المهارات gget
🧬

gget

آمن 🌐 الوصول إلى الشبكة📁 الوصول إلى نظام الملفات

الاستعلام عن قواعد البيانات الجينومية للحصول على معلومات الجينات والتسلسلات

متاح أيضًا من: davila7

توفر أداة gget وصولاً موحداً لأكثر من 20 قاعدة بيانات جينومية من خلال واجهة سطر أوامر بسيطة أو واجهة بايثون. استعلم عن معلومات الجينات، واسترجع التسلسلات، وأجري عمليات البحث BLAST، وشغّل تحليل الإثراء دون إدارة اتصالات API متعددة.

يدعم: Claude Codex Code(CC)
🥈 78 فضي
1

تنزيل ZIP المهارة

2

رفع في Claude

اذهب إلى Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

3

فعّل وابدأ الاستخدام

اختبرها

استخدام "gget". البحث عن جين BRCA1 في الإنسان

النتيجة المتوقعة:

  • تم العثور على: ENSG00000012048 (BRCA1)
  • الوصف: ارتباط BRCA1 بإصلاح الحمض النووي
  • معرف UniProt: P38398
  • الكروموسوم: 17q21.31
  • نوع البروتين: ترميز البروتين

استخدام "gget". الحصول على التعبير النسيجي لـ ACE2

النتيجة المتوقعة:

  • الكلى: التعبير الوسيط 245.3
  • الخصية: التعبير الوسيط 189.7
  • الأمعاء الدقيقة: التعبير الوسيط 156.2
  • المثانة: التعبير الوسيط 98.4

التدقيق الأمني

آمن
v4 • 1/17/2026

This is legitimate bioinformatics software. All 614 static findings are false positives: markdown code fences were misidentified as Ruby shell execution, hardcoded URLs are public genomic databases (Ensembl, UniProt, NCBI), cryptographic patterns are data integrity checksums, and the critical heuristic is standard bioinformatics behavior (network queries to public APIs + local file operations for results).

9
الملفات التي تم فحصها
3,490
الأسطر التي تم تحليلها
2
النتائج
4
إجمالي عمليات التدقيق

عوامل الخطر

🌐 الوصول إلى الشبكة (2)
references/database_info.md:22 SKILL.md:866-868
📁 الوصول إلى نظام الملفات (3)
scripts/gene_analysis.py:55-61 scripts/enrichment_pipeline.py:24-25 scripts/batch_sequence_analysis.py:97-98
تم تدقيقه بواسطة: claude عرض سجل التدقيق →

درجة الجودة

68
الهندسة المعمارية
100
قابلية الصيانة
85
المحتوى
30
المجتمع
100
الأمان
91
الامتثال للمواصفات

ماذا يمكنك بناءه

البحث السريع عن الجينات

استرجع بسرعة معلومات الجينات والتسلسلات والتعليقات التوضيحية من Ensembl وUniProt وNCBI أثناء استكشاف البحث.

تحليل الإثراء

شغّل تحليل الإثراء لمسارات الجينات والوظائف البيولوجية على قوائم الجينات لتحديد الأنماط البيولوجية والارتباطات الوظيفية.

مقارنة التسلسلات

أجري عمليات البحث BLAST وجلب بنى البروتينات لمهام تحليل التسلسلات ومقارنتها.

جرّب هذه الموجهات

البحث الأساسي عن الجينات 
استخدم gget للبحث عن الجين TP53 في الإنسان وإرجاع معرف Ensembl الخاص به ووصفه ومعرف UniProt.
استرجاع التسلسلات 
استرجع تسلسلات النوكليوتيد والبروتين لجين Ensembl ENSG00000139618 بتنسيق FASTA باستخدام gget.
البحث باستخدام BLAST 
شغّل بحث BLAST باستخدام gget للعثور على تسلسلات مشابهة لـ 'MSEQWKAVLFPLLLAAATSL...'. استخدم قاعدة البيانات nr وأرجع أفضل 5 نتائج.
تحليل الإثراء 
شغّل gget enrichr على قائمة الجينات ['TP53', 'BRCA1', 'MDM2', 'CDKN1A'] ضد قاعدة بيانات KEGG Pathways واعرض أعلى 10 مصطلحات مُثرّاة.

أفضل الممارسات

  • احرص على تحديث gget لتتوافق مع هياكل قواعد البيانات المتغيرة
  • استخدم علامة -csv لمخرجات CLI لتبسيط التحليل
  • حدّ من الاستعلامات الكبيرة لتجنب أخطاء انتهاء مهلة الخادم

تجنب

  • تشغيل آلاف الاستعلامات دون تحديد المعدل
  • استخدام إصدارات قواعد البيانات غير المُصدَّرة في سير العمل القابل للتكرار
  • تجاهل التحقق من النتائج عندما يعتمد تحليل البيانات اللاحقة على جودة البيانات

الأسئلة المتكررة

ما هي قواعد البيانات التي تستعلم منها gget؟
تستعلم gget من أكثر من 20 قاعدة بيانات تشمل Ensembl وUniProt وNCBI وPDB وKEGG وAlphaFold وARCHS4.
هل تتطلب gget مصادقة؟
لا، تستعلم gget من قواعد البيانات الجينومية العامة التي لا تتطلب مفاتيح API للاستخدام القياسي.
هل يمكنني استخدام gget في سكريبتات بايثون؟
نعم، تعمل gget كأداة CLI وحزمة بايثون. استورد gget واستدعِ gget.module() مباشرة.
كيف تتعامل gget مع حدود المعدل؟
تتضمن gget تحديد معدل مدمج. للاستعلامات ذات الحجم الكبير، فكّر في إضافة تأخيرات بين الطلبات.
ما هي الأنواع المدعومة؟
تدعم gget جميع الأنواع في Ensembl بما في ذلك الإنسان والفأر والذباب والديدان والخميرة والعديد غيرها.
ما مدى دقة نتائج الإثراء؟
يوفر Enrichr الإثراء الإحصائي باستخدام اختبار التوزيع الهندسي. عدّل حدود قيمة p بناءً على احتياجات تحليلك.

تفاصيل المطور

المؤلف

K-Dense-AI

الترخيص

BSD-2-Clause license

المستودع

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/gget

مرجع

main

بنية الملفات

📁 references/

📄 database_info.md

📄 module_reference.md

📄 workflows.md

📁 scripts/

📄 batch_sequence_analysis.py

📄 enrichment_pipeline.py

📄 gene_analysis.py

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md