Fähigkeiten reactome-database
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reactome-database

Sicher ⚡ Enthält Skripte🌐 Netzwerkzugriff

Reactome-Pathway-Datenbank abfragen

Auch verfügbar von: davila7

Analysieren Sie biologische Pfade und Genlisten mit der Reactome-Datenbank. Führen Sie Pfadanreicherungsanalysen durch, ordnen Sie Gene Pfaden zu und erkunden Sie molekulare Interaktionen für die Systembiologieforschung.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
🥉 76 Bronze
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Verwendung von "reactome-database". Analysiere Gene auf Pfadanreicherung: TP53, BRCA1, EGFR

Erwartetes Ergebnis:

  • Analyseergebnisse:
  • • 3 Gene eingereicht
  • • Token: XXXXXX (7 Tage gültig)
  • • Top-Pfad: Cell Cycle, Mitotic (R-HSA-69278)
  • • p-Wert: 0,000023, FDR: 0,00156
  • • Im Browser anzeigen: https://reactome.org/PathwayBrowser/...

Verwendung von "reactome-database". Frage Pfad R-HSA-69278 ab

Erwartetes Ergebnis:

  • Pfad: Cell Cycle, Mitotic
  • • ID: R-HSA-69278
  • • Typ: Pfad
  • • Spezies: Homo sapiens
  • • Beschreibung: Zellzyklus, der aus Interphase und Mitose-Phasen besteht...

Verwendung von "reactome-database". Suche nach Apoptose-Pfaden

Erwartetes Ergebnis:

  • Suchergebnisse für 'Apoptose':
  • • R-HSA-109606: Extrinsic Pathway of Apoptosis
  • • R-HSA-111885: Intrinsic Pathway of Apoptosis
  • • R-HSA-1234154: Regulation of Apoptosis
  • • R-HSA-1388673: Apoptotic Nuclear Fragmentation

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

Legitimate bioinformatics skill querying Reactome pathway database. All 217 static findings are false positives: markdown backticks misidentified as shell commands, HTTP calls to known scientific API (reactome.org) are standard data retrieval, and documentation references flagged as crypto issues are harmless text. No malicious patterns confirmed.

4
Gescannte Dateien
1,257
Analysierte Zeilen
2
befunde
4
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

⚡ Enthält Skripte (1)
scripts/reactome_query.py:1-287
🌐 Netzwerkzugriff (1)
scripts/reactome_query.py:31-32
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

64
Architektur
100
Wartbarkeit
85
Inhalt
30
Community
100
Sicherheit
83
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Gensetz-Anreicherungsanalyse

Genlisten aus RNA-seq oder Proteomics einreichen, um angereicherte biologische Pfade zu identifizieren

Speciesübergreifende Pfad-Zuordnung

Maus- oder Modellorganismus-Gene menschlichen Pfaden für vergleichende Analyse zuordnen

Pfad-Erkundung

Spezifische Pfade abfragen, um molekulare Mechanismen und Krankheitsassoziationen zu verstehen

Probiere diese Prompts

Einfache Pfad-Abfrage 
Frage die Reactome-Datenbank nach dem Pfad R-HSA-69278 und zeige mir den Pfadnamen, die Spezies und die Beschreibung
Genanreicherung 
Analysiere diese Gene auf Pfadanreicherung: TP53, BRCA1, EGFR, MYC, CDK1. Zeige signifikante Pfade mit FDR-Werten
Pfad-Suche 
Suche in Reactome nach Pfaden, die mit Apoptose zusammenhängen, und zeige mir die Top 10 Ergebnisse mit ihren Pfad-IDs
Entity-Nachschlage 
Liste alle teilnehmenden Proteine und Moleküle im Cell Cycle Pfad (R-HSA-69278) auf

Bewährte Verfahren

  • Analyse-Token speichern, um Ergebnisse später ohne erneute Geneinreichung abzurufen
  • Ergebnisse nach FDR-Schwellenwert filtern (Standard 0,05), um sich auf signifikante Pfade zu konzentrieren
  • Projection-Endpunkt für Nicht-Mensch-Spezies verwenden, um Gene menschlichen Pfaden zuzuordnen

Vermeiden

  • Gene einzeln statt in Stapeln einreichen
  • Die 7-Tage-Token-Gültigkeit für die Ergebnissuche ignorieren
  • Spezies-Kompatibilität bei der Analyse von speciesübergreifenden Daten nicht prüfen

Häufig gestellte Fragen

Welche Identifikatorformate akzeptiert Reactome?
UniProt-Accessions, Gensymbole, Ensembl-IDs, EntrezGene-IDs, ChEBI für kleine Moleküle.
Wie lange sind Analyse-Token gültig?
Analyse-Token sind 7 Tage gültig. Speichern Sie sie, um Ergebnisse ohne erneute Einreichung abzurufen.
Kann ich nicht-menschliche Gene analysieren?
Ja, verwenden Sie den Projection-Endpunkt, um Maus, Ratte oder andere Spezies menschlichen Pfaden zuzuordnen.
Welches Ausgabeformat?
JSON mit Pfaden, p-Werten, FDR, Entity-Anzahl und Token für die Browser-Visualisierung.
Funktioniert dieser Skill offline?
Nein, dieser Skill erfordert Internetzugang, um die Reactome-REST-API abzufragen.
Wie viele Pfade sind in Reactome enthalten?
Reactome enthält 2.825+ menschliche Pfade mit 16.000+ Reaktionen und 11.000+ Proteinen.

Entwicklerdetails

Lizenz

MIT

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/reactome-database

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 api_reference.md

📁 scripts/

📄 reactome_query.py

📄 SKILL.md