Fähigkeiten busco-phylogeny
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busco-phylogeny
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BUSCO-Phylogenomik-Workflows generieren
Phylogenomik aus Genomassemblies erfordert viele Tools, Scheduler-Skripte und Qualitätsprüfungen. Diese Skill leitet durch die Orthologenextraktion mit BUSCO oder compleasm, Alignment, Trimming, Baum-Inferenz und die Berichterstattung zu Methoden.
Unterstützt: Claude Codex Code(CC)
Vor der Installation anhalten und eine Bestätigung anfordern.
Prüfen Sie den Plan und holen Sie vor Änderungen an Dateien die ausdrückliche Zustimmung des Benutzers ein.
Mit meinem Agent installieren
Kopieren Sie diese Anfrage in Ihren Agent. Sie enthält die maßgebliche Skill-Seite und das Manifest.
Agent-Anfrage
Review the Skillstore skill "busco-phylogeny" from https://skillstore.io/skills/brunoasm-busco-phylogeny.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/brunoasm-busco-phylogeny/manifest. Verify the artifact. Stop and obtain explicit user consent before installing or changing files.Ihr Agent sollte weiterhin seinen Plan anzeigen und alle von der Sicherheitsrichtlinie verlangten Bestätigungen anfordern.
Agent-lesbare Ressourcen
Verwenden Sie diese Links, wenn ein KI-Agent, Crawler oder Skript sauberen Kontext benötigt, statt die vollständige Seite zu lesen.
Testen
„busco-phylogeny“ wird verwendet. Ich habe 24 Insekten-Genomassemblies und Zugriff auf einen SLURM-Cluster.
Erwartetes Ergebnis:
- Ein strukturierter Workflow-Plan mit erforderlichen Fragen, empfohlener BUSCO-Lineage, Verzeichnislayout und Scheduler-Strategie.
- Eine Abfolge generierter Job-Skripte für Orthologenerkennung, QC, Alignment, Trimming und Baum-Inferenz.
- Eine finale Checkliste erwarteter Baumdateien, QC-Berichte und Methodentext.
„busco-phylogeny“ wird verwendet. Ich kenne das Taxon, habe aber noch keine NCBI-Assembly-Accessions.
Erwartetes Ergebnis:
- Ein geführter NCBI-Assembly-Discovery-Schritt mit Auswahlkriterien für Assembly-Level und RefSeq-Status.
- Ein Plan zur Sammlung von Accessions und nächste Schritte für Genomdownload und Probenumbenennung.
„busco-phylogeny“ wird verwendet. Prüfe, ob meine Phylogenomik-Skripte für einen Cluster-Lauf bereit sind.
Erwartetes Ergebnis:
- Ein Validierungsbericht zu Tool-Optionen, Eingabe- und Ausgabe-Kontinuität, Ressourcenanforderungen und bekannten Scheduler-Annahmen.
- Konkrete Korrekturen, die vor dem Einreichen großer Jobs anzuwenden sind.
Sicherheitsaudit
Hohes Risikov9 • 23.7.2026 Versionsbericht öffnen
Most static matches are benign workflow syntax, documentation markup, fixed relative paths, or safe argument-list subprocess calls. Confirmed risks include eval-based command injection, unverified executable downloads, and predictable shared temporary directories. No prompt injection, credential collection, or data-exfiltration intent was found. Static review was capped at 400/549 representative findings; omitted static matches are unconfirmed, so automatic publishing stays disabled until manual review.
29
Gescannte Dateien
8,659
Analysierte Zeilen
32
Prüfelemente
0
Falschmeldungen ignoriert
Bestätigte Sicherheitsbedenken (1)
Hoch
Command Injection Through Eval
run_aliscore.sh concatenates user-controlled option values and an alignment basename into ALISCORE_CMD, then executes the string with eval. A crafted -o, -t, -w, -r, or filename value can run arbitrary shell commands.
The option parser directly appends positional values to a command string, and line 217 passes that string to eval. Shell metacharacters in those values are therefore interpreted as commands.
Elemente der Fähigkeitsprüfung (32)
Dies sind echte lokale Fähigkeiten, die für diese Fähigkeit erwartet werden können; daher müssen sie überprüft werden, werden jedoch nicht als bestätigtes bösartiges Verhalten gezählt.
