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sragent

Name: sragent
Author: ArcInstitute

Revisión del contenido r2 Riesgo alto 🌐 Acceso a red📁 Acceso al sistema de archivos🔑 Variables de entorno⚙️ Comandos externos

Analizar metadatos de SRA con SRAgent

La investigación con SRA y GEO a menudo requiere conversión manual de accesiones, comprobaciones de metadatos y búsqueda de artículos. Esta habilidad guía flujos de trabajo de SRAgent para el análisis de conjuntos de datos, descargas y revisión de secuenciación de célula única.

Compatible con: Claude Codex Code(CC)

⚠️ 38 Deficiente

Detente y solicita confirmación antes de instalar.

Revisa el plan y obtén el consentimiento explícito del usuario antes de modificar archivos.

Instalar con mi Agente

Copia esta solicitud en tu Agente. Incluye la página canónica del Skill y el manifiesto.

Solicitud de agente

Review the Skillstore skill "sragent" from https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/arcinstitute-sragent/manifest. Verify the artifact. Stop and obtain explicit user consent before installing or changing files.

Tu Agente debe seguir mostrando su plan y solicitar cualquier confirmación exigida por la política de seguridad.

Recursos legibles por agentes

Usa estos enlaces cuando un agente de IA, crawler o script necesite contexto limpio en vez de leer la página completa.

Detalle Markdown GET /skills/arcinstitute-sragent.md Manifest firmado GET /api/skills/arcinstitute-sragent/manifest Lockfile firmado GET /api/skills/arcinstitute-sragent/lockfile

Pruébalo

Usando "sragent". Convierte GSE121737 a accesiones SRX.

Resultado esperado:

El resultado enumera el estudio SRA vinculado a la serie GEO.
Luego enumera las accesiones de experimentos SRX relacionadas para comprobaciones posteriores de metadatos.
La respuesta explica cómo se relacionan los identificadores de GEO, estudio SRA, experimento y corrida.

Usando "sragent". ¿SRX4967527 es un dato de RNA-seq de célula única?

Resultado esperado:

La respuesta resume la evidencia de metadatos SRA y descripciones del estudio.
Identifica la tecnología probable de preparación de biblioteca y la plataforma de secuenciación.
Señala la incertidumbre cuando los campos de metadatos están incompletos o son contradictorios.

Usando "sragent". Descarga artículos para accesiones en un archivo CSV.

Resultado esperado:

El flujo de trabajo comprueba la columna de accesión y ejecuta la recuperación de artículos de SRAgent.
El resultado informa PubMed IDs, valores DOI, rutas de descarga y fallos.
Mantiene los artículos no disponibles o de pago separados de las descargas correctas.

Auditoría de seguridad

Riesgo alto

v9 • 23/7/2026 Abrir el informe versionado

Most matches are false positives caused by Markdown syntax, official URLs, placeholder credentials, and legitimate scientific database queries. Confirmed risks include secret disclosure, mutable source installation, predictable temporary files, command-line credentials, and silent file overwrite. No prompt injection or malicious exfiltration intent was found.

Archivos escaneados

2,011

Líneas analizadas

Elementos de revisión

Falsos positivos ignorados

Preocupaciones de seguridad confirmadas (1)

Alto

references/quick-reference.md:353

Environment file access

cat .env

The command prints the entire .env file, which commonly contains API keys and other credentials. Its output can be captured by logs or model context.

Elementos de revisión de capacidades (10)

Estas son capacidades locales reales que pueden esperarse para esta habilidad, por lo que requieren revisión, pero no se cuentan como comportamiento malicioso confirmado.

Alto

README.md:115

Generic API/secret keys

- Check API keys: `echo $ANTHROPIC_API_KEY`

The troubleshooting command expands and prints the full ANTHROPIC_API_KEY. This can disclose a live credential through terminal output, logs, or agent context.

