deeptools
تحليل بيانات NGS باستخدام deepTools
متاح أيضًا من: davila7
معالجة وتصور بيانات التسلسل من الجيل التالي. تحويل BAM إلى bigWig، وإنشاء مخططات مراقبة الجودة، وإنشاء خرائط حرارية جاهزة للنشر لتجارب ChIP-seq وRNA-seq وATAC-seq.
تنزيل ZIP المهارة
رفع في Claude
اذهب إلى Settings → Capabilities → Skills → Upload skill
فعّل وابدأ الاستخدام
اختبرها
استخدام "deeptools". إنشاء خريطة حرارية لإشارة ChIP-seq حول مناطق TSS
النتيجة المتوقعة:
- الخطوة 1: حساب المصفوفة حول TSS
- computeMatrix reference-point -S signal.bw -R genes.bed -b 3000 -a 3000 --referencePoint TSS -o matrix.gz
- الخطوة 2: إنشاء الخريطة الحرارية
- plotHeatmap -m matrix.gz -o heatmap.png --colorMap RdBu --kmeans 3
- شرح المعاملات:
- -b 3000: 3kb منقولة upstream من TSS
- -a 3000: 3kb منقولة downstream من TSS
- --kmeans 3: تجميع الجينات إلى 3 مجموعات حسب نمط الإشارة
استخدام "deeptools". فحص جودة ChIP-seq باستخدام مخطط البصمة
النتيجة المتوقعة:
- تشغيل plotFingerprint لتقييم الإثراء:
- plotFingerprint -b input.bam chip.bam -o fingerprint.png --extendReads 200 --ignoreDuplicates
- التفسير:
- - الارتفاع الحاد يشير إلى إثراء قوي لـ ChIP
- - القطرية المسطحة تشير إلى إثراء ضعيف
- - يجب أن يظهر التحكم توزيعًا شبه خطي
التدقيق الأمني
آمنAll 519 static findings are FALSE_POSITIVES. The scanner misinterpreted markdown documentation examples with backticks as shell execution, 'SAM files' (Sequence Alignment/Map format) as Windows SAM database, and mentions of bioinformatics tools (samtools, plotFingerprint) as security threats. The Python scripts perform legitimate workflow generation for NGS analysis. No actual security risks present.
عوامل الخطر
⚙️ الأوامر الخارجية (2)
📁 الوصول إلى نظام الملفات (1)
🌐 الوصول إلى الشبكة (1)
درجة الجودة
ماذا يمكنك بناءه
مراقبة الجودة لتجارب ChIP-seq
التحقق من جودة ChIP، وتقييم قوة الإثراء، ومقارنة النسخ قبل التحليل اللاحق.
توليد مسارات التغطية
إنشاء ملفات bigWig طبيعية من محاذاة BAM للتصور في متصفح الجينوم.
مقارنة العينات
مقارنة عينات متعددة مع تحليل الارتباط وإنشاء خرائط حرارية جاهزة للنشر.
جرّب هذه الموجهات
تحويل ملف sample.bam إلى مسار تغطية bigWig طبيعي باستخدام تطبيع RPGC لجينوم hg38.
فحص جودة تجربتي من ChIP-seq عن طريق إنشاء مخطط بصمة وخريطة حرارية للارتباط.
إنشاء خريطة حرارية تعرض إشارة ChIP حول مواقع بدء النسخ لبيانات H3K4me3 الخاصة بي.
إنشاء سير عمل كامل لتحليل ChIP-seq من ملفات BAM إلى خرائط حرارية تقارن العلاج مقابل التحكم الإدخالي.
أفضل الممارسات
- قم دائمًا بالتحقق من صحة ملفات BAM باستخدام نص التحقق قبل التحليل للتأكد من وجود الفهارس
- اختر طريقة التطبيع المناسبة: RPGC لـ ChIP-seq، CPM لصناديق RNA-seq، RPKM للتحليل على مستوى الجين
- استخدم --ignoreDuplicates لإزالة نسخ PCR ما لم تكن تحلل الكلونية تحديدًا
تجنب
- لا تستخدم --extendReads لتحليل RNA-seq لأنه سيمتد عبر نقاط الوصل
- تجنب خلط طرق التطبيع عند مقارنة عينات متعددة
- لا تتخطى خطوات مراقبة الجودة قبل التحليل التفصيلي
الأسئلة المتكررة
ما طريقة التطبيع التي يجب أن أستخدمها لـ ChIP-seq؟
لماذا يعطيني ملف BAM خطأ؟
هل يمكنني استخدام هذا لبيانات ATAC-seq؟
ما حجم الجينوم الذي يجب أن أستخدمه؟
كيف أقارن العلاج مقابل التحكم؟
لماذا خرائطي الحرارية فارغة؟
تفاصيل المطور
المؤلف
K-Dense-AIالترخيص
BSD license
المستودع
https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/deeptoolsمرجع
main
بنية الملفات