5f4cdefd78178fed4e837a128
Actualidad del mantenimiento
24/7/2026
Uso
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