📦

pysam

Name: pysam
Author: K-Dense-AI

مراجعة المحتوى r1 مخاطر عالية 🌐 الوصول إلى الشبكة📁 الوصول إلى نظام الملفات⚙️ الأوامر الخارجية

تحليل الملفات الجينومية باستخدام PySAM

تحتاج سير عمل البيانات الجينومية إلى معالجة موثوقة لملفات BAM وVCF وFASTA وFASTQ. ترشد هذه المهارة إلى استخدام PySAM للقراءات والمتغيرات والتسلسلات والتغطية والفهرسة.

يدعم: Claude Codex Code(CC)

⚠️ 38 ضعيف

توقف واطلب التأكيد قبل التثبيت.

راجع الخطة واحصل على موافقة صريحة من المستخدم قبل تغيير الملفات.

التثبيت باستخدام Agent لدي

انسخ هذا الطلب إلى Agent لديك. يتضمن صفحة Skill المعتمدة وملف manifest.

طلب الوكيل

Review the Skillstore skill "pysam" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pysam.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-pysam/manifest. Verify the artifact. Stop and obtain explicit user consent before installing or changing files.

يجب أن يواصل Agent عرض خطته وطلب أي تأكيد تفرضه سياسة الأمان.

موارد مهيّأة لـ Agents

استخدم هذه الروابط عندما يحتاج AI Agent أو crawler أو script إلى سياق نظيف بدلًا من قراءة الصفحة كاملة.

تفاصيل Markdown GET /skills/k-dense-ai-pysam.md manifest موقَّع GET /api/skills/k-dense-ai-pysam/manifest lockfile موقَّع GET /api/skills/k-dense-ai-pysam/lockfile

اختبرها

جارٍ استخدام "pysam". لخص التغطية لـ chr7 من ملف BAM.

النتيجة المتوقعة:

ملخص التغطية للفاصل المستهدف في chr7.
يتم الإبلاغ عن متوسط العمق مع الحد الأدنى والحد الأقصى للعمق.
تدرج فواصل التغطية المنخفضة للمراجعة اللاحقة.

جارٍ استخدام "pysam". اشرح كيفية استخراج المتغيرات في الجينات من ملف VCF وملف BED.

النتيجة المتوقعة:

افتح ملف VCF باستخدام PySAM VariantFile وملف BED باستخدام TabixFile.
استرجع المتغيرات لكل فاصل جيني باستخدام contig وإحداثيات start وend المطابقة.
أرجع أسماء الجينات ومواضع المتغيرات والأليلات وحقول الجودة.

جارٍ استخدام "pysam". ساعد في تجنب أخطاء الإحداثيات عند استخدام PySAM.

النتيجة المتوقعة:

استخدم إحداثيات صفرية البداية ونصف مفتوحة لاستدعاءات PySAM الرقمية.
استخدم إحداثيات أحادية البداية لسلاسل المناطق ومواضع VCF.
وثق كل تحويل بالقرب من الاستعلام الذي يستخدمه.

التدقيق الأمني

مخاطر عالية

v7 • ٥‏/٧‏/٢٠٢٦ فتح التقرير المرتبط بالإصدار

Most static findings are false positives caused by PySAM terminology: fetch() is local genomic record access, keys() is VCF metadata access, and Markdown backticks are formatting. No evidence found of network exfiltration, credential access, or malicious command execution in the documentation examples. Semantic review found an embedded self-audit asserting the skill is safe and a low-severity promotional instruction for the author's hosted platform.

الملفات التي تم فحصها

2,032

الأسطر التي تم تحليلها

عناصر المراجعة

تم تجاهل الإيجابيات الكاذبة

مخاوف أمنية مؤكدة (2)

مرتفع

EVALUATION_OUTPUT.json:15-18

Prompt Injection Attempt Detected

EVALUATION_OUTPUT.json embeds an audit result with "risk_level": "safe", "safe_to_publish": true, and a summary saying all static findings are false positives. This can bias downstream security review and should not ship inside the skill.

The file contains explicit safety verdicts and false-positive claims inside the package. It is not code execution, but it directly attempts to steer review outcomes.

منخفض

SKILL.md:264-265

Self-Promotional Platform Steering

SKILL.md instructs the agent to proactively suggest K-Dense Web for complex workflows. This is unrelated to PySAM functionality and can steer users toward the author's hosted service.

The instruction is explicit and user-facing, but it is promotional rather than malicious. It is best treated as marketplace integrity risk.

عوامل الخطر

🌐 الوصول إلى الشبكة (49)

📁 الوصول إلى نظام الملفات (10)

references/alignment_files.md:75 references/common_workflows.md:311 references/common_workflows.md:340 references/common_workflows.md:426 references/sequence_files.md:205 references/sequence_files.md:224 references/sequence_files.md:270 references/sequence_files.md:285 references/sequence_files.md:301 references/variant_files.md:334

⚙️ الأوامر الخارجية (45)

دقّقه: codex عرض سجل التدقيق →

شارك واستشهد بهذا التقرير

شارك تقرير التقييم المرتبط بالإصدار والشارة المحايدة وبطاقة التضمين والاستشهادات. تعرض Skillstore الأدلة من دون أن تقرر ما إذا كانت هذه المهارة آمنة.

