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biopython

Name: biopython
Author: K-Dense-AI

Sicher 🔑 Umgebungsvariablen⚙️ Externe Befehle📁 Dateisystemzugriff🌐 Netzwerkzugriff

Analysiere biologische Sequenzen mit Biopython

Auch verfügbar von: davila7

Verarbeite DNA-, RNA- und Proteinsequenzen effizient mit Biopython. Greife programmgesteuert auf NCBI-Datenbanken zu, führe Sequenz-Alignments durch und automatisiere komplexe bioinformatische Pipelines für Forschungsanwendungen.

Unterstützt: Claude Codex Code(CC)

📊 71 Angemessen

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Einschalten und loslegen

Teste es

Verwendung von "biopython". Read a GenBank file and print information about each record

Erwartetes Ergebnis:

Record ID: NC_001416
Description: Escherichia coli bacteriophage lambda, complete genome
Sequence length: 48502 bp
GC content: 49.23%
Features: 73 total (genes, promoters, operators)

Verwendung von "biopython". Search PubMed for CRISPR and get the first 5 results

Erwartetes Ergebnis:

Found 15432 results for 'CRISPR'
PMIDs: 37253479, 37253478, 37253477, 37253476, 37253475
First result: Title, Authors, Journal info

Sicherheitsaudit

Sicher

v4 • 1/17/2026

All 546 static findings are FALSE POSITIVES. This skill contains only markdown documentation files with Python code examples for Biopython. The scanner misidentified markdown code block delimiters as shell commands, Biopython module names (Bio.Align, Bio.Phylo) as cryptographic algorithms, and documentation placeholders as real secrets. No executable code exists. This is a legitimate scientific documentation skill.

Gescannte Dateien

3,743

Analysierte Zeilen

befunde

Gesamtzahl Audits

Risikofaktoren

🔑 Umgebungsvariablen (7)

evaluation_output.json:48 evaluation_output.json:188 references/databases.md:26 references/databases.md:26 skill-report.json:219 SKILL.md:59 SKILL.md:59

⚙️ Externe Befehle (415)

📁 Dateisystemzugriff (6)

references/advanced.md:71 references/advanced.md:465 references/advanced.md:85 references/blast.md:28 references/blast.md:403 SKILL.md:343

🌐 Netzwerkzugriff (8)

references/databases.md:35 references/databases.md:25 skill-report.json:219 skill-report.json:6 SKILL.md:409 SKILL.md:410 SKILL.md:411 SKILL.md:412

Auditiert von: claude Audit-Verlauf anzeigen →

Qualitätsbewertung

Architektur

Wartbarkeit

Inhalt

Community

100

Sicherheit

100

Spezifikationskonformität

Was du bauen kannst

Sequenzverarbeitung im Batch

Große FASTA-Dateien verarbeiten, GC-Gehalt berechnen, Sequenzen übersetzen und Daten für nachgelagerte Analysen vorbereiten.

Analyse-Pipelines erstellen

Automatisierte Workflows für Sequenzabruf, Alignment, Phylogenie und Ergebnis-Parsing erstellen.

Bioinformatik lernen

Sequenzoperationen, Datenbankzugriff und strukturelle Bioinformatik anhand praktischer Beispiele erkunden.

Probiere diese Prompts

Sequenzdateien lesen

Zeig mir, wie ich eine FASTA-Datei lese und Sequenzdatensätze mit Bio.SeqIO extrahiere.

NCBI-Datenbankzugriff

Schreibe Code, um PubMed mit Bio.Entrez zu durchsuchen und die Top-10-Ergebnisse für eine Anfrage zu Protein-Kinasen abzurufen.

Sequenz-Alignment

Führe ein paarweises globales Alignment zwischen zwei DNA-Sequenzen mit Bio.Align durch und zeige mir den Alignment-Score.

Proteinstruktur

Lade eine PDB-Datei und berechne die Distanz zwischen zwei Alpha-Carbon-Atomen in einer Proteinkette.

Bewährte Verfahren

Setze Entrez.email immer beim Zugriff auf NCBI-Datenbanken, um deren Nutzungsrichtlinien einzuhalten
Verwende Iteratoren wie SeqIO.parse() für große Dateien, um nicht alles in den Speicher zu laden
Zwischenspeichere heruntergeladene Sequenzen, um redundante Netzwerkanfragen zu vermeiden und Rate-Limits einzuhalten

Vermeiden

API-Schlüssel nicht in Skripten hartcodieren; stattdessen Umgebungsvariablen verwenden
Fehlerbehandlung für Netzwerkoperationen nicht überspringen, da diese wegen Verbindungsproblemen fehlschlagen können
Große Alignments nicht verarbeiten, ohne zuvor die Speicheranforderungen zu prüfen

Häufig gestellte Fragen

Welche Dateiformate unterstützt Biopython?

FASTA, GenBank, FASTQ, EMBL, SwissProt, PDB, mmCIF und viele weitere Alignment-Formate.

Wie greife ich auf NCBI-Datenbanken zu?

Verwende Bio.Entrez mit gesetzter E-Mail. Suche mit esearch, rufe mit efetch ab und parse Ergebnisse mit Entrez.read.

Kann Biopython lokale BLAST-Suchen ausführen?

Ja, aber erfordert separat installiertes NCBI BLAST+. Verwende Bio.Blast.Applications für die Ausführung über die Kommandozeile.

Wie berechne ich Sequenzeigenschaften?

Verwende Bio.SeqUtils für GC-Gehalt, Molekulargewicht, Schmelztemperatur und Proteinanalyse.

Was ist der Unterschied zwischen parse und read?

parse() gibt einen Iterator für mehrere Datensätze zurück; read() erwartet genau einen Datensatz in der Datei.

Wie gehe ich mit Rate-Limits bei NCBI um?

Setze Entrez.api_key für 10 Anfragen pro Sekunde oder verwende 3 pro Sekunde ohne Schlüssel. Füge Verzögerungen zwischen Anfragen hinzu.

Entwicklerdetails

Autor

K-Dense-AI

Lizenz

BSD-3-Clause

Repository

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/biopython

Ref

main

Dateistruktur

📁 references/

📄 advanced.md

📄 alignment.md

📄 blast.md

📄 databases.md

📄 phylogenetics.md

📄 sequence_io.md

📄 structure.md

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md