المهارات cobrapy
📦

cobrapy

مراجعة المحتوى r1 آمن ⚡ يحتوي على سكربتات⚙️ الأوامر الخارجية🌐 الوصول إلى الشبكة

تحليل النماذج الأيضية باستخدام COBRApy

تحتاج فرق بيولوجيا الأنظمة إلى إرشادات موثوقة لتحليلات COBRApy، بدءا من تحميل النماذج وصولا إلى دراسات التدفق. توفر هذه المهارة سير عمل مركزة وأنماط API لـ Claude وCodex وClaude Code.

يدعم: Claude Codex Code(CC)
📊 74 كافٍ

التثبيت باستخدام Agent لدي

انسخ هذا الطلب إلى Agent لديك. يتضمن صفحة Skill المعتمدة وملف manifest.

طلب الوكيل
Review the Skillstore skill "cobrapy" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-cobrapy.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-cobrapy/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

يجب أن يواصل Agent عرض خطته وطلب أي تأكيد تفرضه سياسة الأمان.

موارد مهيّأة لـ Agents

استخدم هذه الروابط عندما يحتاج AI Agent أو crawler أو script إلى سياق نظيف بدلًا من قراءة الصفحة كاملة.

تفاصيل Markdown GET /skills/k-dense-ai-cobrapy.md manifest موقَّع GET /api/skills/k-dense-ai-cobrapy/manifest lockfile موقَّع GET /api/skills/k-dense-ai-cobrapy/lockfile

اختبرها

جارٍ استخدام "cobrapy". أحتاج إلى العثور على الجينات الأساسية في نموذج E. coli.

النتيجة المتوقعة:

سير عمل منظم لتحميل النموذج، وتشغيل نمو أساسي، وتطبيق حذف جيني مفرد، وتصفية نتائج النمو، وتفسير الأساسية.

جارٍ استخدام "cobrapy". نموذجي قابل للحل، لكن عدة تدفقات لها نطاقات واسعة.

النتيجة المتوقعة:

خطة تشخيصية تستخدم FVA، وFVA بدون حلقات، وأخذ عينات التدفق، ومخططات خاصة بالتفاعلات لشرح عدم اليقين والمسارات البديلة.

جارٍ استخدام "cobrapy". أريد تحسين إنتاج الأسيتات مع الحفاظ على النمو.

النتيجة المتوقعة:

خطة تحليل إنتاج تغطي إعداد دالة الهدف المستهدفة، وقيود الحد الأدنى للنمو، ومغلفات الإنتاج، وعمليات التعطيل المرشحة، وتفسير النتائج.

التدقيق الأمني

آمن
v7 • ٦‏/٧‏/٢٠٢٦ فتح التقرير المرتبط بالإصدار

The static analyzer flagged 71 patterns, but review showed they are documentation false positives in Markdown. Python import statements, COBRApy object identifiers, code fences, and a public documentation URL do not execute commands, access secrets, or perform network activity. No semantic prompt injection or data-exfiltration intent was found.

3
الملفات التي تم فحصها
1,713
الأسطر التي تم تحليلها
0
عناصر المراجعة
0
تم تجاهل الإيجابيات الكاذبة

عوامل الخطر

⚡ يحتوي على سكربتات (4)
references/api_quick_reference.md:185-190 references/api_quick_reference.md:310-314 references/workflows.md:290-294 SKILL.md:125-130
⚙️ الأوامر الخارجية (50)
SKILL.md:22-35 SKILL.md:35-38 SKILL.md:38-43 SKILL.md:43-48 SKILL.md:48-64 SKILL.md:64-69 SKILL.md:69-85 SKILL.md:85-88 SKILL.md:88-91 SKILL.md:91-94 SKILL.md:94-97 SKILL.md:97-102 SKILL.md:102-119 SKILL.md:119-124 SKILL.md:124-148 SKILL.md:148-153 SKILL.md:153-175 SKILL.md:175-180 SKILL.md:180-195 SKILL.md:195-200 SKILL.md:200-221 SKILL.md:221-226 SKILL.md:226-240 SKILL.md:240-245 SKILL.md:245-285 SKILL.md:285-291 SKILL.md:291-303 SKILL.md:303-307 SKILL.md:307-323 SKILL.md:323-327 SKILL.md:327-344 SKILL.md:344-348 SKILL.md:348-369 SKILL.md:369-374 SKILL.md:374-393 SKILL.md:393-398 SKILL.md:398-399 SKILL.md:399-408 SKILL.md:408-412 SKILL.md:412-413 SKILL.md:413-414 SKILL.md:414-418 SKILL.md:418-427 SKILL.md:427-431 SKILL.md:431-433 SKILL.md:433-438 SKILL.md:438-439 SKILL.md:439-450 SKILL.md:450-457 SKILL.md:457-458
🌐 الوصول إلى الشبكة (1)
SKILL.md:460
لم يكتشف أحدث تدقيق ثابت ودلالي مكتمل أي نتائج أمنية مؤكدة. ولا يثبت ذلك أن المهارة خالية من الآثار الجانبية.
دقّقه: codex عرض سجل التدقيق →
شارك واستشهد بهذا التقرير