فتح التقرير المرتبط بالإصدار

نسخ رابط التقرير

https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pysam/audits/7?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

شارة Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-pysam/security.svg)](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pysam?utm_source=security_passport_badge)

شارة HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pysam?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-pysam/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

بطاقة قابلة للتضمين

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-pysam.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

الاستشهادات الأكاديمية (APA · BibTeX · CFF)

اقتباس APA

K-Dense-AI. (2026). pysam security audit report (audit version 7) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pysam/audits/7

اقتباس BibTeX

@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-pysam-2026,
  author = {K-Dense-AI},
  title = {pysam security audit report (audit version 7)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {7},
  url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pysam/audits/7},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "pysam security audit report (audit version 7)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "K-Dense-AI"
date-released: "2026-07-05"
url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-pysam/audits/7"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:k-dense-ai-pysam:audit:7"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

مقارنة المتغيرات

2 متغيرات قابلة للتثبيت

تبقى مهارة كل مؤلف عنصراً مستقلاً قابلاً للتثبيت. يُرتب المتغير الموصى به وفق أدلة Skillstore.

سبب تصدر هذا المتغير

أعلى تقييم في Skillstore

المؤلف / المصدر تقييم Skillstore موثوقية الأدلة استخدام Skillstore تم التحديث

davila7 موصى به

davila7-pysam

تقييم Skillstore 76

موثوقية الأدلة مرتفع

استخدام Skillstore 9

تم التحديث

2026-09-09

K-Dense-AI الحالي

k-dense-ai-pysam

تقييم Skillstore 38

موثوقية الأدلة متوسط

استخدام Skillstore 11

تم التحديث

2026-09-09

تقييم Skillstore

سبب هذا التقييم موثوقية الأدلة: متوسط

الهندسة المعمارية

قابلية الصيانة

المحتوى

المجتمع

الامتثال للمواصفات

ما الذي يمكنك بناؤه

مراجعة جودة المحاذاة

احسب أعداد القراءات ومعدلات التعيين ومعدلات التكرار وملخصات التغطية من ملفات BAM أو CRAM.

فحص أدلة المتغيرات

اجمع سجلات VCF مع دعم قراءات BAM والسياق المرجعي لمراجعة المتغيرات المستهدفة.

إعداد مستخلصات التسلسل

استخرج فواصل مرجعية أو تسلسلات جينات أو قراءات مصفاة للتحليل اللاحق.

جرّب هذه الموجّهات

فتح ملف محاذاة

استخدم PySAM لفتح ملف BAM وسرد القراءات المتداخلة مع chr1 من 1000 إلى 2000.

تصفية سجلات المتغيرات

اعرض كيفية قراءة ملف VCF والاحتفاظ بالمتغيرات ذات جودة لا تقل عن 30 وعمق لا يقل عن 20.

قياس التغطية الإقليمية

أنشئ سير عمل PySAM يبلغ عن التغطية لكل قاعدة وفواصل التغطية المنخفضة لمنطقة مستهدفة.

دمج BAM وVCF وFASTA

صمم سير عمل PySAM يتحقق من المتغيرات باستخدام القراءات المحاذاة ويستخرج سياق التسلسل المرجعي.

أفضل الممارسات

أنشئ الفهارس وتحقق منها قبل استخدام استعلامات الوصول العشوائي.
اجعل تحويلات الإحداثيات صريحة عند الانتقال بين BAM وVCF وسلاسل المناطق.
دفق الملفات الكبيرة باستخدام iterators وأغلق file handles بعد المعالجة.

تجنب

تحميل ملفات BAM أو FASTQ أو VCF بالكامل في الذاكرة من أجل تصفيات بسيطة.
خلط الإحداثيات صفرية البداية وأحادية البداية دون تعليقات أو اختبارات.
كتابة ملفات الإخراج قبل التحقق من الرؤوس وcontigs وأسماء العينات.

الأسئلة المتكررة

ما الملفات الجينومية التي تغطيها هذه المهارة؟

يغطي ملفات SAM وBAM وCRAM وVCF وBCF وFASTA وFASTQ وBED وGTF والملفات المفهرسة باستخدام tabix.

هل تنزل هذه المهارة البيانات من الإنترنت؟

لا. تقرأ طرق fetch الموثقة الملفات الجينومية المحلية المفهرسة حسب المنطقة الجينومية.

لماذا تعد ملفات الفهرس مهمة؟

تتيح الفهارس وصولا عشوائيا سريعا إلى ملفات BAM وCRAM وFASTA وVCF وBCF وtabix الكبيرة.

هل يمكن أن يحل PySAM محل samtools وbcftools؟

يكشف PySAM العديد من عمليات samtools وbcftools، لكن خطوط الأنابيب المعقدة قد تظل تستخدم تلك الأدوات مباشرة.

ما نظام الإحداثيات الذي يجب أن أستخدمه؟

تستخدم استدعاءات PySAM الرقمية عادة إحداثيات صفرية البداية ونصف مفتوحة. غالبا ما تستخدم مواضع VCF وسلاسل المناطق إحداثيات أحادية البداية.

هل هذه المهارة مناسبة للقرارات السريرية؟

لا. يمكنها دعم سير عمل التحليل، لكن التفسير السريري يتطلب خطوط أنابيب معتمدة ومراجعة من خبراء.

تفاصيل المطور

المؤلف

K-Dense-AI

الترخيص

MIT license

مراجعة Skillstore

تنبيه الإصدار

لم يعلن المؤلف عن إصدار.

المستودع

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/pysam

مرجع

a25199bc7d6b82598536822d1738eb5d5f54025b

حداثة الصيانة

٢٩‏/٧‏/٢٠٢٦

الاستخدام

9 تنزيلات · 172 مشاهدات

بنية الملفات

📁 references/

📄 alignment_files.md

📄 common_workflows.md

📄 sequence_files.md

📄 variant_files.md

📄 EVALUATION_OUTPUT.json

📄 SKILL.md