Fähigkeiten pysam
🧬

pysam

Sicher ⚙️ Externe Befehle📁 Dateisystemzugriff

Arbeiten mit genomischen Sequenzierungsdateien

Auch verfügbar von: davila7

Verarbeiten und analysieren Sie DNA-Sequenzierungsdaten mit Werkzeugen zum Lesen von BAM-, VCF- und FASTQ-Dateien. Extrahieren Sie genomische Regionen, berechnen Sie Abdeckungsstatistiken und integrieren Sie mehrere Dateitypen für eine umfassende Variantenanalyse.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
📊 71 Angemessen
1

Die Skill-ZIP herunterladen

2

In Claude hochladen

Gehe zu Einstellungen → Fähigkeiten → Skills → Skill hochladen

3

Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "pysam". Öffnen Sie eine BAM-Datei und zeigen Sie Abdeckungsstatistiken für Chromosom 1

Erwartetes Ergebnis:

  • Chromosom 1 Statistiken:
  • Gesamtzahl der Lesungen: 1.245.678
  • Zugeordnete Lesungen: 1.198.432 (96,2%)
  • Mittlere Abdeckung: 32,4x
  • Regionen unter 10x Abdeckung: 5.234 Positionen

Verwendung von "pysam". Filtern Sie Varianten nach Qualität und Tiefe

Erwartetes Ergebnis:

  • Gefiltert 12.456 Varianten auf 3.892 hochwertige Varianten
  • Angewendete Filter: QUAL > 30, DP > 10, MQ > 40
  • Varianten geschrieben nach filtered.vcf

Verwendung von "pysam". Extrahieren Sie Sequenzen um Variantenpositionen

Erwartetes Ergebnis:

  • Extrahierte 100bp-Sequenzen für 847 Varianten
  • Sequenzen geschrieben nach variant_contexts.fasta
  • Flankierende Region: +/- 50bp von jeder Variantenposition

Sicherheitsaudit

Sicher
v4 • 1/17/2026

All 447 static findings are FALSE POSITIVES caused by bioinformatics terminology being misinterpreted as security-relevant patterns. The scanner flags 'SAM' as Windows Security Account Manager when it means Sequence Alignment/Map format, and samtools/bcftools as network scanning tools when they are legitimate bioinformatics command-line utilities. The skill contains only documentation and code examples for legitimate genomic data processing. No actual malicious code, command injection, credential access, or network exfiltration patterns exist.

7
Gescannte Dateien
2,265
Analysierte Zeilen
2
befunde
4
Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

⚙️ Externe Befehle (3)
SKILL.md:30-237 references/alignment_files.md:1-300 references/common_workflows.md:1-500
📁 Dateisystemzugriff (2)
references/common_workflows.md:311 references/sequence_files.md:205
Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

45
Architektur
90
Wartbarkeit
85
Inhalt
29
Community
100
Sicherheit
91
Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Variantenanalyse-Workflow

Extrahieren und Filtern genetischer Varianten aus VCF-Dateien, Annotieren mit Lesetiefe aus BAM-Dateien

Abdeckungsanalyse

Berechnen der Basen-abhängigen Abdeckung, Identifizieren von Regionen mit geringer Abdeckung, Generieren von Abdeckungsspuren für die Visualisierung

Qualitätskontroll-Pipeline

Validieren von Sequenzierungsdaten, Überprüfen der Referenzkonsistenz, Filtern von Lesungen nach Qualitätsschwellenwerten

Probiere diese Prompts

Alignment-Daten lesen 
Verwenden Sie pysam, um example.bam zu öffnen und alle Lesungen zu drucken, die chr1-Positionen 1000-2000 überlappen
Varianten verarbeiten 
Öffnen Sie variants.vcf und drucken Sie alle Varianten auf chr2 mit einem Qualitätswert über 30
Abdeckung berechnen 
Berechnen Sie die Basen-abhängige Abdeckung für Chromosom 1 Positionen 100000-200000 mit Pileup-Analyse
Sequenzen extrahieren 
Öffnen Sie reference.fasta und extrahieren Sie die Sequenz für Gen ABC auf chr5 von Position 10000 bis 11000

Bewährte Verfahren

  • Verwenden Sie immer indizierte BAM-Dateien für Zufallszugriffsoperationen zur Leistungsverbesserung
  • Denken Sie daran, dass pysam 0-basierte Koordinaten verwendet, während VCF-Dateien 1-basierte Koordinaten verwenden
  • Verwenden Sie pileup() für spaltenweise Abdeckungsanalysen anstelle wiederholter fetch()-Aufrufe

Vermeiden

  • Laden ganzer BAM-Dateien in den Speicher anstelle von iteratorbasierter Verarbeitung
  • Ignorieren der Koordinatensystemunterschiede zwischen pysam- und VCF-Dateiformaten
  • Verarbeiten großer Dateien ohne Erstellen von Indexdateien für Zufallszugriff

Häufig gestellte Fragen

Was ist der Unterschied zwischen SAM- und BAM-Dateien?
SAM ist ein menschenlesbares Textformat für Alignment-Daten. BAM ist die komprimierte binäre Version, die effizienten Zufallszugriff und kleinere Dateigrößen ermöglicht.
Muss ich samtools separat installieren?
Nein, pysam enthält Bindungen zu samtools- und bcftools-Befehlen. Die zugrunde liegende htslib-Bibliothek ist in pysam enthalten.
Wie erstelle ich einen Index für meine BAM-Datei?
Verwenden Sie pysam.index('your_file.bam'), um die .bai-Indexdatei zu erstellen. Dies ermöglicht schnelle regionsbasierte Abfragen.
Kann pysam Lesungen nach Mapping-Qualität filtern?
Ja, verwenden Sie den quality-Parameter in fetch() oder filtern Sie Lesungen manuell mit dem mapping_quality-Attribut von AlignedSegment-Objekten.
Welches Koordinatensystem verwendet pysam?
Pysam verwendet 0-basierte, halboffene Koordinaten für programmatischen Zugriff. Regionsstrings in fetch() verwenden jedoch 1-basierte Koordinaten, um die samtools-Konvention zu erfüllen.
Wie extrahiere ich Varianten, die ein bestimmtes Gen überlappen?
Verwenden Sie pysam.TabixFile, um eine BED-Datei mit Genkoordinaten zu öffnen, und verwenden Sie dann vcf.fetch() mit diesen Koordinaten, um überlappende Varianten zu erhalten.

Entwicklerdetails

Lizenz

MIT license

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pysam

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 alignment_files.md

📄 common_workflows.md

📄 sequence_files.md

📄 variant_files.md

📄 EVALUATION_OUTPUT.json

📄 SKILL.md