scikit-bio
تحليل البيانات البيولوجية باستخدام scikit-bio
또한 다음에서 사용할 수 있습니다: davila7
معالجة التسلسلات البيولوجية، وحساب مقاييس التنوع، وإجراء الاختبارات الإحصائية على بيانات الميكروبيوم والبيئة. توفر هذه المهارة إرشادات شاملة لسير عمل المعلوماتية الحيوية بما في ذلك محاذاة التسلسلات، والتحليل التطوري، والتنسيق.
스킬 ZIP 다운로드
Claude에서 업로드
설정 → 기능 → 스킬 → 스킬 업로드로 이동
토글을 켜고 사용 시작
테스트해 보기
"scikit-bio" 사용 중입니다. حساب مقاييس التنوع من جدول OTU الخاص بي
예상 결과:
- Read your BIOM table: Table.read('table.biom')
- Calculate alpha diversity: alpha_diversity('shannon', counts, ids=sample_ids)
- Calculate beta diversity: beta_diversity('braycurtis', counts, ids=sample_ids)
- Run PERMANOVA: permanova(distance_matrix, grouping, permutations=999)
"scikit-bio" 사용 중입니다. بناء شجرة تطورية من تسلسلاتي
예상 결과:
- Read sequences from FASTA: skbio.DNA.read('sequences.fasta')
- Calculate distance matrix: seq1.distance(seq2) or use kmer_distance
- Build tree with NJ: nj(distance_matrix)
- Calculate Robinson-Foulds distance: tree.robinson_foulds(other_tree)
보안 감사
안전Documentation-only skill with no executable code. All 133 static findings are false positives: detected backticks are markdown code delimiters, C2 keywords are scientific abbreviations (PC1, CCA, RDA for ordination methods), weak crypto flags are biological substitution matrices (BLOSUM62 for protein alignments), and URLs are official documentation links. No command injection, network exfiltration, or malicious patterns exist.
위험 요인
⚙️ 외부 명령어 (5)
🌐 네트워크 접근 (1)
품질 점수
만들 수 있는 것
تحليل تنوع الميكروبيوم
حساب التنوع ألفا وبيتا من جداول OTU وإجراء اختبار PERMANOVA على مجموعات العينات.
بناء الأشجار التطورية
بناء الأشجار من محاذاة التسلسلات وحساب مسافات Robinson-Foulds لمقارنة الأشجار.
معالجة بيانات التسلسلات
قراءة وتصفية وتحويل التسلسلات البيولوجية عبر أكثر من 19 تنسيق ملف مع التحقق.
이 프롬프트를 사용해 보세요
أظهر لي كيفية قراءة ملف FASTA باستخدام skbio، وحساب التكامل العكسي، وإيجاد الأنماط باستخدام أنماط التعبير النمطي.
رشدني خلال حساب تنوع ألفا Shannon من مصفوفة Counts وحساب تنوع بيتا Bray-Curtis بين العينات.
ساعدني في بناء شجرة تطورية باستخدام Neighbor Joining من مصفوفة المسافة وحساب المسافات patristic بين الأنواع.
أظهر لي كيفية تشغيل اختبار PERMANOVA على مصفوفة المسافة لتحديد ما إذا كانت مجموعات العينات تختلف بشكل كبير، مع 999 تكرارًا.
모범 사례
- استخدم المولدات (skbio.io.read) لملفات التسلسلات الكبيرة لتجنب مشاكل الذاكرة
- التكامل مع pandas و numpy للتحليل والتصور اللاحق
- التحقق من تطابق معرفات التسلسلات عبر الملفات قبل حساب التنوع
피하기
- لا تستخدم الترددات النسبية للعد - حولها إلى أعداد صحيحة أولاً
- لا تخلط بين الأشجار الجذرية وغير الجذرية عند حساب مسافات Robinson-Foulds
- لا تتخطى PERMDISP عند تشغيل PERMANOVA - تحقق من افتراضات التشتت