Packmol-Molekülsysteme erstellen
Die Vorbereitung von Startstrukturen für die Molekulardynamik erfordert präzise Packmol-Syntax und passende Geometrieentscheidungen. Diese Skill hilft beim Erstellen von Eingaben, Solvatisierungs-Setups, Grenzflächen und Validierungsschritten für Packmol-Workflows.
Kopieren Sie diese Anfrage in Ihren Agent. Sie enthält die maßgebliche Skill-Seite und das Manifest.
Review the Skillstore skill "packmol" from https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/chenghao-wu-packmol/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.Ihr Agent sollte weiterhin seinen Plan anzeigen und alle von der Sicherheitsrichtlinie verlangten Bestätigungen anfordern.
Verwenden Sie diese Links, wenn ein KI-Agent, Crawler oder Skript sauberen Kontext benötigt, statt die vollständige Seite zu lesen.
„packmol“ wird verwendet. Der Benutzer fragt nach einer Simulationsbox mit 1000 Wassermolekülen.
Erwartetes Ergebnis:
Ein Packmol-Setup-Plan mit Toleranz, Boxabmessungen, Strukturanzahl, Ausgabename und Validierungsprüfungen.
„packmol“ wird verwendet. Der Benutzer fragt nach der Solvatisierung eines geladenen Proteins.
Erwartetes Ergebnis:
Ein Workflow zur Proteinsolvatisierung mit Schichtgröße, geschätzten Ionen, Anleitung zur periodischen Box und Erfolgskontrollen.
„packmol“ wird verwendet. Der Benutzer meldet einen fehlgeschlagenen Packungslauf für eine Grenzfläche.
Erwartetes Ergebnis:
Eine Zusammenfassung zur Fehlerbehebung, die Constraint-Konflikte, Molekülzahlen, Toleranz und inkrementelles Testen abdeckt.
Most static findings are false positives from Markdown code fences, relative documentation links, scientific terms, and reference URLs. The helper scripts write explicit output files and optionally run a fixed packmol command without shell interpolation. No prompt injection, data exfiltration intent, or hidden malicious behavior was found.
Teile den versionierten Bewertungsbericht, das neutrale Badge, die Einbettungskarte und Zitate. Skillstore berichtet Nachweise, ohne zu entscheiden, ob dieser Skill sicher ist.
https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol/audits/8?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report[](https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol?utm_source=security_passport_badge)<a href="https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/chenghao-wu-packmol/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a><iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/chenghao-wu-packmol.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>Chenghao-Wu. (2026). packmol security audit report (audit version 8) [Author version 1.0.0]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol/audits/8@techreport{chenghao-wu-chenghao-wu-packmol-2026,
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}cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "packmol security audit report (audit version 8)"
version: "1.0.0"
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authors:
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date-released: "2026-07-05"
url: "https://skillstore.io/skills/chenghao-wu-packmol/audits/8"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:chenghao-wu-packmol:audit:8"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
Erstelle einen klaren Packmol-Plan für Einkomponenten- oder gemischte Lösungsmittelboxen.
Richte Wasser, Ionen, Boxabmessungen und Validierungsprüfungen für ein Proteinsystem ein.
Entwirf Flüssig-Flüssig- oder Flüssig-Dampf-Grenzflächen mit Ebenen-Constraints und Dichteprüfungen.
Erstelle eine Packmol-Eingabe für 500 Wassermoleküle in einer kubischen Box mit 30 Ångström Kantenlänge. Füge Validierungsschritte hinzu.
Erstelle einen Packmol-Plan für ein 80:20-Wasser-Ethanol-Gemisch in einer 40-Ångström-Box.
Hilf dabei, protein.pdb mit einer 15-Ångström-Schicht, neutralisierenden Ionen und 0,15 M Salz zu solvatisieren.
Überprüfe meine Packmol-Constraints und erkläre, warum die Packung möglicherweise nicht konvergiert. Schlage sichere Parameteränderungen vor.
Autor
Chenghao-WuLizenz
MIT
Autorenversion
v1.0.0
Skillstore-Revision
r1
Ref.
02f077c174c5335e2f5d02ca15e77b70d9543e58
Aktualität der Wartung
18.7.2026
Nutzung
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