kegg-database
KEGG-Datenbank nach Stoffwechselwegen und Genen abfragen
Auch verfügbar von: davila7
Forscher benötigen effizienten Zugang zu KEGG-Bioinformatik-Daten für Stoffwechselweganalysen und Genkartierung. Diese Fähigkeit bietet Python-Hilfsfunktionen für alle KEGG-REST-API-Operationen, einschließlich Stoffwechselwegabfrage, Gen-Stoffwechselweg-Zuordnung, Verbindungssuchen und ID-Konvertierung zwischen Datenbanken.
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Einschalten und loslegen
Teste es
Verwendung von "kegg-database". Find pathways associated with the glycolysis gene hsa:10458
Erwartetes Ergebnis:
- Pathway hsa00010: Glycolysis / Gluconeogenesis
- Pathway hsa01100: Metabolic pathways
- Pathway hsa01200: Carbon metabolism
- Pathway hsa01210: 2-Oxocarboxylic acid metabolism
- Pathway hsa01230: Biosynthesis of amino acids
Verwendung von "kegg-database". Get information about drug D00001
Erwartetes Ergebnis:
- Drug: D00001
- Name: Theophylline
- Class: Purine alkaloids
- Formula: C7H8N4O2
- Target: Adenosine receptors
Verwendung von "kegg-database". Convert human gene KEGG ID to UniProt
Erwartetes Ergebnis:
- hsa:10458 -> Q9Y5K8
- hsa:10459 -> Q9Y5K9
- hsa:10572 -> Q8NHW6
Sicherheitsaudit
SicherAll 253 static findings are false positives. The scanner incorrectly flags Markdown backticks as Ruby shell execution, KEGG API URLs as suspicious network targets, and bioinformatics identifiers (pathway IDs, gene names) as weak crypto algorithms. This is a legitimate bioinformatics research tool that uses standard urllib for HTTP requests to the official KEGG REST API. No malicious code, command injection, or data exfiltration present.
Risikofaktoren
⚙️ Externe Befehle (4)
🌐 Netzwerkzugriff (3)
📁 Dateisystemzugriff (2)
Qualitätsbewertung
Was du bauen kannst
Stoffwechselweg-Anreicherungsanalyse
Gene von Interesse KEGG-Stoffwechselwegen zuordnen und detaillierte Stoffwechselweginformationen für Anreicherungsstudien abrufen.
Datenbankübergreifende Integration
KEGG-Gen-IDs in UniProt, NCBI-Gen-IDs oder PubChem für die Integration mit anderen Analyse-Pipelines konvertieren.
Arzneimittelwechselwirkungs-Screening
Arzneimitteldatenbanken durchsuchen und potenzielle Arzneimittel-Arzneimittel-Wechselwirkungen mit dem KEGG-DDI-Endpunkt überprüfen.
Probiere diese Prompts
Use kegg_list to retrieve all KEGG pathways for human (hsa) and show the first 10 pathway IDs and names.
Search the KEGG genes database for entries matching 'p53' using kegg_find and display the results.
Use kegg_link to find all KEGG pathways that contain the TP53 gene (hsa:7157) and retrieve basic info for each.
Convert all human gene KEGG IDs to NCBI Gene IDs using kegg_conv and show the first 5 mapping pairs.
Bewährte Verfahren
- API-Ergebnisse lokal zwischenspeichern, um redundante Anfragen zu reduzieren und Rate-Limits zu respektieren.
- HTTP-Statuscodes überprüfen (200=Erfolg, 400=Ungültige Anfrage, 404=Nicht gefunden) für die Fehlerbehandlung.
- Spezifische Organismencodes (hsa, mmu, eco) verwenden, um Ergebnisse einzugrenzen und die Leistung zu verbessern.
Vermeiden
- Schnelle Anfragen ohne Verzögerungen senden - verstößt gegen die KEGG-API-Nutzungsrichtlinien.
- HTTP-Fehlerantworten ignorieren - immer 400/404-Fehler angemessen behandeln.
- Mehr als 10 Einträge in einem einzigen Aufruf anfordern - KEGG begrenzt Stapeloperationen.
Häufig gestellte Fragen
Was ist KEGG?
Ist diese Fähigkeit kostenlos nutzbar?
Welche Organismen werden unterstützt?
Kann ich Sequenzdaten erhalten?
Wie konvertiere ich Gen-IDs?
Was sind die API-Grenzen?
Entwicklerdetails
Autor
K-Dense-AILizenz
Non-academic use of KEGG requires a commercial license
Repository
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/kegg-databaseRef
main
Dateistruktur