Hoch
Hardcoded URL
GITHUB_BASE="https://raw.githubusercontent.com/brunoasm/my_claude_skills/main/phylo_from_buscos/scri
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
Hoch
Hardcoded URL
if wget -q https://github.com/PatrickKueck/AliCUT/raw/master/Aliscore_v.2.0/Aliscore.02.2.pl -O scri
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
Hoch
Hardcoded URL
wget -q https://github.com/PatrickKueck/AliCUT/raw/master/ALICUT_V2.3.1/ALICUT_V2.31.pl -O scripts/A
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
Hoch
Hardcoded URL
wget -q https://github.com/PatrickKueck/AliCUT/raw/master/Aliscore_v.2.0/Aliscore_module.pm -O scrip
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
Hoch
Hardcoded URL
wget https://raw.githubusercontent.com/PatrickKueck/AliCUT/master/Aliscore.02.2.pl
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
Hoch
Hardcoded URL
wget https://raw.githubusercontent.com/PatrickKueck/AliCUT/master/Aliscore_module.pm
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
Hoch
Hardcoded URL
wget https://raw.githubusercontent.com/PatrickKueck/AliCUT/master/ALICUT_V2.31.pl
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
Hoch
Hardcoded URL
wget https://raw.githubusercontent.com/PatrickKueck/FASconCAT-G/master/FASconCAT-G_v1.06.1.pl
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
Hoch
Hardcoded URL
wget https://github.com/iqtree/iqtree2/releases/download/v2.3.6/iqtree-2.3.6-Linux-intel.tar.gz
The instructions download an executable archive or installer without a checksum or signature before installation or execution. Compromise of the hosted artifact would allow code execution in the user's environment.
Hoch
Hardcoded URL
wget https://github.com/iqtree/iqtree2/releases/download/v2.3.6/iqtree-2.3.6-macOS-intel.tar.gz
The instructions download an executable archive or installer without a checksum or signature before installation or execution. Compromise of the hosted artifact would allow code execution in the user's environment.
Hoch
Hardcoded URL
wget https://github.com/iqtree/iqtree2/releases/download/v2.3.6/iqtree-2.3.6-macOS-arm.tar.gz
The instructions download an executable archive or installer without a checksum or signature before installation or execution. Compromise of the hosted artifact would allow code execution in the user's environment.
Hoch
Hardcoded URL
wget https://github.com/smirarab/ASTRAL/raw/master/Astral.5.7.8.zip
The instructions download an executable archive or installer without a checksum or signature before installation or execution. Compromise of the hosted artifact would allow code execution in the user's environment.
Hoch
Hardcoded URL
wget https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Miniforge3-Linux-x86_64.sh
The instructions download an executable archive or installer without a checksum or signature before installation or execution. Compromise of the hosted artifact would allow code execution in the user's environment.
Hoch
Hardcoded URL
wget https://raw.githubusercontent.com/PatrickKueck/FASconCAT-G/master/FASconCAT-G_v1.06.1.pl -O FAS
The instructions download executable Perl code from a repository path without a checksum or signature, then install or run it. A changed or compromised upstream artifact would execute with the user's privileges.
Mittel
Temp directory access
mkdir -p /tmp/phylo_downloads
The installation example reuses a predictable shared /tmp directory instead of creating a private directory. This permits local collisions and precreation attacks on installation artifacts.
Mittel
Temp directory access
cd /tmp/phylo_downloads
The installation example enters a predictable shared /tmp directory without checking ownership or permissions. Another local process can precreate that path and influence downloaded installation files.
Mittel
Temp directory access
rm -rf /tmp/phylo_downloads
The installation example recursively deletes a fixed shared /tmp path. Concurrent runs or a preexisting directory can cause cross-run data loss, so a private mktemp directory is required.
Mittel
Temp directory access
mkdir -p /tmp/phylo_downloads
The installation example reuses a predictable shared /tmp directory instead of creating a private directory. This permits local collisions and precreation attacks on installation artifacts.
Mittel
Temp directory access
cd /tmp/phylo_downloads
The installation example enters a predictable shared /tmp directory without checking ownership or permissions. Another local process can precreate that path and influence downloaded installation files.
Mittel
Temp directory access
rm -rf /tmp/phylo_downloads
The installation example recursively deletes a fixed shared /tmp path. Concurrent runs or a preexisting directory can cause cross-run data loss, so a private mktemp directory is required.
