المهارات deeptools
📦

deeptools

مراجعة المحتوى r1 مخاطر عالية ⚙️ الأوامر الخارجية📁 الوصول إلى نظام الملفات

تحليل بيانات NGS باستخدام deepTools

يتطلب تحليل NGS غالبا اختيارا دقيقا للأوامر، والتطبيع، والتحقق من الملفات. تساعد هذه المهارة المستخدمين على بناء سير عمل deepTools للتغطية، وفحص الجودة، والمقارنة، والتصور.

يدعم: Claude Codex Code(CC)
⚠️ 38 ضعيف

التثبيت باستخدام Agent لدي

انسخ هذا الطلب إلى Agent لديك. يتضمن صفحة Skill المعتمدة وملف manifest.

طلب الوكيل
Review the Skillstore skill "deeptools" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-deeptools.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-deeptools/manifest. Verify the artifact. Stop and obtain explicit user consent before installing or changing files.

يجب أن يواصل Agent عرض خطته وطلب أي تأكيد تفرضه سياسة الأمان.

موارد مهيّأة لـ Agents

استخدم هذه الروابط عندما يحتاج AI Agent أو crawler أو script إلى سياق نظيف بدلًا من قراءة الصفحة كاملة.

تفاصيل Markdown GET /skills/k-dense-ai-deeptools.md manifest موقَّع GET /api/skills/k-dense-ai-deeptools/manifest lockfile موقَّع GET /api/skills/k-dense-ai-deeptools/lockfile

اختبرها

جارٍ استخدام "deeptools". أحتاج إلى مقارنة ملفات ChIP-seq BAM للمعالجة والتحكم.

النتيجة المتوقعة:

سير عمل bamCompare موصى به مع مخرج نسبة log2، وتحجيم عدد القراءات، والتعامل مع التكرارات، وإرشادات متابعة للخريطة الحرارية.

جارٍ استخدام "deeptools". ملفات BAM الخاصة بي جاهزة، لكنني لا أعرف أي مخططات QC يجب تشغيلها.

النتيجة المتوقعة:

خطة QC تغطي ارتباط العينات وPCA وتوزيع التغطية وفحوصات حجم الأجزاء وبصمات إثراء ChIP.

جارٍ استخدام "deeptools". أريد مسارات تغطية RNA-seq خاصة بالاتجاه.

النتيجة المتوقعة:

خطة تغطية تستخدم bamCoverage مع ترشيح حسب الاتجاه، وتطبيع CPM، وتحذير بعدم تمديد قراءات RNA-seq.

التدقيق الأمني

مخاطر عالية
v7 • ٥‏/٧‏/٢٠٢٦ فتح التقرير المرتبط بالإصدار

Most SKILL.md and reference findings are false positives caused by Markdown command examples and genomics option names. The confirmed risks are in scripts/workflow_generator.py, which writes shell scripts with unescaped user-provided paths and writes to caller-selected output files. No prompt injection or data exfiltration intent was found.

8
الملفات التي تم فحصها
2,778
الأسطر التي تم تحليلها
8
عناصر المراجعة
0
تم تجاهل الإيجابيات الكاذبة

مخاوف أمنية مؤكدة (1)

مرتفع
scripts/workflow_generator.py:40-44scripts/workflow_generator.py:115-121scripts/workflow_generator.py:283-287
Generated Workflow Scripts Use Unescaped Shell Inputs
workflow_generator.py places CLI parameters such as BAM paths, BED paths, and output directories directly into bash templates. A crafted value can break quoting and run unintended shell commands when the generated script is executed.
The code assigns command-line values directly inside generated shell syntax and later uses those variables in commands. Exploitation requires running the generated workflow, so confidence is high but not absolute.
عناصر مراجعة القدرات (8)

هذه قدرات محلية حقيقية قد يُتوقع وجودها لهذه المهارة، لذا فهي تتطلب مراجعة ولكن لا تُحتسب كسلوك خبيث مؤكد.

