hmdb-database
البحث في قاعدة بيانات المتابولوم البشري
Auch verfügbar von: davila7
توفر هذه الأداة الوصول إلى قاعدة بيانات المتابولوم البشري التي تحتوي على أكثر من 220,000 مدخل للمتابوليتات. يمكن للباحثين البحث بالاسم الكيميائي أو البنية أو المعرف لاستعادة الخصائص والطيوف وبيانات المؤشرات الحيوية لدراسات المتابولوميات.
Die Skill-ZIP herunterladen
In Claude hochladen
Gehe zu Einstellungen → Fähigkeiten → Skills → Skill hochladen
Einschalten und loslegen
Teste es
Verwendung von "hmdb-database". ابحث عن معلومات حول الكافيين بما في ذلك معرف HMDB والوزن الجزيئي وما إذا كان مؤشراً حيوياً معروفاً.
Erwartetes Ergebnis:
- HMDB ID: HMDB0001854 (Caffeine)
- Chemical Formula: C8H10N4O2
- Molecular Weight: 194.19 g/mol
- SMILES: CN1C=NC2=C1C(=O)N(C(=O)N2C)C
- Status: Detected in blood, urine, saliva
- Biomarker Status: No - not currently listed as a disease biomarker
- Biospecimen Locations: Blood, Urine, Saliva, Breast Milk
- Concentration in Urine: Typically 0.1-10 mg/L (varies by caffeine intake)
Verwendung von "hmdb-database". ابحث عن المتابوليتات التي هي مؤشرات حيوية لمرض السكري وأظهر نطاقات تركيزها الطبيعية وغير الطبيعية في الدم.
Erwartetes Ergebnis:
- Several HMDB metabolites are associated with diabetes biomarker status:
- 1. Glucose (HMDB0000122) - Elevated in diabetic conditions
- 2. HbA1c (HMDB0000741) - Key diabetes monitoring biomarker
- 3. Fructosamine (HMDB0002044) - Short-term glucose control indicator
- Typical blood concentration ranges will be shown with age and condition considerations.
Verwendung von "hmdb-database". ما المسارات الأيضية التي تشمل الكوليسترول وما معرفات مسار SMPDB المرتبطة به؟
Erwartetes Ergebnis:
- Cholesterol (HMDB0000067) is involved in multiple pathways:
- 1. Steroid Biosynthesis (SMP0000001)
- 2. Bile Acid Biosynthesis (SMP0000012)
- 3. Lipid Metabolism (SMP0000035)
- Each pathway shows associated enzymes, reactions, and cross-references to KEGG.
Sicherheitsaudit
SicherThis is a pure documentation skill with no executable code. All 129 static findings are FALSE POSITIVES caused by markdown formatting patterns being misidentified as security issues. The backticks detected are markdown inline code spans (e.g., `accession`, `smiles`, `inchi`), not Ruby/shell command execution. The 'weak cryptographic algorithm' detections are chemical identifiers (InChI/InChIKey), not encryption. The hardcoded URLs are legitimate HMDB database endpoints essential to the skill's function. No code, network calls, file system access, or command execution exists.
Risikofaktoren
⚡ Enthält Skripte
🌐 Netzwerkzugriff
📁 Dateisystemzugriff
🔑 Umgebungsvariablen
⚙️ Externe Befehle
Qualitätsbewertung
Was du bauen kannst
تحديد المتابوليتات المجهولة
مطابقة طيوف MS أو NMR التجريبية مقابل مكتبات HMDB المرجعية لتحديد المركبات المجهولة في العينات.
البحث عن ارتباطات المؤشرات الحيوية
البحث عن المتابوليتات المرتبطة بأمراض معينة ومراجعة نطاقات التركيز للتطبيقات التشخيصية.
التحويل المتبادل للمعرفات الكيميائية
ربط مدخلات HMDB بقواعد بيانات خارجية مثل KEGG و PubChem و ChEBI لتحليل المسار المتكامل.
Probiere diese Prompts
ابحث عن معلومات حول {metabolite_name} في HMDB.Include its chemical formula, molecular weight, and SMILES string.ابحث في HMDB عن المتابوليتات التي تعمل كمؤشرات حيوية لـ {disease_name}.List their concentration ranges in relevant biofluids.ابحث عن متابوليتات HMDB ذات طيوف NMR تتطابق مع بروتون NMR بقوة 600 ميغاهرتز.ما المركبات التي لها قمم في المنطقة العطرية 7-8 جزء في المليون؟
ابحث عن معرفات مسار SMPDB للمتابوليتات في مسار {pathage_name}.Cross-reference with KEGG pathway identifiers.Bewährte Verfahren
- استشهد دائماً بـ HMDB في المنشورات باستخدام الشكل الموصى به في وثائقهم
- حدد إصدار HMDB (حالياً الإصدار 5.0) في بحثك لقابلية التكرار
- قم بتنزيل مجموعات البيانات الكاملة للتحليل واسع النطاق بدلاً من إجراء استعلامات ويب متكررة
Vermeiden
- لا تحاول تجريف الويب ضد HMDB - تواصل معهم للوصول إلى واجهة البرمجة بدلاً من ذلك
- لا تفترض أن جميع الحقول ممتلئة لكل متابوليت (بيانات التركيز متناثرة)
- لا تخلط بين بيانات الطيوف المتوقعة والبيانات التجريبية دون التحقق من مؤشرات الجودة
Häufig gestellte Fragen
كيف يمكنني الوصول إلى HMDB برمجياً؟
ما أنماط الملفات التي يمكنني تنزيلها؟
كم عدد المتابوليتات في HMDB؟
هل يمكنني استخدام HMDB لأغراض تجارية؟
بأي معرفات يمكنني البحث؟
هل يتضمن HMDB بيانات طيفية؟
Entwicklerdetails
Autor
K-Dense-AILizenz
HMDB is offered to the public as a freely available resource. Use and re-distribution of the data, in whole or in part, for commercial purposes requires explicit permission of the authors and explicit acknowledgment of the source material (HMDB) and the original publication (see the HMDB citing page). We ask that users who download significant portions of the database cite the HMDB paper in any resulting publications.
Repository
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/hmdb-databaseRef
main
Dateistruktur