Alto

references/quick-reference.md:344

Generic API/secret keys

env | grep -E "API_KEY|EMAIL|DYNACONF"

The env and grep command prints the full values of every matching API key. This exposes credentials to terminal output, logs, and any observing agent.

Alto

SKILL.md:31-42

Ruby/shell backtick execution

```bash

This command block clones the mutable default branch and runs uv pip install . without pinning or integrity verification. Installation can execute repository-controlled build code.

Alto

SKILL.md:69-73

Ruby/shell backtick execution

Prompt the user to provide the environment variables if they are not already set as environment vari

The instruction tells the agent to prompt users for environment-variable values, including API secrets. Entering them in chat exposes credentials to model context and logs.

Alto

SKILL.md:414-425

Ruby/shell backtick execution

```bash

This executable block passes CORE_API_KEY as a command-line option. Shell expansion exposes the secret in process arguments and possibly execution telemetry.

Alto

SKILL.md:430-437

Ruby/shell backtick execution

```bash

The troubleshooting block runs uv pip install . from a local SRAgent checkout without verifying its revision or contents. Package installation may execute untrusted build hooks.

Alto

SKILL.md:422

Generic API/secret keys

--core-api-key "$CORE_API_KEY" \

The shell expands CORE_API_KEY into a command-line argument. Other local processes and execution telemetry may capture the secret from the process argument list.

Medio

references/usage-examples.md:198

Temp directory access

SRAgent entrez "Convert GSE196830 to SRX accessions" > /tmp/srx_list.txt

The workflow writes a predictable shared /tmp filename with shell redirection. An attacker could pre-create a symlink and redirect or corrupt the output on shared systems.

Medio

references/usage-examples.md:206

Temp directory access

done < /tmp/srx_list.txt > /tmp/metadata.txt

The workflow reads and overwrites predictable shared /tmp filenames. Another local user could replace the input or exploit a symlink to affect output.

Medio

SKILL.md:260-276

Ruby/shell backtick execution

```bash

This example uses cat > accessions.csv, which silently overwrites an existing file in the working directory. Agent execution could destroy user data without confirmation.

Factores de riesgo

🌐 Acceso a red (8)

README.md:10 SKILL.md:33 SKILL.md:441 SKILL.md:479 SKILL.md:481 SKILL.md:482 SKILL.md:483 SKILL.md:480

📁 Acceso al sistema de archivos (8)

README.md:54 README.md:55 README.md:109 README.md:54 README.md:55 README.md:109 references/usage-examples.md:198 references/usage-examples.md:206

🔑 Variables de entorno (22)

⚙️ Comandos externos (50)

SKILL.md:23-25 SKILL.md:25-29 SKILL.md:29-31 SKILL.md:31-42 SKILL.md:42-45 SKILL.md:45-47 SKILL.md:47-52 SKILL.md:52-54 SKILL.md:54-56 SKILL.md:56-58 SKILL.md:58-60 SKILL.md:60-62 SKILL.md:62-64 SKILL.md:64-66 SKILL.md:66-69 SKILL.md:69-73 SKILL.md:73-81 SKILL.md:81-87 SKILL.md:87-93 SKILL.md:93-140 SKILL.md:140-150 SKILL.md:150-159 SKILL.md:159-161 SKILL.md:161-177 SKILL.md:177-189 SKILL.md:189-191 SKILL.md:191-200 SKILL.md:200-201 SKILL.md:201 SKILL.md:202-205 SKILL.md:205-220 SKILL.md:220-223 SKILL.md:223-229 SKILL.md:229-230 SKILL.md:230-231 SKILL.md:231-236 SKILL.md:236-245 SKILL.md:245-248 SKILL.md:248-257 SKILL.md:257-260 SKILL.md:260-276 SKILL.md:276-279 SKILL.md:279-288 SKILL.md:288-296 SKILL.md:296-314 SKILL.md:314-320 SKILL.md:320-337 SKILL.md:337-342 SKILL.md:342 SKILL.md:343