متوسط
scripts/workflow_generator.py:35
Unix shell invocation
script = f"""#!/bin/bash
This starts a generated bash workflow template that embeds caller-provided paths and settings into shell syntax without shell escaping. The generator does not execute it immediately, but the produced script can run unintended commands if executed with crafted values.
متوسط
scripts/workflow_generator.py:110
Unix shell invocation
script = f"""#!/bin/bash
This starts a generated bash workflow template that embeds caller-provided paths and settings into shell syntax without shell escaping. The generator does not execute it immediately, but the produced script can run unintended commands if executed with crafted values.
متوسط
scripts/workflow_generator.py:229
Unix shell invocation
script = f"""#!/bin/bash
This starts a generated bash workflow template that embeds caller-provided paths and settings into shell syntax without shell escaping. The generator does not execute it immediately, but the produced script can run unintended commands if executed with crafted values.
متوسط
scripts/workflow_generator.py:278
Unix shell invocation
script = f"""#!/bin/bash
This starts a generated bash workflow template that embeds caller-provided paths and settings into shell syntax without shell escaping. The generator does not execute it immediately, but the produced script can run unintended commands if executed with crafted values.
متوسط
scripts/workflow_generator.py:101
Python file write/append
with open(output_file, 'w') as f:
The generator writes to an output path supplied through the CLI without constraining location or requiring overwrite confirmation. In an agent-driven flow, an unsafe path could overwrite local files.
متوسط
scripts/workflow_generator.py:220
Python file write/append
with open(output_file, 'w') as f:
The generator writes to an output path supplied through the CLI without constraining location or requiring overwrite confirmation. In an agent-driven flow, an unsafe path could overwrite local files.
متوسط
scripts/workflow_generator.py:269
Python file write/append
with open(output_file, 'w') as f:
The generator writes to an output path supplied through the CLI without constraining location or requiring overwrite confirmation. In an agent-driven flow, an unsafe path could overwrite local files.
متوسط
scripts/workflow_generator.py:355
Python file write/append
with open(output_file, 'w') as f:
The generator writes to an output path supplied through the CLI without constraining location or requiring overwrite confirmation. In an agent-driven flow, an unsafe path could overwrite local files.

عوامل الخطر

⚙️ الأوامر الخارجية (89)
scripts/workflow_generator.py:35 scripts/workflow_generator.py:110 scripts/workflow_generator.py:229 scripts/workflow_generator.py:278 SKILL.md:41-43 SKILL.md:43-51 SKILL.md:51-63 SKILL.md:63-67 SKILL.md:67-71 SKILL.md:71-73 SKILL.md:73-83 SKILL.md:83-96 SKILL.md:96-108 SKILL.md:108-110 SKILL.md:110-116 SKILL.md:116-118 SKILL.md:118-122 SKILL.md:122-124 SKILL.md:124-130 SKILL.md:130-135 SKILL.md:135-137 SKILL.md:137-144 SKILL.md:144-148 SKILL.md:148-151 SKILL.md:151-154 SKILL.md:154-158 SKILL.md:158-163 SKILL.md:163-166 SKILL.md:166-169 SKILL.md:169-173 SKILL.md:173-177 SKILL.md:177-182 SKILL.md:182-190 SKILL.md:190-193 SKILL.md:193-196 SKILL.md:196-200 SKILL.md:200-204 SKILL.md:204-221 SKILL.md:221-229 SKILL.md:229-230 SKILL.md:230-231 SKILL.md:231-232 SKILL.md:232-233 SKILL.md:233-235 SKILL.md:235-242 SKILL.md:242-243 SKILL.md:243 SKILL.md:246-247 SKILL.md:247 SKILL.md:248 SKILL.md:249 SKILL.md:252-253 SKILL.md:253-258 SKILL.md:258-267 SKILL.md:267-274 SKILL.md:274-275 SKILL.md:275-277 SKILL.md:277-282 SKILL.md:282-287 SKILL.md:287-293 SKILL.md:293-304 SKILL.md:304-306 SKILL.md:306-309 SKILL.md:309-310 SKILL.md:310-312 SKILL.md:312-315 SKILL.md:315 SKILL.md:318-323 SKILL.md:323-325 SKILL.md:325-388 SKILL.md:388-391 SKILL.md:391-400 SKILL.md:400-401 SKILL.md:401-402 SKILL.md:402-403 SKILL.md:403-406 SKILL.md:406-418 SKILL.md:418-435 SKILL.md:435-437 SKILL.md:437-443 SKILL.md:443-473 SKILL.md:473-474 SKILL.md:474-475 SKILL.md:475-476 SKILL.md:476-479 SKILL.md:479-488 SKILL.md:488-506 SKILL.md:506-524 SKILL.md:524-525
📁 الوصول إلى نظام الملفات (4)
scripts/workflow_generator.py:101 scripts/workflow_generator.py:220 scripts/workflow_generator.py:269 scripts/workflow_generator.py:355
دقّقه: codex عرض سجل التدقيق →
شارك واستشهد بهذا التقرير

