يتطلب تحليل الجينوم أحادي الخلية نماذج احتمالية متخصصة لتقليل الأبعاد وتصحيح الدُفعات والتكامل عبر طرق متنوعة. يوفر scvi-tools نماذج توليدية عميقة مبنية على PyTorch لتحليل شامل لبيانات أحادية الخلية.

تتطلب الأبحاث البيولوجية أدوات متخصصة لتحليل تسلسلات الحمض النووي والأشجار التطورية ومقاييس التنوع. توفر هذه المهارة إرشادات حول استخدام scikit-bio لمعالجة التسلسلات، وحساب تنوع ألفا وبيتا، وإجراء الاختبارات الإحصائية على بيانات الميكروبيوم.

يقضي العلماء ساعات في تنسيق الرسوم البيانية لتقديمها للمجلات العلمية. توفر هذه الأداة أنماط matplotlib المُعدّة مسبقًا ولوحات الألوان الصديقة لعمى الألوان وأدوات التصدير الآلية لإنشاء رسوم بيانية احترافية في دقائق بدلاً من ساعات.

قم ببناء عروض تقديمية علمية احترافية للمؤتمرات والنقاشات ومناقشات الأطروحات. أنشئ شرائح مدعومة بالذكاء الاصطناعي مع تنسيق متسق، واستخدم قوالب LaTeX Beamer، واتبع مبادئ التصميم المدعومة بالأبحاث.

غالبًا ما تمر الادعاءات العلمية دون تساؤل على الرغم من احتوائها على عيوب منهجية وتحيزات واستنتاجات مبالغ فيها. توفر هذه المهارة أطرًا منهجية لتقييم جودة البحث باستخدام منهجيات راسخة مثل GRADE و Cochrane ROB، مما يتيح تقييمًا دقيقًا للأدلة.

يحتاج العلماء إلى اتجاهات بحثية جديدة لكنهم غالباً ما يعلقون في أنماط التفكير المعتادة. تعمل هذه المهارة كشريك تعاوني للعصف الذهني لتوليد الفرضيات، واستكشاف الروابط متعددة التخصصات غير المتوقعة، وتطوير منهجيات مبتكرة من خلال تقنيات العصف الذهني المنظمة.

يستغرق العثور على الأبحاث الحالية والأوراق الأكاديمية وقتًا كبيرًا. تستخدم هذه المهارة نماذج Perplexity Sonar من خلال OpenRouter للبحث في الأدبيات الأكاديمية والدراسات الحديثة والوثائق التقنية مع الاستشهادات التلقائية.

كتابة المنح البحثية التنافسية للوكالات الفيدرالية معقدة وتستغرق وقتًا طويلاً. توفر هذه المهارة إرشادات محددة لكل وكالة، ونماذج، وأفضل الممارسات لمقترحات NSF و NIH و DOE و DARPA.

يتطلب البحث في المسارات البيولوجية البحث في قواعد بيانات متعددة وإجراء التحليل الإحصائي. توفر هذه المهارة وصولاً مباشراً إلى واجهة برمجة تطبيقات REST لقاعدة بيانات Reactome لتحليل إثراء المسارات، ورسم خرائط الجينات والمسارات، والاستعلامات عن التفاعلات الجزيئية.

RDKit هي مكتبة cheminformatics مفتوحة المصدر قوية للتحليل الجزيئي. توفر هذه المهارة إرشادات شاملة لحساب الخصائص الجزيئية، وإجراء عمليات البحث بالتشابه، وتصفية المركبات بالبنية الفرعية، وتصور البنى الكيميائية.

يتطلب تطوير الحوسبة الكمومية فهم تصميم الدوائر المعقدة، والتحويل، والتحسين الخاص بالأجهزة. توفر هذه المهارة إرشادات شاملة لبناء دوائر الكم، وتشغيل الخوارزميات مثل VQE و QAOA على المحاكيات أو الأجهزة الحقيقية، وتصور النتائج.

العمل مع مجموعات بيانات اكتشاف الأدوية يتطلب التنقل بين مصادر متفرقة وتنسيقات غير متسقة. يوفر PyTDC أكثر من 50 مجموعة بيانات علاجية للذكاء الاصطناعي مع واجهات برمجة تطبيقات موحدة وتقسيمات ذات معنى وبروتوكولات تقييم معيارية.

يحتاج المهندسون والباحثون إلى إيجاد مقايضات مثالية بين الأهداف المتضاربة مثل التكلفة والوزن والأداء. توفر هذه المهارة الوصول إلى NSGA-II و NSGA-III وخوارزميات تطورية أخرى من خلال pymoo لاكتشاف حلول باريتو المثلى لمشاكل التصميم المعقدة.

يتطلب تطوير نماذج التعلم الآلي للرعاية الصحية فهم تنسيقات البيانات السريرية المعقدة، وأنظمة الترميز الطبي، والهندسات المتخصصة للنماذج. توفر هذه المهارة إرشادات شاملة حول استخدام PyHealth لبناء وتدريب وتقييم نماذج التنبؤ السريري لمهام التنبؤ بالوفيات، وتوصية الأدوية، والترميز الطبي.

حدد الجينات المعبر عنها تفاضلياً من بيانات تسلسل RNA السائبة بدقة إحصائية. يوفر PyDESeq2 سير عمل DESeq2 الكامل بما في ذلك التطبيع وتقدير التشتت واختبار والد وتصحيح FDR والتصورات الجاهزة للنشر.

إيجاد الأبحاث الطبية الحيوية ذات الصلة يستغرق وقتاً طويلاً. توفر هذه المهارة تقنيات بحث متقدمة، وإرشادات مصطلحات MeSH، وتوثيق واجهة برمجة التطبيقات E-utilities للعثور بسرعة على المقالات والتجارب السريرية والمراجعات المنهجية في قاعدة بيانات PubMed التي تحتوي على ملايين الاستشهادات.

يتطلب العثور على المعلومات الكيميائية التنقل عبر قواعد بيانات متعددة واستعلامات API معقدة. توفر هذه المهارة وصولاً موحداً إلى قاعدة بيانات PubChem مع بحث بسيط بالاسم أو البنية أو المعرف بالإضافة إلى استرجاع الخصائص والبحث عن التشابه لمسارات العمل الكيميائية.

يقضي العلماء ساعات في البحث عن بروتوكولات المختبر وتوثيقها يدويًا. توفر هذه المهارة تكاملاً كاملاً مع واجهة برمجة التطبيقات protocols.io API v3، مما يتيح الوصول البرمجي للبحث عن البروتوكولات العلمية وإنشائها وإدارتها ونشرها مع ميزات التعاون الجماعي.

تتطلب المراجعة النظيرة للمخطوطات العلمية منهجية متسقة عبر التخصصات. توفر هذه المهارة أطراً منظمة لتقييم المنهجية والإحصائيات والقابلية للتكرار والأخلاقيات ومعايير الإبلاغ لتقييم شامل للمخطوطات والمنح.

تتطلب العثور على الهياكل البيولوجية ثلاثية الأبعاد التنقل عبر قواعد متعددة وتنسيقات ملفات مختلفة. توفر هذه المهارة وصولاً موحداً إلى مستودع RCSB PDB للبحث والتحميل وتحليل أكثر من 200000 هيكل جزيئي تم تحديدها تجريبياً وحسابياً.