etetoolkit
تحليل أشجار النشوء والتطور باستخدام مجموعة أدوات ETE
متاح أيضًا من: davila7
مجموعة أدوات ETE تبسط تحليل النشوء والتطور لأبحاث علم الأحياء التطوري. معالجة بيانات الأشجار، واكتشاف الأحداث التطورية، وإنشاء تصورات جاهزة للنشر.
تنزيل ZIP المهارة
رفع في Claude
اذهب إلى Settings → Capabilities → Skills → Upload skill
فعّل وابدأ الاستخدام
اختبرها
استخدام "etetoolkit". تحميل الشجرة وعرض الإحصائيات الأساسية
النتيجة المتوقعة:
- تم تحميل الشجرة بنجاح من 'example.nw'
- الإحصائيات الأساسية:
- - عدد الأوراق: 25
- - إجمالي العقد: 49
- - عمق الشجرة: 8
- - إجمالي طول الفروع: 2.45
- - الجذر: Node001
- تبدو الشجرة ثنائية التفرع مع دقة جيدة
استخدام "etetoolkit". العثور على الجينات المتجانسة للجين البشري
النتيجة المتوقعة:
- الجينات المتجانسة لـ human_gene1:
- - الفأر: mouse_gene1a, mouse_gene1b
- - الشimpanzee: chimpanzee_gene1
- - الغوريلا: gorilla_gene1
- - إنسان الغابة: orangutan_gene1
- اكتُشفت أحداث تضاعف: 2
- اكتُشفت أحداث تمايز: 4
استخدام "etetoolkit". إنشاء تصور دائري
النتيجة المتوقعة:
- تم إنشاء تصور الشجرة: 'phylogeny_circular.pdf'
- التخطيط: الوضع الدائري (360 درجة)
- تلوين الأوراق: حسب المجموعة التصنيفية
- إبراز القيم الداعمة: القيم >0.9 باللون الأخضر
- حجم الصورة: 1200×1200 بكسل، 300 نقطة في البوصة
التدقيق الأمني
آمنThe skill is a legitimate scientific bioinformatics tool. All 434 static findings are false positives. The 'Ruby/shell backtick' detections are markdown code block delimiters, not command execution. 'External commands' flagged are documentation examples for package installation. 'Weak cryptographic' findings are misidentified scientific function names. The Python scripts (tree_operations.py, quick_visualize.py) contain standard tree manipulation utilities with no security risks.
عوامل الخطر
📁 الوصول إلى نظام الملفات (1)
⚙️ الأوامر الخارجية (2)
درجة الجودة
ماذا يمكنك بناءه
تحديد الجينات المتجانسة من أشجار الجينات
تحليل أشجار الجينات للعثور على الجينات المتجانسة عبر الأنواع لدراسات الجينوم المقارن.
تصور العلاقات التطورية
إنشاء أشكال جاهزة للنشر تُظهر العلاقات التطورية مع تخصيص الأنماط والتعليقات التوضيحية.
معالجة مجموعات الأشجار برمجياً
معالجة مئات أشجار النشوء والتطور دفعة واحدة للتحليلات التطورية واسعة النطاق.
جرّب هذه الموجهات
تحميل شجرة النشوء والتطور من 'tree.nw' وعرض الإحصائيات الأساسية بما في ذلك عدد الأوراق والعقد الكلية وعمق الشجرة.
تحليل شجرة الجينات هذه لتحديد الجينات المتجانسة لـ 'human_gene1' وإنشاء جدول يوضح الجينات المتجانسة في كل نوع.
إنشاء تصور شجري دائري مع تلوين أسماء الأنواع حسب مجموعة التصنيف وإبراز القيم الداعمة >0.9 باللون الأخضر.
معالجة جميع ملفات .nw في الدليل: جذّر كل شجرة عند نقطة المنتصف، وأزل الفروع ذات الدعم <0.5، واحفظها كـ 'processed_[filename].nw'
أفضل الممارسات
- استخدم صنف PhyloTree لتحليل أشجار الجينات مع اكتشاف الأحداث التطورية
- احتفظ بأطوال الفروع عند تقليم الأشجار للحفاظ على الدقة النشوائية
- استخدم التنسيقات المتجهة (PDF/SVG) لأشكال النشر لضمان قابلية التوسع
تجنب
- استخدام Tree بدلاً من PhyloTree لتحليل عائلات الجينات والتحليل التطوري
- عرض الصور النقطية للنشر بدلاً من التنسيقات المتجهة
- تحميل الأشجار الكبيرة بالكامل في الذاكرة عندما يمكن للمكررات تقليل استخدام الذاكرة
الأسئلة المتكررة
ما هي صيغ الملفات التي تدعمها ETE؟
كيف أثبّت تبعيات التصور؟
لماذا يستغرق تحميل تصنيف NCBI وقتاً طويلاً؟
كيف أتعامل مع الأشجار الكبيرة جداً؟
ما هو الفرق بين صنفي Tree وPhyloTree؟
كيف أقلّم فروع الشجرة حسب القيم الداعمة؟
تفاصيل المطور
المؤلف
K-Dense-AIالترخيص
GPL-3.0 license
المستودع
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/etetoolkitمرجع
main
بنية الملفات