sragent
Analizar metadatos genómicos de SRA y GEO
Los investigadores a menudo necesitan conectar registros de SRA, GEO, BioProject y publicaciones antes del análisis. Esta skill guía a Claude, Codex o Claude Code mediante comandos de SRAgent para la conversión de accesiones, la inspección de metadatos y la recuperación de artículos.
Descargar el ZIP de la skill
Subir en Claude
Ve a Configuración → Capacidades → Skills → Subir skill
Activa y empieza a usar
Recursos legibles por agentes
Usa estos enlaces cuando un AI Agent, crawler o script necesite contexto limpio en lugar de leer toda la página.
Pruébalo
Usando "sragent". Convierte GSE121737 a accesiones SRX.
Resultado esperado:
Una tabla concisa que liste la serie GEO, el estudio SRA vinculado y las accesiones de experimento SRX devueltas, señalando cualquier mapeo faltante.
Usando "sragent". ¿SRX4967527 contiene datos de RNA-seq de célula única?
Resultado esperado:
Una respuesta breve basada en evidencia que cubra el estado de célula única, la preparación de biblioteca detectada, la plataforma de secuenciación, el organismo y notas de confianza.
Usando "sragent". Descarga artículos para una lista de experimentos SRA.
Resultado esperado:
Un resumen de las accesiones procesadas, IDs de PubMed vinculados, disponibilidad de DOI, descargas exitosas, descargas fallidas y ubicaciones de archivos guardados.
Auditoría de seguridad
Riesgo medioStatic findings are mostly expected for a research workflow skill that runs the SRAgent CLI, queries public genomics services, and downloads papers. No prompt injection, credential exfiltration, or malicious intent was found, but troubleshooting guidance can expose API keys or .env contents and should be treated as a publication warning.
Problemas de riesgo medio (3)
Problemas de riesgo bajo (2)
Factores de riesgo
⚙️ Comandos externos (4)
🌐 Acceso a red (4)
📁 Acceso al sistema de archivos (4)
🔑 Variables de entorno (5)
Patrones detectados
Puntuación de calidad
Lo que puedes crear
Convertir identificadores de accesión
Convierte una serie GEO o una accesión BioProject en accesiones de experimento y run de SRA para análisis posteriores.
Auditar metadatos de secuenciación
Comprueba si los experimentos públicos coinciden con los criterios requeridos de organismo, plataforma, paired-end o célula única.
Recopilar publicaciones de datasets
Encuentra registros de PubMed vinculados, DOI y artículos de texto completo disponibles para un conjunto de accesiones SRA.
Prueba estos prompts
Usa SRAgent para convertir GSE121737 en accesiones de experimento SRA. Resume el resultado en una tabla breve.
Usa SRAgent para comprobar SRX4967527 en cuanto a organismo, plataforma, diseño de biblioteca y si es RNA-seq de célula única.
Usa SRAgent para encontrar publicaciones para PRJNA498286 y descargar los artículos de acceso abierto disponibles en una carpeta de salida dedicada.
Dado mi CSV de accesiones SRA, usa SRAgent para añadir columnas de organismo, plataforma de secuenciación, estado de célula única, DOI y estado de descarga.
Mejores prácticas
- Valida los formatos de accesión antes de ejecutar comandos de shell o flujos de trabajo por lotes.
- Usa comprobaciones de entorno redactadas en lugar de imprimir valores de claves de API o contenidos de .env.
- Empieza con la conversión de Entrez y luego ejecuta flujos de metadatos o artículos más profundos sobre accesiones confirmadas.
Evitar
- No pegues claves de API sin procesar, archivos de cuentas de servicio ni contenidos de .env en el chat.
- No ejecutes descargas de artículos con alta concurrencia cuando los servicios fuente tengan límites de tasa.
- No asumas que toda accesión pública tiene metadatos completos o una publicación de acceso abierto.