スキル reactome-database
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reactome-database

安全 ⚡ スクリプトを含む🌐 ネットワークアクセス

Reactome-Pathway-Datenbank abfragen

こちらからも入手できます: davila7

Analysieren Sie biologische Pfade und Genlisten mit der Reactome-Datenbank. Führen Sie Pfadanreicherungsanalysen durch, ordnen Sie Gene Pfaden zu und erkunden Sie molekulare Interaktionen für die Systembiologieforschung.

対応: Claude Codex Code(CC)
🥉 75 ブロンズ
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オンにして利用開始

テストする

「reactome-database」を使用しています。 Analysiere Gene auf Pfadanreicherung: TP53, BRCA1, EGFR

期待される結果:

  • Analyseergebnisse:
  • • 3 Gene eingereicht
  • • Token: XXXXXX (7 Tage gültig)
  • • Top-Pfad: Cell Cycle, Mitotic (R-HSA-69278)
  • • p-Wert: 0,000023, FDR: 0,00156
  • • Im Browser anzeigen: https://reactome.org/PathwayBrowser/...

「reactome-database」を使用しています。 Frage Pfad R-HSA-69278 ab

期待される結果:

  • Pfad: Cell Cycle, Mitotic
  • • ID: R-HSA-69278
  • • Typ: Pfad
  • • Spezies: Homo sapiens
  • • Beschreibung: Zellzyklus, der aus Interphase und Mitose-Phasen besteht...

「reactome-database」を使用しています。 Suche nach Apoptose-Pfaden

期待される結果:

  • Suchergebnisse für 'Apoptose':
  • • R-HSA-109606: Extrinsic Pathway of Apoptosis
  • • R-HSA-111885: Intrinsic Pathway of Apoptosis
  • • R-HSA-1234154: Regulation of Apoptosis
  • • R-HSA-1388673: Apoptotic Nuclear Fragmentation

セキュリティ監査

安全
v4 • 1/17/2026

Legitimate bioinformatics skill querying Reactome pathway database. All 217 static findings are false positives: markdown backticks misidentified as shell commands, HTTP calls to known scientific API (reactome.org) are standard data retrieval, and documentation references flagged as crypto issues are harmless text. No malicious patterns confirmed.

4
スキャンされたファイル
1,257
解析された行数
2
検出結果
4
総監査数

リスク要因

⚡ スクリプトを含む (1)
scripts/reactome_query.py:1-287
🌐 ネットワークアクセス (1)
scripts/reactome_query.py:31-32
監査者: claude 監査履歴を表示 →

品質スコア

64
アーキテクチャ
100
保守性
85
コンテンツ
21
コミュニティ
100
セキュリティ
83
仕様準拠

作れるもの

Gensetz-Anreicherungsanalyse

Genlisten aus RNA-seq oder Proteomics einreichen, um angereicherte biologische Pfade zu identifizieren

Speciesübergreifende Pfad-Zuordnung

Maus- oder Modellorganismus-Gene menschlichen Pfaden für vergleichende Analyse zuordnen

Pfad-Erkundung

Spezifische Pfade abfragen, um molekulare Mechanismen und Krankheitsassoziationen zu verstehen

これらのプロンプトを試す

Einfache Pfad-Abfrage 
Frage die Reactome-Datenbank nach dem Pfad R-HSA-69278 und zeige mir den Pfadnamen, die Spezies und die Beschreibung
Genanreicherung 
Analysiere diese Gene auf Pfadanreicherung: TP53, BRCA1, EGFR, MYC, CDK1. Zeige signifikante Pfade mit FDR-Werten
Pfad-Suche 
Suche in Reactome nach Pfaden, die mit Apoptose zusammenhängen, und zeige mir die Top 10 Ergebnisse mit ihren Pfad-IDs
Entity-Nachschlage 
Liste alle teilnehmenden Proteine und Moleküle im Cell Cycle Pfad (R-HSA-69278) auf

ベストプラクティス

  • Analyse-Token speichern, um Ergebnisse später ohne erneute Geneinreichung abzurufen
  • Ergebnisse nach FDR-Schwellenwert filtern (Standard 0,05), um sich auf signifikante Pfade zu konzentrieren
  • Projection-Endpunkt für Nicht-Mensch-Spezies verwenden, um Gene menschlichen Pfaden zuzuordnen

回避

  • Gene einzeln statt in Stapeln einreichen
  • Die 7-Tage-Token-Gültigkeit für die Ergebnissuche ignorieren
  • Spezies-Kompatibilität bei der Analyse von speciesübergreifenden Daten nicht prüfen

よくある質問

Welche Identifikatorformate akzeptiert Reactome?
UniProt-Accessions, Gensymbole, Ensembl-IDs, EntrezGene-IDs, ChEBI für kleine Moleküle.
Wie lange sind Analyse-Token gültig?
Analyse-Token sind 7 Tage gültig. Speichern Sie sie, um Ergebnisse ohne erneute Einreichung abzurufen.
Kann ich nicht-menschliche Gene analysieren?
Ja, verwenden Sie den Projection-Endpunkt, um Maus, Ratte oder andere Spezies menschlichen Pfaden zuzuordnen.
Welches Ausgabeformat?
JSON mit Pfaden, p-Werten, FDR, Entity-Anzahl und Token für die Browser-Visualisierung.
Funktioniert dieser Skill offline?
Nein, dieser Skill erfordert Internetzugang, um die Reactome-REST-API abzufragen.
Wie viele Pfade sind in Reactome enthalten?
Reactome enthält 2.825+ menschliche Pfade mit 16.000+ Reaktionen und 11.000+ Proteinen.

開発者の詳細

作成者

K-Dense-AI

ライセンス

MIT

リポジトリ

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/reactome-database

参照

main

ファイル構成

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 reactome_query.py

📄 SKILL.md