شارك تقرير التقييم المرتبط بالإصدار والشارة المحايدة وبطاقة التضمين والاستشهادات. تعرض Skillstore الأدلة من دون أن تقرر ما إذا كانت هذه المهارة آمنة.

فتح التقرير المرتبط بالإصدار
تقييم الأمان

نسخ رابط التقرير

https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-cobrapy/audits/7?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

شارة Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-cobrapy/security.svg)](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-cobrapy?utm_source=security_passport_badge)

شارة HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-cobrapy?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-cobrapy/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

بطاقة قابلة للتضمين

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-cobrapy.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>
الاستشهادات الأكاديمية (APA · BibTeX · CFF)

اقتباس APA

K-Dense-AI. (2026). cobrapy security audit report (audit version 7) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-cobrapy/audits/7

اقتباس BibTeX

@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-cobrapy-2026, author = {K-Dense-AI}, title = {cobrapy security audit report (audit version 7)}, institution = {Skillstore}, year = {2026}, number = {7}, url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-cobrapy/audits/7}, note = {Author version unspecified} }

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0 message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report." title: "cobrapy security audit report (audit version 7)" version: "unspecified" type: report authors: - name: "K-Dense-AI" date-released: "2026-07-06" url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-cobrapy/audits/7" identifiers: - type: other value: "skillstore:k-dense-ai-cobrapy:audit:7" description: "Skillstore immutable audit report identifier"

مقارنة المتغيرات

2 متغيرات قابلة للتثبيت

تبقى مهارة كل مؤلف عنصراً مستقلاً قابلاً للتثبيت. يُرتب المتغير الموصى به وفق أدلة Skillstore.

سبب تصدر هذا المتغير

استخدام أعلى في Skillstore
K-Dense-AI موصى به الحالي

k-dense-ai-cobrapy

تقييم Skillstore 74
موثوقية الأدلة مرتفع
استخدام Skillstore 13
تم التحديث

2026-09-09

davila7

davila7-cobrapy

تقييم Skillstore 74
موثوقية الأدلة مرتفع
استخدام Skillstore 7
تم التحديث

2026-09-09

تقييم Skillstore

سبب هذا التقييم موثوقية الأدلة: مرتفع
41
الهندسة المعمارية
85
قابلية الصيانة
87
المحتوى
71
المجتمع
83
الامتثال للمواصفات

ما الذي يمكنك بناؤه

تشغيل محاكاة أيضية أساسية

حمّل نموذجا، وتحقق من القابلية للحل، وشغّل FBA، وفسر مخرجات النمو والتدفق.

فحص أهداف الهندسة

قيّم تعطيل الجينات أو التفاعلات وقارن التأثيرات على النمو أو تكوين المنتج.

تدريس سير عمل COBRApy

حوّل واجهات API الأساسية في COBRApy إلى أمثلة واضحة لبنية النموذج والقيود والتحقق.

جرّب هذه الموجّهات

تحميل نموذج وفحصه 
استخدم مهارة cobrapy لشرح كيفية تحميل نموذج textbook، وفحص التفاعلات والمستقلبات والجينات، والتحقق من قابلية النمو.
تخطيط FBA وFVA 
استخدم مهارة cobrapy لتخطيط تحليل توازن التدفق وتحليل تباين التدفق لنموذج SBML الخاص بي. ضمّن خطوات التحقق والمخرجات المتوقعة.
تصميم فحص تعطيل 
استخدم مهارة cobrapy لتصميم فحص تعطيل جيني يحدد الجينات الأساسية والجينات المحايدة وتأثيرات النمو. ضمّن حدودا عملية.
تقييم استراتيجية إنتاج 
استخدم مهارة cobrapy لمقارنة مغلفات الإنتاج، وقيود الأوساط، وFVA، ومجموعات التعطيل لمستقلب مستهدف. اشرح المفاضلات.