شارك تقرير التقييم المرتبط بالإصدار والشارة المحايدة وبطاقة التضمين والاستشهادات. تعرض Skillstore الأدلة من دون أن تقرر ما إذا كانت هذه المهارة آمنة.

فتح التقرير المرتبط بالإصدار
تقييم الأمان

نسخ رابط التقرير

https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-deeptools/audits/7?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

شارة Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-deeptools/security.svg)](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-deeptools?utm_source=security_passport_badge)

شارة HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-deeptools?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-deeptools/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

بطاقة قابلة للتضمين

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-deeptools.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>
الاستشهادات الأكاديمية (APA · BibTeX · CFF)

اقتباس APA

K-Dense-AI. (2026). deeptools security audit report (audit version 7) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-deeptools/audits/7

اقتباس BibTeX

@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-deeptools-2026, author = {K-Dense-AI}, title = {deeptools security audit report (audit version 7)}, institution = {Skillstore}, year = {2026}, number = {7}, url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-deeptools/audits/7}, note = {Author version unspecified} }

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0 message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report." title: "deeptools security audit report (audit version 7)" version: "unspecified" type: report authors: - name: "K-Dense-AI" date-released: "2026-07-05" url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-deeptools/audits/7" identifiers: - type: other value: "skillstore:k-dense-ai-deeptools:audit:7" description: "Skillstore immutable audit report identifier"

مقارنة المتغيرات

2 متغيرات قابلة للتثبيت

تبقى مهارة كل مؤلف عنصراً مستقلاً قابلاً للتثبيت. يُرتب المتغير الموصى به وفق أدلة Skillstore.

سبب تصدر هذا المتغير

استخدام أعلى في Skillstore
K-Dense-AI موصى به الحالي

k-dense-ai-deeptools

تقييم Skillstore 38
موثوقية الأدلة متوسط
استخدام Skillstore 14
تم التحديث

2026-09-09

davila7

davila7-deeptools

تقييم Skillstore 38
موثوقية الأدلة متوسط
استخدام Skillstore 10
تم التحديث

2026-09-09

تقييم Skillstore

سبب هذا التقييم موثوقية الأدلة: متوسط
82
الهندسة المعمارية
85
قابلية الصيانة
87
المحتوى
70
المجتمع
78
الامتثال للمواصفات

ما الذي يمكنك بناؤه

إعداد فحص جودة ChIP-seq

إنشاء سير عمل لفحص الجودة يتضمن مخرجات الارتباط وPCA والتغطية وحجم الأجزاء والبصمة.

بناء مسارات التغطية

اختيار إعدادات التطبيع وتحويل ملفات BAM المحاذاة إلى مسارات bigWig جاهزة لمتصفح الجينوم.

تصور الإشارة التنظيمية

تصميم خطوات computeMatrix وplotHeatmap وplotProfile حول الجينات أو القمم أو المناطق الجينومية الأخرى.

جرّب هذه الموجّهات

بدء سير عمل QC 
ساعدني في إنشاء سير عمل deepTools ChIP-seq QC لملف BAM إدخال واحد وملفي ChIP BAM. اشرح كل مخرج.
اختيار التطبيع 
لدي ملفات BAM من إصدار بناء الجينوم نفسه. أوصني بطريقة تطبيع في deepTools لمقارنة الإشارة عبر العينات.
إنشاء خطة خريطة حرارية 
صمم سير عمل computeMatrix وplotHeatmap حول مناطق TSS باستخدام ملفات bigWig الخاصة بي وملف gene BED.
مراجعة سير عمل كامل 
راجع سير عمل deepTools المخطط له من أجل ATAC-seq. تحقق من تصحيح Tn5 والتطبيع وتحليل الأجزاء وخطوات الخريطة الحرارية.