Mittel
Temp directory access
mkdir -p /tmp/phylo_downloads
The installation example reuses a predictable shared /tmp directory instead of creating a private directory. This permits local collisions and precreation attacks on installation artifacts.
Mittel
Temp directory access
cd /tmp/phylo_downloads
The installation example enters a predictable shared /tmp directory without checking ownership or permissions. Another local process can precreate that path and influence downloaded installation files.
Mittel
Temp directory access
rm -rf /tmp/phylo_downloads
The installation example recursively deletes a fixed shared /tmp path. Concurrent runs or a preexisting directory can cause cross-run data loss, so a private mktemp directory is required.
Mittel
Temp directory access
mkdir -p /tmp/phylo_downloads
The installation example reuses a predictable shared /tmp directory instead of creating a private directory. This permits local collisions and precreation attacks on installation artifacts.
Mittel
Temp directory access
cd /tmp/phylo_downloads
The installation example enters a predictable shared /tmp directory without checking ownership or permissions. Another local process can precreate that path and influence downloaded installation files.
Mittel
Temp directory access
rm -rf /tmp/phylo_downloads
The installation example recursively deletes a fixed shared /tmp path. Concurrent runs or a preexisting directory can cause cross-run data loss, so a private mktemp directory is required.
Mittel
Temp directory access
mkdir -p /tmp/phylo_downloads
The installation example reuses a predictable shared /tmp directory instead of creating a private directory. This permits local collisions and precreation attacks on installation artifacts.
Mittel
Temp directory access
cd /tmp/phylo_downloads
The installation example enters a predictable shared /tmp directory without checking ownership or permissions. Another local process can precreate that path and influence downloaded installation files.
Mittel
Temp directory access
rm -rf /tmp/phylo_downloads
The installation example recursively deletes a fixed shared /tmp path. Concurrent runs or a preexisting directory can cause cross-run data loss, so a private mktemp directory is required.
Mittel
Temp directory access
mkdir -p /tmp/phylo_downloads
The installation example reuses a predictable shared /tmp directory instead of creating a private directory. This permits local collisions and precreation attacks on installation artifacts.
Mittel
Temp directory access
cd /tmp/phylo_downloads
The installation example enters a predictable shared /tmp directory without checking ownership or permissions. Another local process can precreate that path and influence downloaded installation files.
Mittel
Temp directory access
rm -rf /tmp/phylo_downloads
The installation example recursively deletes a fixed shared /tmp path. Concurrent runs or a preexisting directory can cause cross-run data loss, so a private mktemp directory is required.
Risikofaktoren
⚙️ Externe Befehle (50)
references/REFERENCE.md:2204 references/REFERENCE.md:2219-2221 references/REFERENCE.md:89 references/REFERENCE.md:195 references/REFERENCE.md:219 references/REFERENCE.md:748 references/REFERENCE.md:752 references/REFERENCE.md:953 references/REFERENCE.md:958 references/REFERENCE.md:1010 references/REFERENCE.md:1180 references/REFERENCE.md:1357 references/REFERENCE.md:1481 references/REFERENCE.md:1482 references/REFERENCE.md:1512 references/REFERENCE.md:1513 references/REFERENCE.md:1543 references/REFERENCE.md:1544 references/REFERENCE.md:1567 references/REFERENCE.md:1579 references/REFERENCE.md:1614 references/REFERENCE.md:1651 references/REFERENCE.md:1652 references/REFERENCE.md:1677 references/REFERENCE.md:1678 references/REFERENCE.md:1694 references/REFERENCE.md:1716 references/REFERENCE.md:1750 references/REFERENCE.md:1751 references/REFERENCE.md:1772 references/REFERENCE.md:1773 references/REFERENCE.md:1788 references/REFERENCE.md:1812 references/REFERENCE.md:1813 references/REFERENCE.md:1828 references/REFERENCE.md:1851 references/REFERENCE.md:1852 references/REFERENCE.md:1867 references/REFERENCE.md:2006 references/REFERENCE.md:2007 references/REFERENCE.md:2039 references/REFERENCE.md:2040 references/REFERENCE.md:2068 references/REFERENCE.md:2098 references/REFERENCE.md:180 references/REFERENCE.md:204 references/REFERENCE.md:228 references/REFERENCE.md:670 references/REFERENCE.md:952 references/REFERENCE.md:957
