Fähigkeiten uniprot-database
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uniprot-database

Sicher 🌐 Netzwerkzugriff📁 Dateisystemzugriff

Abfragen der UniProt-Proteindatenbank über die REST-API

Auch verfügbar von: davila7

Durchsuchen von Proteindatenbanken, Abrufen von Sequenzen und Zuordnen von Identifikatoren zwischen biologischen Datenbanken. Dieser Skill bietet direkten Zugriff auf UniProt, die umfassende Ressource für Proteinsequenzen und funktionelle Informationen.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
🥈 77 Silber
1

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2

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3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "uniprot-database". Suche nach menschlichen Hämoglobin-Proteinen

Erwartetes Ergebnis:

  • 3 geprüfte menschliche Hämoglobin-Einträge gefunden:
  • - P69905 - Hämoglobin-Untereinheit alpha (HBA1) - 142 AS
  • - P68871 - Hämoglobin-Untereinheit beta (HBB) - 147 AS
  • - P02100 - Hämoglobin-Untereinheit epsilon (HBE1) - 147 AS

Verwendung von "uniprot-database". BRCA1-Proteinsequenz abrufen

Erwartetes Ergebnis:

  • P38398 - Brustkrebs-Typ-1-Suszeptibilitätsprotein (BRCA1)
  • Organismus: Homo sapiens (Mensch)
  • Länge: 1863 Aminosäuren
  • Im FASTA-Format für die nachgelagerte Analyse abgerufen

Verwendung von "uniprot-database". UniProt zu RefSeq zuordnen

Erwartetes Ergebnis:

  • 2 UniProt-Zugangsnummern zu RefSeq-Protein-IDs zugeordnet:
  • P01308 -> NP_000198.1
  • P04637 -> NP_000537.3

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

Legitimate bioinformatics skill providing access to UniProt, the trusted public protein database. All 616 static findings are false positives. The scanner misinterpreted markdown code block delimiters as shell commands and flagged standard HTTP requests to rest.uniprot.org as network activity. No malicious patterns, data exfiltration, or security threats exist in the codebase.

8
Gescannte Dateien
7,974
Analysierte Zeilen
2
befunde
4
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

🌐 Netzwerkzugriff (6)
scripts/uniprot_client.py:31 scripts/uniprot_client.py:61 scripts/uniprot_client.py:83 references/api_examples.md:12 references/api_examples.md:32 SKILL.md:54
📁 Dateisystemzugriff (2)
references/api_examples.md:105 references/api_examples.md:395
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

68
Architektur
100
Wartbarkeit
85
Inhalt
21
Community
100
Sicherheit
91
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Proteinsequenzen abrufen

Proteinsequenzen nach Genname oder Zugangsnummer für die nachgelagerte Analyse nachschlagen

Datenbank-Identifikatoren zuordnen

Proteinidentifikatoren zwischen UniProt, PDB, RefSeq und Ensembl-Formaten konvertieren

Proteinannotationen erkunden

Auf GO-Begriffe, Funktionsbeschreibungen und Domäneninformationen für den Unterricht zugreifen

Probiere diese Prompts

Einfache Proteinsuche 
Finde menschliche Insulin-Proteine in UniProt und gib ihre Zugangsnummern und Sequenzen im FASTA-Format zurück
Genspezifische Abfrage 
Suche nach geprüften menschlichen BRCA1-Proteinen und zeige Gennamen, Organismus und Länge
ID-Zuordnung 
Ordne diese UniProt-Zugangsnummern P01308 und P04637 den entsprechenden PDB-Einträgen zu
Komplexe Abfrage 
Finde alle geprüften menschlichen Membranproteine mit Kinase-Aktivität die PDB-Strukturen haben

Bewährte Verfahren

  • Verwende den filter reviewed:true für Swiss-Prot-Einträge, um Datenqualität sicherzustellen
  • Fordere nur benötigte Felder an, um Bandbreite und Verarbeitungszeit zu reduzieren
  • Implementiere Verzögerungen zwischen Stapelanfragen, um API-Rate-Limits zu respektieren

Vermeiden

  • Vermeide das Anfordern aller Felder für große Abfragen; gib nur benötigte Felder an
  • Ignoriere Rate-Limits nicht; implementiere angemessene Verzögerungen für Stapeloperationen
  • Vermeide das Mischen von Swiss-Prot und TrEMBL ohne Verständnis der Kurationsunterschiede

Häufig gestellte Fragen

Was ist UniProt?
UniProt ist die führende umfassende Proteinsequenz- und Funktionsinformationsdatenbank, die vom Europäischen Institut für Bioinformatik gepflegt wird.
Welche Formate werden unterstützt?
FASTA, JSON, TSV, XML, Excel, RDF, TXT und GFF-Formate sind für verschiedene Anwendungsfälle verfügbar.
Was ist der Unterschied zwischen Swiss-Prot und TrEMBL?
Swiss-Prot-Einträge werden manuell kuratiert und geprüft; TrEMBL-Einträge sind rechnergestützte Vorhersage-Annotationen.
Wie viele Proteine kann ich auf einmal abrufen?
Suchabfragen geben bis zu 500 Ergebnisse pro Anfrage zurück; verwende Streaming für größere Datensätze oder Seitennummerierung.
Wie lange sind ID-Zuordnungsergebnisse verfügbar?
ID-Zuordnungsjob-Ergebnisse werden 7 Tage lang gespeichert, bevor sie automatisch gelöscht werden.
Ist ein API-Schlüssel erforderlich?
Für die grundlegende UniProt-API-Nutzung ist kein API-Schlüssel erforderlich; der Dienst ist für akademische und kommerzielle Nutzung kostenlos.

Entwicklerdetails

Lizenz

MIT

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/uniprot-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 api_examples.md

📄 api_fields.md

📄 id_mapping_databases.md

📄 query_syntax.md

📁 scripts/

📄 uniprot_client.py

📄 EVALUATION_OUTPUT.json

📄 SKILL.md