Auditado por: codex Ver historial de auditorías →

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[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/arcinstitute-sragent/security.svg)](https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent?utm_source=security_passport_badge)

Insignia HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/arcinstitute-sragent/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

Tarjeta para insertar

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/arcinstitute-sragent.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

Citas académicas (APA · BibTeX · CFF)

Cita APA

ArcInstitute. (2026). sragent security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent/audits/9

Cita BibTeX

@techreport{arcinstitute-arcinstitute-sragent-2026,
  author = {ArcInstitute},
  title = {sragent security audit report (audit version 9)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {9},
  url = {https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent/audits/9},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "sragent security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "ArcInstitute"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/arcinstitute-sragent/audits/9"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:arcinstitute-sragent:audit:9"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

Puntuación de Skillstore

Por qué esta puntuación Confianza de la evidencia: Medio

Arquitectura

Mantenibilidad

Contenido

Comunidad

Cumplimiento de la especificación

Lo que puedes crear

Convertir accesiones para la revisión de conjuntos de datos

Convierte identificadores GSE, SRP, PRJNA, SRX y SRR antes de un análisis más profundo.

Validar metadatos de experimentos de célula única

Comprueba organismo, plataforma, preparación de biblioteca y tecnología de célula única para experimentos de secuenciación.

Recopilar artículos para estudios SRA

Encuentra publicaciones vinculadas, extrae información DOI y descarga manuscritos disponibles para listas de accesiones.

Prueba estos prompts

Convertir una accesión

Convierte GSE121737 a accesiones SRX y explica la relación entre los identificadores.

Resumir metadatos de experimento

Resume SRX4967527 con organismo, plataforma de secuenciación, estrategia de biblioteca y tipo de ensayo probable.

Encontrar publicaciones de conjuntos de datos

Encuentra publicaciones vinculadas a PRJNA498286 e informa los PubMed IDs, el estado DOI y las descargas de manuscritos disponibles.

Anotar un estudio por lotes

Para todas las accesiones SRX de GSE196830, crea una tabla de metadatos con tecnología, organismo, enlaces a artículos y estado de descarga.

Mejores prácticas

Confirma que SRAgent esté instalado antes de ejecutar flujos de trabajo de accesiones o artículos.
Usa comprobaciones de presencia para secretos y evita imprimir valores de claves de API.
Limita la concurrencia por lotes para respetar los límites de velocidad de NCBI, CORE, PubMed y las editoriales.

Evitar

No pegues claves de API, archivos de cuentas de servicio ni contenido de .env en el chat.
No ejecutes descargas por lotes sin confirmar las rutas de salida y el volumen de archivos esperado.
No trates las descargas de artículos faltantes como errores del conjunto de datos sin comprobar la disponibilidad de acceso abierto.

Preguntas frecuentes

¿Qué bases de datos ayuda a consultar esta habilidad?

Se centra en accesiones relacionadas con SRA, GEO y ENA, enlaces de PubMed y fuentes relacionadas de metadatos genómicos.

¿Esta habilidad instala SRAgent automáticamente?

No. Proporciona orientación de configuración y comandos para una instalación local de SRAgent.

¿Qué claves de API pueden ser necesarias?

Pueden ser necesarias claves de OpenAI o Anthropic para llamadas a modelos. Las claves de NCBI, CORE y Google Cloud son opcionales para algunos flujos de trabajo.

¿Puede funcionar sin BigQuery?

Sí. La documentación describe flujos de trabajo de respaldo basados en Entrez cuando las credenciales de Google Cloud no están disponibles.

¿Puede descargar todos los artículos vinculados?

No. Las descargas dependen de la disponibilidad de acceso abierto, el acceso de las editoriales y los límites de servicios de terceros.

¿Esto es solo para RNA-seq de célula única?

No. Puede inspeccionar muchos experimentos de secuenciación, con orientación adicional para identificar tecnologías de célula única.