أفضل الممارسات

  • تحقق من قابلية النموذج للحل قبل تشغيل تحليلات مكلفة أو مقارنة سيناريوهات بيولوجية.
  • استخدم مديري السياق للتغييرات المؤقتة في دالة الهدف أو الوسط أو الحدود أو التعطيل.
  • تحقق من حالة المحلل والاستقرار العددي قبل تفسير قيم النمو أو التدفق.

تجنب

  • لا تقارن نتائج التعطيل بقيمة نمو أساسية غير محددة أو قديمة.
  • لا تعدل حدود التفاعلات دون تسجيل الافتراض البيولوجي وراء كل قيد.
  • لا تعامل التنبؤات الحاسوبية كدليل تجريبي دون مراجعة متخصصة في المجال.

الأسئلة المتكررة

فيم يستخدم COBRApy؟
يدعم COBRApy التحليل القائم على القيود للنماذج الأيضية، بما في ذلك التنبؤ بالنمو، ودراسات التدفق، والتعطيل، والتحقق من صحة النموذج.
هل يمكن لهذه المهارة تحليل نماذج SBML؟
نعم. يشرح كيفية تحميل نماذج SBML وحفظها والتحقق منها وتحليلها من خلال سير عمل COBRApy.
هل تشغل هذه المهارة المحللات تلقائيا؟
لا. توفر إرشادات وأمثلة. يجب أن توفر بيئة المستخدم COBRApy، والمحللات المتوافقة، وملفات النماذج.
هل يمكنها المساعدة في دراسات تعطيل الجينات؟
نعم. تغطي سير عمل الحذف الفردي والمزدوج، وتصفية الجينات الأساسية، وتفسير تأثير النمو.
هل تدعم مهام الهندسة الأيضية؟
نعم. تشمل مغلفات الإنتاج، وقيود الأوساط، وسد الفجوات، وإرشادات استراتيجية التعطيل للمستقلبات المستهدفة.
ما الذي ينبغي للمستخدمين التحقق منه قبل الوثوق بالنتائج؟
ينبغي للمستخدمين التحقق من جودة النموذج، وحالة المحلل، واختيار دالة الهدف، والقيود، والافتراضات البيولوجية، والصلة التجريبية.

تفاصيل المطور

المؤلف

K-Dense-AI

الترخيص

GPL-2.0 license

مراجعة Skillstore

r1

تنبيه الإصدار

لم يعلن المؤلف عن إصدار.

المستودع

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/cobrapy

مرجع

b8ca75d2c0a7e7102978993058777d82b8ab2610

حداثة الصيانة

٢٦‏/٧‏/٢٠٢٦

الاستخدام

11 تنزيلات · 241 مشاهدات

بنية الملفات

📁 references/

📄 api_quick_reference.md

📄 workflows.md

📄 SKILL.md

المزيد من K-Dense-AI

عرض الكل
📦

pytdc

82

تحليل مجموعات بيانات التعلم الآلي العلاجية باستخدام PyTDC

تحتاج فرق اكتشاف الأدوية إلى مجموعات بيانات موثوقة وبروتوكولات تقييم عادلة. تساعد هذه المهارة Claude على استخدام PyTDC لبيانات التعلم الآلي العلاجية المنسقة، وتقسيمات المعايير المرجعية، والمقاييس، والأوراكل الجزيئية.

البيانات والتحليلات عرض
📦

statistical-analysis

80

تحليل بيانات البحث مع إرشادات إحصائية

قد يكون اختيار الاختبارات والإبلاغ عن النتائج بطيئًا ومعرّضًا للأخطاء. توجّه هذه المهارة اختيار الاختبارات، والافتراضات، وأحجام التأثير، وتحليل القدرة الإحصائية، والخيارات البايزية، وإعداد التقارير وفق APA.

البيانات والتحليلات عرض

مهارات ذات صلة

عرض الكل