أفضل الممارسات

  • تحقق من فهارس BAM وتنسيق BED وقابلية قراءة الملفات قبل تشغيل أوامر deepTools.
  • اختر التطبيع بناء على نوع التجربة وهدف المقارنة.
  • اختبر الأوامر على مناطق جينومية صغيرة قبل معالجة مجموعات البيانات الكاملة.

تجنب

  • لا تشغل نصوص shell التي تم إنشاؤها دون مراجعة مسارات الملفات ومجلدات الإخراج.
  • لا تخلط بين تجميعات الجينوم في ملفات BAM وملفات BED وقيم حجم الجينوم الفعال.
  • لا تستخدم إعدادات تمديد قراءات ChIP-seq لتحليل تغطية RNA-seq.

الأسئلة المتكررة

ما التجارب التي تدعمها هذه المهارة؟
تدعم سير عمل deepTools لكل من ChIP-seq وRNA-seq وATAC-seq وMNase-seq وتحليل إشارات NGS ذات الصلة.
هل يمكنها إنشاء نصوص قابلة للتشغيل؟
نعم. تتضمن مولد سير عمل، لكن يجب على المستخدمين مراجعة نصوص shell التي يتم إنشاؤها قبل التنفيذ.
هل تثبت deepTools؟
توفر إرشادات التثبيت، لكن يجب أن تكون deepTools والتبعيات المطلوبة متاحة في بيئة المستخدم.
هل يمكنها التحقق من ملفاتي؟
نعم. يتحقق نص التحقق المضمن من وجود الملفات، وفهارس BAM، وحجم bigWig، والتنسيق الأساسي لـ BED.
ما طريقة التطبيع التي يجب أن أستخدمها؟
تشرح المهارة RPGC وCPM وRPKM وBPM وتحجيم عدد القراءات بناء على التجربة وهدف المقارنة.
هل هي آمنة للتنفيذ الآلي؟
يجب عدم تشغيل سير العمل الذي يتم إنشاؤه تلقائيا باستخدام مسارات غير موثوقة لأن تهريب shell غير مفروض.

تفاصيل المطور

المؤلف

K-Dense-AI

الترخيص

BSD license

مراجعة Skillstore

r1

تنبيه الإصدار

لم يعلن المؤلف عن إصدار.

المستودع

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/deeptools

مرجع

a25199bc7d6b82598536822d1738eb5d5f54025b

حداثة الصيانة

١٨‏/٧‏/٢٠٢٦

الاستخدام

11 تنزيلات · 192 مشاهدات

بنية الملفات

📁 assets/

📄 quick_reference.md

📁 references/

📄 effective_genome_sizes.md

📄 normalization_methods.md

📄 tools_reference.md

📄 workflows.md

📁 scripts/

📄 validate_files.py

📄 workflow_generator.py

📄 SKILL.md

المزيد من K-Dense-AI

عرض الكل
📦

pytdc

82

تحليل مجموعات بيانات التعلم الآلي العلاجية باستخدام PyTDC

تحتاج فرق اكتشاف الأدوية إلى مجموعات بيانات موثوقة وبروتوكولات تقييم عادلة. تساعد هذه المهارة Claude على استخدام PyTDC لبيانات التعلم الآلي العلاجية المنسقة، وتقسيمات المعايير المرجعية، والمقاييس، والأوراكل الجزيئية.

البيانات والتحليلات عرض
📦

statistical-analysis

80

تحليل بيانات البحث مع إرشادات إحصائية

قد يكون اختيار الاختبارات والإبلاغ عن النتائج بطيئًا ومعرّضًا للأخطاء. توجّه هذه المهارة اختيار الاختبارات، والافتراضات، وأحجام التأثير، وتحليل القدرة الإحصائية، والخيارات البايزية، وإعداد التقارير وفق APA.

البيانات والتحليلات عرض

مهارات ذات صلة

عرض الكل
📦

pysam

76

تحليل الملفات الجينومية باستخدام Pysam

بواسطة davila7

غالبا ما يفشل التحليل الجينومي عندما يتم التعامل مع تنسيقات الملفات والفهارس وأنظمة الإحداثيات بشكل غير متسق. توفر هذه المهارة إرشادات مركزة حول pysam لكل من Claude وCodex وClaude Code لسير عمل المحاذاة والمتغيرات والتسلسلات والتغطية.

البيانات والتحليلات عرض