scikit-bio
Biologische Daten mit scikit-bio analysieren
Auch verfügbar von: davila7
Verarbeiten Sie biologische Sequenzen, berechnen Sie Diversitätsmetriken und führen Sie statistische Tests an Mikrobiom- und ökologischen Daten durch. Dieser Skill bietet umfassende Anleitungen für Bioinformatik-Workflows einschließlich Sequenzalignment, phylogenetischer Analyse und Ordination.
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Teste es
Verwendung von "scikit-bio". Berechnen Sie Diversitätsmetriken aus meiner OTU-Tabelle
Erwartetes Ergebnis:
- BIOM-Tabelle einlesen: Table.read('table.biom')
- Alpha-Diversität berechnen: alpha_diversity('shannon', counts, ids=sample_ids)
- Beta-Diversität berechnen: beta_diversity('braycurtis', counts, ids=sample_ids)
- PERMANOVA durchführen: permanova(distance_matrix, grouping, permutations=999)
Verwendung von "scikit-bio". Erstellen Sie einen phylogenetischen Baum aus meinen Sequenzen
Erwartetes Ergebnis:
- Sequenzen aus FASTA einlesen: skbio.DNA.read('sequences.fasta')
- Distanzmatrix berechnen: seq1.distance(seq2) oder kmer_distance verwenden
- Baum mit NJ erstellen: nj(distance_matrix)
- Robinson-Foulds-Distanz berechnen: tree.robinson_foulds(other_tree)
Sicherheitsaudit
SicherDocumentation-only skill with no executable code. All 133 static findings are false positives: detected backticks are markdown code delimiters, C2 keywords are scientific abbreviations (PC1, CCA, RDA for ordination methods), weak crypto flags are biological substitution matrices (BLOSUM62 for protein alignments), and URLs are official documentation links. No command injection, network exfiltration, or malicious patterns exist.
Risikofaktoren
⚙️ Externe Befehle (5)
🌐 Netzwerkzugriff (1)
Qualitätsbewertung
Was du bauen kannst
Mikrobiom-Diversität analysieren
Berechnen Sie Alpha- und Beta-Diversität aus OTU-Tabellen und führen Sie PERMANOVA-Tests an Stichprobengruppierungen durch.
Phylogenetische Bäume erstellen
Erstellen Sie Bäume aus Sequenzalignments und berechnen Sie Robinson-Foulds-Distanzen für Baumvergleiche.
Sequenzdaten verarbeiten
Einlesen, Filtern und Transformieren biologischer Sequenzen über mehr als 19 Dateiformate mit Validierung.
Probiere diese Prompts
Zeigen Sie mir, wie ich eine FASTA-Datei mit skbio einlesen, den Reverse Complement berechnen und Motive mit Regex-Mustern finde.
Führen Sie mich durch die Berechnung der Shannon-Alpha-Diversität aus einer Zählmatrix und die Berechnung der Bray-Curtis-Beta-Diversität zwischen Stichproben.
Helfen Sie mir, einen phylogenetischen Baum mit Neighbor Joining aus einer Distanzmatrix zu erstellen und patristische Distanzen zwischen Taxa zu berechnen.
Zeigen Sie mir, wie ich einen PERMANOVA-Test auf einer Distanzmatrix durchführe, um zu bestimmen, ob sich Stichprobengruppen signifikant unterscheiden, mit 999 Permutationen.
Bewährte Verfahren
- Verwenden Sie Generatoren (skbio.io.read) für große Sequenzdateien, um Speicherprobleme zu vermeiden
- Integrieren Sie mit pandas und numpy für downstream-Analyse und Visualisierung
- Validieren Sie, dass Sequenz-IDs über Dateien hinweg vor Diversitätsberechnungen übereinstimmen
Vermeiden
- Verwenden Sie keine relativen Häufigkeiten für Zählungen - konvertieren Sie diese zunächst in Ganzzahlen
- Mischen Sie keine verwurzelten und nicht verwurzelten Bäume bei der Berechnung von Robinson-Foulds-Distanzen
- Überspringen Sie PERMDISP nicht bei der Durchführung von PERMANOVA - überprüfen Sie die Dispersionsannahmen
Häufig gestellte Fragen
Welche Dateiformate unterstützt scikit-bio?
Wie berechne ich phylogenetische Diversität?
Was ist der Unterschied zwischen Alpha- und Beta-Diversität?
Kann ich scikit-bio mit QIIME 2 verwenden?
Wie verarbeite ich große Sequenzdateien effizient?
Welche statistischen Tests sind für ökologische Daten verfügbar?
Entwicklerdetails
Autor
K-Dense-AILizenz
BSD-3-Clause license
Repository
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/scikit-bioRef
main
Dateistruktur