latchbio-integration
إنشاء خطوط أنابيب bioinformatics باستخدام Latch SDK
متاح أيضًا من: davila7
نشر سير عمل bioinformatics جاهز للإنتاج دون إدارة البنية التحتية. إنشاء خطوط أنابيب بدون خادم باستخدام decorators Python معcontainerization تلقائي، ودعم GPU، وcloud storage المتكامل.
تنزيل ZIP المهارة
رفع في Claude
اذهب إلى Settings → Capabilities → Skills → Upload skill
فعّل وابدأ الاستخدام
اختبرها
استخدام "latchbio-integration". إنشاء سير عمل Latch للتنبؤ ببنية البروتين
النتيجة المتوقعة:
- استخدام decorator @large_gpu_task مع GPU nvidia-tesla-v100
- استيراد alphafold من وحدة latch.verified
- التهيئة عبر LatchFile لتسلسل FASTA
- تعيين دليل الإخراج مع LatchDir لنتائج PDB
- المنصة تتعامل تلقائيًا مع containerization Docker
- مراقبة التنفيذ عبر لوحة التحكم Latch
استخدام "latchbio-integration". كيف أقوم بإعداد تحليل التعب التفاضلي DESeq2؟
النتيجة المتوقعة:
- استيراد deseq2 من وحدة latch.verified
- تعريف معلمات الإدخال لمصفوفة العد والبيانات الوصفية للعينة
- تهيئة دليل الإخراج للنتائج والرسوم البيانية
- المنصة تخصيص موارد الحوسبة المناسبة
- الوصول إلى النتائج عبر مسارات الإخراج المسجلة
استخدام "latchbio-integration". تهيئة موارد GPU لـ AlphaFold على Latch
النتيجة المتوقعة:
- استخدام decorator @large_gpu_task لأحمال GPU
- تعيين gpu_type إلى nvidia-tesla-v100 أو nvidia-tesla-a100
- تهيئة متطلبات الذاكرة بناءً على حجم البروتين
- المنصة تتعامل مع جدولة GPU تلقائيًا
- مراقبة استخدام GPU أثناء التنفيذ
التدقيق الأمني
آمنDocumentation-only skill containing only markdown files (.md) and JSON metadata. No executable source code present. All 285 static findings are false positives caused by the scanner misinterpreting markdown code block syntax and documentation examples as executable code. The 'backtick execution' findings are markdown code delimiters, 'weak cryptographic algorithm' findings are misinterpreted Python decorators, and 'credential access' findings demonstrate legitimate Latch SDK APIs. This is standard bioinformatics documentation teaching users how to use a cloud-based workflow platform.
عوامل الخطر
⚙️ الأوامر الخارجية (6)
⚡ يحتوي على سكربتات (2)
🌐 الوصول إلى الشبكة (2)
🔑 متغيرات البيئة (2)
درجة الجودة
ماذا يمكنك بناءه
نشر تحليل خطوط أنابيب RNA-seq
إنشاء سير عمل transcriptomics كامل من التحكم في الجودة إلى تحليل التعب التفاضلي.
تشغيل تنبؤ بنية البروتين
تنفيذ مهام AlphaFold أو ColabFold مع تخصيص تلقائي لموارد GPU وcloud storage.
دمج أدوات bioinformatics المحددة
دمج سير عمل مبني مسبقًا مع خطوات مخصصة لخطوط تحليل متخصصة.
جرّب هذه الموجهات
إن��اء سير عمل Latch يعالج الملفات باستخدام decorator @small_task ويرجع نتيجة LatchFile.
تهيئة مهمة Latch لاستخدام GPU A100 لتنفيذ نموذج التعلم العميق مع مواصفات مخصصة للموارد.
إظهار كيفية تسجيل خط أنابيب Nextflow أو Snakemake موجود على منصة Latch.
إنشاء خط أنابيب RNA-seq كامل مع مهام التحكم في المحاذاة والقياس الكمي باستخدام decorators Latch.
أفضل الممارسات
- ابدأ بـ decorators المهام القياسية (@small_task و @large_task) وقم بتوسيع الموارد فقط عندما يُظهر profiling الحاجة
- استخدم type annotations وdocstrings لجميع المعلمات لـ auto-generate واجهات سير العمل
- اختبر سير العمل محليًا باستخدام Docker قبل التسجيل على المنصة
تجنب
- تجنب تخصيص الموارد المفرط - مهام GPU تكلف أكثر بكثير من مهام CPU
- لا تستخدم تهيئة الموارد الديناميكية في وقت التشغيل - يجب أن تكون decorators ثابتة
- تجنب خلط أطر سير عمل متعددة في خط أنابيب واحد دون فصل واضح