يحتاج الباحثون إلى وصول فعال إلى مجموعات بيانات تعبير الجينات للتحليل. تتيح هذه المهارة الاستعلام عن بيانات NCBI GEO وتنزيلها وتحليلها، والتي تحتوي على ملايين العينات الجينومية.

يحول Geniml ملفات BED إلى تضمينات التعلم الآلي لتحليل المناطق الجينومية. تدرب النماذج للعثور على أنماط في قابلية الوصول للكروماتين، وبناء مجموعات ذروة مت consensus، وتحليل بيانات scATAC-seq للخلايا المفردة.

الوصول إلى بيانات الجينات الشاملة من NCBI بما في ذلك التسلسلات والتعليقات التوضيحية والمعلومات الوظيفية. البحث حسب رمز الجين أو المعرف أو السياق البيولوجي لاسترداد RefSeqs و Gene Ontology والمواقع الكروموسومية والبنى لفحص المعلومات الحيوية.

يوفر FluidSim ديناميكا الموائع الحسابية عالية الأداء في بايثون. شغّل محاكاة Navier-Stokes، وحلّل الاضطراب، وتصوّر النتائج بأوامر بايثون بسيطة. لا حاجة لإعدادات معقدة لـ Fortran أو C++.

مجموعة أدوات ETE تبسط تحليل النشوء والتطور لأبحاث علم الأحياء التطوري. معالجة بيانات الأشجار، واكتشاف الأحداث التطورية، وإنشاء تصورات جاهزة للنشر.

استعلام واجهة REST API لقاعدة بيانات Ensembl الجينومية للحصول على البيانات الجينومية للفقاريات. ابحث عن الجينات، واسترجع التسلسلات، وحلل المتغيرات باستخدام VEP، وأداء الجينوميات المقارنة عبر أكثر من 250 نوعاً.

توفر DNAnexus تحليلاً للدراسات الجينومية السحابية ولكنها تتطلب معرفة خاصة بالمنصة. تقدم هذه المهارة توثيقاً كاملاً لبناء التطبيقات وإدارة البيانات وتشغيل سير عمل المعلومات الحيوية.

يستخدم DiffDock نماذج الانتشار المتقدمة للتنبؤ بكيفية ارتباط الجزيئات الصغيرة بالبروتينات في الفضاء ثلاثي الأبعاد. يمكن للباحثين تسريع اكتشاف الأدوية من خلال توليد وضعيات ارتباط دقيقة مع درجات الثقة لتصميم الأدوية القائم على البنية.

تحويل مجموعات البيانات إلى بحث جاهز للنشر من خلال أتمتة توليد الفرضيات، وتطوير المنهجيات، والتجارب الحسابية، وكتابة أوراق LaTeX. تنسيق الذكاء الاصطناعي متعدد الوكلاء لوكلاء متخصصين لسير عمل بحثي من البداية إلى النهاية.

معالجة البيانات الكيميائية بكفاءة من خلال واجهة Pythonic لـ RDKit. Datamol تبسط عمليات الكيمياء المعلوماتية المعقدة مع الحفاظ على التوافق الكامل مع نظام RDKit البيئي.

يحتاج باحثو السرطان إلى بيانات شاملة عن الطفرات لإجراء دراساتهم. توفر هذه المهارة وصولاً مبرمجاً إلى قاعدة بيانات COSMIC التي تحتوي على ملايين الطفرات الجسمية، وقوائم الجينات السرطانية المنسقة، والتوقيعات الطفرية لأبحاث العلاج الدقيق للأورام.

تحتوي ClinVar على تصنيفات متغيرات حرجة للوراثة السريرية، لكن الوصول إلى هذه البيانات وتفسيرها يتطلب معرفة متخصصة. توفر هذه المهارة إرشادات شاملة للاستعلام عن ClinVar عبر واجهة الويب أو API أو تنزيلات FTP، مع إرشادات تفصيلية لتفسير تصنيفات الأهمية السريرية.

الوصول إلى ClinPGx لاسترجاع بيانات الصيدلة الجينومية بما في ذلك التفاعلات بين الجينات والأدوية، إرشادات CPIC، ومعلومات وظيفة الأليلات. تدعم هذه المهارة الطب الدقيق من خلال توفير دعم القرار السريري للجرعات الموجهة بالنمط الجيني.

يحتاج الباحثون السريريون إلى وثائق قائمة على الأدلة لتطوير الأدوية وتقديمها للجهات التنظيمية. تنتج هذه المهارة وثائق دعم القرار السريري جاهزة للنشر مع تقسيم المؤشرات الحيوية وتقييم الأدلة حسب نظام GRADE.

تساعد هذه المهارة الباحثين في البحث عن الأوراق البحثية واستخراج البيانات الوصفية وإنشاء إدخالات BibTeX منسقة بشكل صحيح. تتحقق من الاستشهادات الموجودة وتضمن دقة المراجع للكتابة العلمية والنشر.

تصميم ومحاكاة الدوائر الكمومية باستخدام إطار عمل Cirq من Google. توفر هذه المهارة وثائق شاملة لبناء الدوائر الكمومية، ونمذجة الضوضاء، والتكامل مع الأجهزة، وتشغيل التجارب على أجهزة الحاسوب الكمومية والمحاكيات.

يهدر الباحثون ساعات في البحث اليدوي داخل bioRxiv عن المسودات ذات الصلة. تقوم هذه المهارة بأتمتة اكتشاف الأدبيات عبر ترشيح دقيق بالكلمات المفتاحية والمؤلفين ونطاقات التاريخ والفئات العلمية.

معالجة تسلسلات DNA وRNA والبروتين بكفاءة باستخدام Biopython. الوصول إلى قواعد بيانات NCBI برمجياً، وإجراء محاذاة التسلسلات، وأتمتة خطوط العمل المعقدة للبيولوجيا الحاسوبية للبحث العلمي.

يعمل Biomni على تحويل البحث الحيوي المعقد من خلال التنفيذ المستقل لمهام التحليل متعددة الخطوات. يمكن للباحثين التركيز على الأسئلة العلمية بينما يتولى الذكاء الاصطناعي معالجة البيانات ومراجعة الأدبيات والتحليل الحسابي عبر مجالات الجينوم واكتشاف الأدوية والسريرية.

يتطلب العمل مع البيانات الفلكية التعامل مع أنظمة إحداثيات معقدة وصيغ ملفات وحسابات. توفر هذه المهارة إرشادات لاستخدام Astropy لمعالجة الإحداثيات السماوية وملفات FITS والحسابات الكونية.