cobrapy
تحليل النماذج الأيضية باستخدام COBRApy
متاح أيضًا من: davila7
يتطلب النمذيج الأيضي معرفة متخصصة بأساليب التحليل وإعادة البناء المستندة إلى القيود. يوفر COBRApy واجهة Python شاملة لتحليل توازن التدفق، ودراسات إيقاف الجينات، وحسابات غلاف الإنتاج لأبحاث علم الأحياء النظامية.
تنزيل ZIP المهارة
رفع في Claude
اذهب إلى Settings → Capabilities → Skills → Upload skill
فعّل وابدأ الاستخدام
اختبرها
استخدام "cobrapy". تحميل نموذج E. coli وأداء تحليل توازن التدفق
النتيجة المتوقعة:
- النموذج: iJO1366 (E. coli)
- التفاعلات: 2,583 | الأيضيات: 1,805 | الجينات: 1,398
- أقصى معدل نمو: 0.982 /h
- امتصاص الجلوكوز النشط: -8.0 mmol/gDW/h
- التدفقات الرئيسية:
- - GLCptspp: -8.0 (نقل الجلوكوز)
- - PFK: 7.5 (فوسفوفروكتوكيناز)
- - ATPM: 2.0 (تحليل ATP الصيانة)
- - BIOMASS_Ecoli_core: 0.92 (تخليق الكتلة الحيوية)
التدقيق الأمني
آمنAll 160 static findings are FALSE POSITIVES. The skill consists only of markdown documentation files containing Python code examples for the COBRApy metabolic modeling library. The scanner misidentified Python parenthesized imports as dynamic import() expressions, markdown backticks as shell command execution, metabolic modeling terminology (blocked reactions, essential genes) as system reconnaissance, and .get_by_id() method calls as credential access patterns. No executable code, network requests, credential handling, or malicious behavior present.
عوامل الخطر
⚡ يحتوي على سكربتات (4)
⚙️ الأوامر الخارجية (4)
🌐 الوصول إلى الشبكة (2)
درجة الجودة
ماذا يمكنك بناءه
التنبؤ بالجينات الأساسية
تحديد الجينات الأساسية في E. coli والكائنات الأخرى باستخدام محاكيات إيقاف الجينات الفردية والمزدوجة
تصميم سلالات الإنتاج
حساب أغلفة الإنتاج وتحديد أهداف الجينات لتحسين الإنتاج الكيميائي الحيوي
تحليل جدوى النموذج
التحقق من صحة النماذج الأيضية، وإيجاد التفاعلات المحظورة، وأداء استكشاف شامل لمساحة التدفق
جرّب هذه الموجهات
تحميل نموذج التمثيل الغذائي لـ E. coli باستخدام cobrapy، تشغيل تحليل توازن التدفق، والإبلاغ عن معدل النمو الأقصى والتدفقات الأيضية الرئيسية
أداء تحليل حذف الجينات الفردية على نموذج E. coli، تحديد جميع الجينات الأساسية (النمو < 0.01)، وتصدير النتائج إلى ملف CSV
حساب الوسط النمو الحد الأدنى لنموذج E. coli الذي يحقق 90% من أقصى نمو. إظهار العناصر الغذائية المطلوبة ومعدلات امتصاصها
حساب غلاف الإنتاج لإنتاج الأسيتات في E. coli. تغيير امتصاص الجلوكوز من 0 إلى 20 mmol/gDW/h وتحديد أقصى وأدنى حواصل الأسيتات في كل حالة
أفضل الممارسات
- تحقق دائماً من حالة الحل بعد التحسين - 'optimal' يشير إلى حل ناجح، 'infeasible' يشير إلى مشكلات في النموذج
- استخدم مديري السياق (with model:) للتعديلات المؤقتة لإرجاع التغييرات تلقائياً
- تحقق من عينات التدفق باستخدام sampler.validate() لضمان الاستقرار العددي قبل التحليل
تجنب
- لا تتخطى التحقق من جدوى النموذج باستخدام slim_optimize() قبل تشغيل التحليلات الكاملة
- تجنب تعديل الحدود مباشرة على التفاعلات - استخدم نمط مدير السياق بدلاً من ذلك
- لا تفترض أن جميع التفاعلات ستنقل التدفق - استخدم FVA لتحديد التفاعلات ذات نطاقات التدفق المتغيرة