🌐 Netzwerkzugriff (33)
references/REFERENCE.md:685 references/REFERENCE.md:769 references/REFERENCE.md:785 references/REFERENCE.md:786 references/REFERENCE.md:787 references/REFERENCE.md:792 references/REFERENCE.md:934 references/REFERENCE.md:935 references/REFERENCE.md:938 references/REFERENCE.md:998 references/REFERENCE.md:1045 references/REFERENCE.md:1070 references/REFERENCE.md:1095 references/REFERENCE.md:1133 references/REFERENCE.md:1303 references/REFERENCE.md:2177 references/REFERENCE.md:2179 references/REFERENCE.md:2181 references/REFERENCE.md:2183 references/REFERENCE.md:2185 references/REFERENCE.md:2187 references/REFERENCE.md:2189 references/REFERENCE.md:2191 references/REFERENCE.md:2193 references/REFERENCE.md:2195 references/REFERENCE.md:2197 scripts/query_ncbi_assemblies.py:6 scripts/query_ncbi_assemblies.py:24 scripts/run_alicut.sh:35 scripts/run_aliscore.sh:40 SKILL.md:212 SKILL.md:284 SKILL.md:515
📁 Dateisystemzugriff (50)
references/REFERENCE.md:518 references/REFERENCE.md:1649 references/REFERENCE.md:1656 references/REFERENCE.md:1675 references/REFERENCE.md:1680 references/REFERENCE.md:1691 references/REFERENCE.md:1697 references/REFERENCE.md:1711 references/REFERENCE.md:1718 references/REFERENCE.md:1747 references/REFERENCE.md:1753 references/REFERENCE.md:1769 references/REFERENCE.md:1775 references/REFERENCE.md:1785 references/REFERENCE.md:1789 references/REFERENCE.md:1810 references/REFERENCE.md:1815 references/REFERENCE.md:1825 references/REFERENCE.md:1829 references/REFERENCE.md:1849 references/REFERENCE.md:1854 references/REFERENCE.md:1864 references/REFERENCE.md:1868 references/REFERENCE.md:191 references/REFERENCE.md:215 references/REFERENCE.md:231 references/REFERENCE.md:1475 references/REFERENCE.md:1508 references/REFERENCE.md:1535 references/REFERENCE.md:1562 references/REFERENCE.md:1608 references/REFERENCE.md:1645 references/REFERENCE.md:1672 references/REFERENCE.md:1687 references/REFERENCE.md:1707 references/REFERENCE.md:1743 references/REFERENCE.md:1766 references/REFERENCE.md:1781 references/REFERENCE.md:1806 references/REFERENCE.md:1821 references/REFERENCE.md:1845 references/REFERENCE.md:1860 references/REFERENCE.md:1889 references/REFERENCE.md:1925 references/REFERENCE.md:1946 references/REFERENCE.md:2000 references/REFERENCE.md:2034 references/REFERENCE.md:2056 references/REFERENCE.md:2090 references/REFERENCE.md:191
Geprüft von: codex Audit-Verlauf anzeigen →
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<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/brunoasm-busco-phylogeny.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>Wissenschaftliche Zitate (APA · BibTeX · CFF)
APA-Zitat
brunoasm. (2026). busco-phylogeny security audit report (audit version 9) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/brunoasm-busco-phylogeny/audits/9BibTeX-Zitat
@techreport{brunoasm-brunoasm-busco-phylogeny-2026,
author = {brunoasm},
title = {busco-phylogeny security audit report (audit version 9)},
institution = {Skillstore},
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url = {https://skillstore.io/skills/brunoasm-busco-phylogeny/audits/9},
note = {Author version unspecified}
}CITATION.cff
cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "busco-phylogeny security audit report (audit version 9)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
- name: "brunoasm"
date-released: "2026-07-23"
url: "https://skillstore.io/skills/brunoasm-busco-phylogeny/audits/9"
identifiers:
- type: other
value: "skillstore:brunoasm-busco-phylogeny:audit:9"
description: "Skillstore immutable audit report identifier"
Skillstore-Score
Warum dieser Score Evidenzvertrauen: Mittel 77
Architektur
85
Wartbarkeit
87
Inhalt
70
Gemeinschaft
74
Spezifikationskonformität
Was Sie erstellen können
Eine Genom-Phylogenie erstellen
Erstelle einen vollständigen Workflow von Genomassemblies bis zu verketteten Ergebnissen und Species-Tree-Ergebnissen.
