dnanexus-integration
دمج سير عمل منصة DNAnexus للدراسات الجينومية
متاح أيضًا من: davila7
توفر DNAnexus تحليلاً للدراسات الجينومية السحابية ولكنها تتطلب معرفة خاصة بالمنصة. تقدم هذه المهارة توثيقاً كاملاً لبناء التطبيقات وإدارة البيانات وتشغيل سير عمل المعلومات الحيوية.
تنزيل ZIP المهارة
رفع في Claude
اذهب إلى Settings → Capabilities → Skills → Upload skill
فعّل وابدأ الاستخدام
اختبرها
استخدام "dnanexus-integration". كيف يمكنني تحميل ملف FASTQ وتشغيل مراقبة الجودة؟
النتيجة المتوقعة:
- 1. أولاً المصادقة: dx login
- 2. ارفع ملفك: dx upload sample.fastq --project project-xxxx
- 3. ابحث عن أبليت QC: dx find_applets --name '*qc*'
- 4. شغل التحليل: dx run applet-xxxx -i reads=file-yyyy
- 5. راقب التقدم: dx watch job-zzzz
- 6. حمل النتائج عند الانتهاء
استخدام "dnanexus-integration". أنشئ تطبيقاً بسيطاً يصفّي القراءات بالجودة
النتيجة المتوقعة:
- حدد dxapp.json مع inputSpec لملف القراءات وoutputSpec للقراءات المُصفّاة
- استخدم مُزخرف @dxpy.entry_point('main') للدالة الرئيسية
- حمّل المدخل باستخدام dxpy.download_dxfile()
- اعالج باستخدام subprocess.call() لأداة خارجية
- ارفع المخرج باستخدام dxpy.upload_local_file()
- أعد النتيجة باستخدام dxpy.dxlink()
التدقيق الأمني
آمنAll 455 static findings are false positives. The skill is documentation for DNAnexus cloud genomics platform. The flagged 'external_commands' are legitimate DNAnexus CLI commands (dx, dxpy) in documentation code blocks. The 'weak cryptographic algorithm' findings incorrectly identified API version fields like 'dxapi: 1.0.0' as cryptographic code. The 'Windows SAM database' alert misidentified authentication documentation (DX_SECURITY_CONTEXT) as Windows system files. No malicious patterns exist.
عوامل الخطر
⚙️ الأوامر الخارجية (5)
🌐 الوصول إلى الشبكة (1)
درجة الجودة
ماذا يمكنك بناءه
معالجة بيانات التسلسل
تحميل ملفات FASTQ وتشغيل سير عمل المحاذاة واستدعاء المتغيرات وتنزيل النتائج للتحليل البحثي
بناء تطبيقات تحليل مخصصة
إنشاء تطبيقات DNAnexus للتحليلات الجينومية المتخصصة مع معالجة مدخلات ومخرجات مناسبة
تنظيم مجموعات البيانات الجينومية
البحث والتصنيف وإدارة مجموعات البيانات الجينومية الكبيرة عبر مشاريع متعددة في DNAnexus
جرّب هذه الموجهات
ساعدني في تحميل ملف FASTQ إلى DNAnexus وتشغيل تحليل مراقبة الجودة الأساسي باستخدام أبليت موجود
أحتاج إلى إنشاء تطبيق DNAnexus يأخذ مدخل FASTQ ويُخرج محاذاة BAM باستخدام BWA-MEM
أظهر لي كيفية إيجاد جميع ملفات FASTQ في مشروع وتشغيل نفس التحليل على كل منها بالتوازي
ساعدني في تكوين dxapp.json لتطبيق يحتاج samtools وbcftools وصورة Docker مخصصة مع جينومات مرجعية
أفضل الممارسات
- دائماً تحقق من صحة ملفات المدخل قبل معالجتها في تطبيقات DNAnexus
- استخدم أنواع نسخ DNAnexus المناسبة للتحليلات كثيفة الحسوب
- تضمن معالجة شاملة للأخطاء والتسجيل في التطبيقات المخصصة
تجنب
- تثبيت معرفات المشاريع أو مسارات الملفات في التطبيقات الإنتاجية
- معالجة الملفات الكبيرة دون التحقق من مساحة القرص المتاحة
- تجاهل حالات وظائف DNAnexus وظروف الأخطاء