gtars
تحليل الفترات الجينومية ومسارات التغطية
متاح أيضًا من: davila7
معالجة وتحليل بيانات الفترات الجينومية لأبحاث المعلوماتية الحيوية. يوفر Gtars أدوات عالية الأداء لاكتشاف التداخل وتحليل التغطية ورمز تسلسلات الجينوم لتعلم الآلة.
تنزيل ZIP المهارة
رفع في Claude
اذهب إلى Settings → Capabilities → Skills → Upload skill
فعّل وابدأ الاستخدام
اختبرها
استخدام "gtars". العثور على التداخل بين قمم ChIP-seq الخاصة mine ومحفزات الجينات
النتيجة المتوقعة:
- القمم المتداخلة: 1,234 منطقة موجودة
- توزيع القمم: 45% في مناطق المحفزات، 30% في المعززات، 25% بين الجينات
- النتائج محفوظة في peaks_in_promoters.bed
استخدام "gtars". توليد مسار التغطية من بيانات ATAC-seq
النتيجة المتوقعة:
- مسار التغطية تم إنشاؤه: atac_coverage.bw
- الدقة: 10 نقطة
- إجمالي القواعد المغطاة: 2.1 مليار
- مناطق الذروة القابلة للوصول تم تحديدها: 150,000
التدقيق الأمني
آمنAll 209 static findings are false positives. The static analyzer incorrectly flagged markdown documentation syntax as security risks. No malicious code present. This is a legitimate genomic analysis toolkit.
عوامل الخطر
⚙️ الأوامر الخارجية (3)
📁 الوصول إلى نظام الملفات (1)
درجة الجودة
ماذا يمكنك بناءه
تحليل تداخل القمم
تحديد العناصر التنظيمية المتداخلة وتسمية المتغيرات بمقارنة قمم ChIP-seq.
تصور التغطية
توليد مسارات التغطية من بيانات ATAC-seq أو ChIP-seq للتصور في متصفح الجينوم.
معالجة تعلم الآلة للجينوم
تحويل المناطق الجينومية إلى رموز منفصلة لتدريب نماذج المحولات على تسلسلات DNA.
جرّب هذه الموجهات
استخدم gtars لبناء فهرس IGD من ملف peaks.bed الخاص بي والاستعلام عن التداخل مع promoters.bed.
توليد مسار تغطية BigWig من مقاطع ATAC-seq الخاصة بي باستخدام gtars uniwig بدقة 10 نقطة.
إنشاء TreeTokenizer من ملف training_regions.bed الخاص بي وترميز الإحداثيات الجينومية لإدخال نموذج تعلم الآلة.
تقسيم ملف fragments.tsv الخاص mine بواسطة رموز الخلايا باستخدام gtars fragsplit وإخراج إلى مجلدات خاصة بالمجموعات.
أفضل الممارسات
- استخدم الوضع المعتمد على خريطة الذاكرة (mmap=True) عند معالجة ملفات جينومية كبيرة للحصول على أداء أفضل.
- أنشئ فهارس IGD مرة واحدة وأعد استخدامها لاستعلامات تداخل متعددة.
- حدد عدد الخيوط بشكل صريح لاستخدام موارد قابلة للتنبؤ في المعالجة الدفعية.
تجنب
- لا تعالج ملفات بتيرابايت دون تمكين الوضع المعتمد على خريطة الذاكرة.
- تجنب تشغيل أوامر gtars متعددة بشكل تسلسلي عندما تتوفر المعالجة المتوازية.
- لا تتخطى التحقق من التنسيق عند التكامل مع خطوط أنابيب خارجية.