Cluster-Jobs vorbereiten
Generiere Scheduler-spezifische Skripte für compleasm, Alignment, Trimming und Baum-Inferenz.
Eine Phylogenomik-Pipeline dokumentieren
Erstelle QC-Zusammenfassungen, Output-Checklisten und einen Methodenentwurf mit Tool-Zitationen.
Diese Prompts ausprobieren
Einen einfachen Workflow starten
Generiere einen BUSCO-Phylogenomik-Workflow für meine lokalen Genomassemblies. Stelle mir zuerst die erforderlichen Fragen und empfehle dann die Verzeichnisstruktur und die ersten Einrichtungsschritte.
NCBI-Assemblies finden
Hilf mir, Genomassemblies von NCBI für mein Fokustaxon zu finden, geeignete Accessions auszuwählen und sie für eine BUSCO- oder compleasm-Phylogenie vorzubereiten.
Scheduler-Skripte erstellen
Erstelle SLURM- oder PBS-Skripte für compleasm, MAFFT-Alignment, Trimming, IQ-TREE und ASTRAL unter Verwendung meiner Genomanzahl, CPU-Limits, Speicher, Walltime und BUSCO-Lineage.
Pipeline optimieren und validieren
Prüfe meinen geplanten Phylogenomik-Workflow auf Ressourcenzuweisung, Pfadkontinuität, Tool-Optionen, Substitutionsmodelle und fehlende Validierungsprüfungen, bevor ich ihn auf dem Cluster ausführe.
Bewährte Praktiken
- Bestätige Tool-Versionen, Scheduler-Limits und das Verhalten der Conda-Aktivierung, bevor generierte Skripte ausgeführt werden.
- Verwende stabile Probennamen, die Accessions- und Arteninformationen enthalten, damit Bäume nachvollziehbar bleiben.
- Führe den ersten compleasm-Job separat aus, damit die BUSCO-Lineage-Datenbank vor parallelen Jobs gecacht wird.
Vermeiden
- Alle Genom-Jobs einreichen, bevor Lineage-Datenbank und Umgebungssetup bestätigt wurden.
- Vage Probennamen verwenden, die finale Baum-Labels schwer nachvollziehbar machen.
- QC-Interpretation und Methodendokumentation nach der Baumerstellung überspringen.
Häufig gestellte Fragen
Führt diese Skill phylogenomische Tools automatisch aus?
Sie generiert und validiert hauptsächlich Workflow-Skripte. Benutzer führen diese Skripte in ihrer eigenen lokalen, SLURM- oder PBS-Umgebung aus.
Kann sie NCBI-Genome verwenden?
Ja. Sie enthält Anleitungen und Hilfsskripte zum Finden von Assemblies, Herunterladen von Genomen und Umbenennen von Dateien für Baum-Labels.
Welche Orthologen-Tools unterstützt sie?
Sie konzentriert sich auf BUSCO- oder compleasm-Single-Copy-Orthologe und verbindet diese Outputs anschließend mit Alignment- und Baumaufbau-Schritten.
Kann sie Cluster-Job-Skripte erstellen?
Ja. Sie enthält Vorlagen für SLURM, PBS und lokale Ausführung, mit Platzhaltern für CPUs, Speicher, Walltime, Lineage und Locus-Anzahlen.
Wählt sie das beste Substitutionsmodell aus?
Sie empfiehlt Modellsets und verwendet die IQ-TREE-Modellauswahl, aber Benutzer sollten die Entscheidungen für ihr Taxon und ihren Sequenztyp bestätigen.
Was sollten Benutzer vor dem Ausführen von Skripten prüfen?
Benutzer sollten Pfade, Scheduler-Account-Einstellungen, Conda-Aktivierung, CPU- und Speicheranforderungen, Tool-Versionen und alle heruntergeladenen Abhängigkeiten prüfen.
Entwicklerdetails
Autor
brunoasmLizenz
MIT
Skillstore-Revision
r2
Versionshinweis
Der Autor hat keine Version angegeben.
Ref.
a39a91716eadede5f4cdefd78178fed4e837a128
Aktualität der Wartung
24.7.2026
Nutzung
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