المهارات biopython
📦

biopython

مراجعة المحتوى r1 آمن 🔑 متغيرات البيئة📁 الوصول إلى نظام الملفات🌐 الوصول إلى الشبكة⚙️ الأوامر الخارجية

تحليل بيانات البيولوجيا الجزيئية باستخدام Biopython

يتطلب عمل المعلوماتية الحيوية غالبا تحليلا دقيقا، والوصول إلى قواعد البيانات، وخطوات تحليل قابلة لإعادة الإنتاج. ترشد هذه المهارة Claude وCodex وClaude Code عبر سير عمل Biopython عملية لبيانات البيولوجيا الجزيئية.

يدعم: Claude Codex Code(CC)
📊 74 كافٍ

التثبيت باستخدام Agent لدي

انسخ هذا الطلب إلى Agent لديك. يتضمن صفحة Skill المعتمدة وملف manifest.

طلب الوكيل
Review the Skillstore skill "biopython" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-biopython.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-biopython/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

يجب أن يواصل Agent عرض خطته وطلب أي تأكيد تفرضه سياسة الأمان.

موارد مهيّأة لـ Agents

استخدم هذه الروابط عندما يحتاج AI Agent أو crawler أو script إلى سياق نظيف بدلًا من قراءة الصفحة كاملة.

تفاصيل Markdown GET /skills/k-dense-ai-biopython.md manifest موقَّع GET /api/skills/k-dense-ai-biopython/manifest lockfile موقَّع GET /api/skills/k-dense-ai-biopython/lockfile

اختبرها

جارٍ استخدام "biopython". لخص ملف FASTA يحتوي على العديد من السجلات.

النتيجة المتوقعة:

  • تحدد الاستجابة محلل SeqIO ذي الصلة واسم الصيغة.
  • توصي ببث السجلات واحدا تلو الآخر للملفات الكبيرة.
  • تصف جدول ملخص موجزا يحتوي على معرفات التسلسلات وأطوالها وأوصافها.

جارٍ استخدام "biopython". اجلب سجلات GenBank من NCBI لقائمة من أرقام الوصول.

النتيجة المتوقعة:

  • تشرح الاستجابة أن بريد Entrez الإلكتروني مطلوب قبل الطلبات.
  • توضح خطوات البحث أو الجلب، وإغلاق handle، وخيارات الصيغة.
  • تشير إلى حدود المعدل وتوصي بتخزين السجلات التي تم تنزيلها مؤقتا.

جارٍ استخدام "biopython". حلل المسافات في بنية بروتين PDB.

النتيجة المتوقعة:

  • تختار الاستجابة Bio.PDB بوصفه الوحدة ذات الصلة.
  • تشرح التسلسل الهرمي للبنية، والنموذج، والسلسلة، والبقايا، والذرة.
  • تصف كيفية مقارنة إحداثيات الذرات والإبلاغ عن مسافات قابلة للتفسير.

التدقيق الأمني

آمن
v7 • ٥‏/٧‏/٢٠٢٦ فتح التقرير المرتبط بالإصدار

All static findings were adjudicated as false positives after reviewing the referenced documentation context. The skill is a Markdown guidance package for Biopython workflows, and I found no prompt injection, credential exfiltration, hidden execution, or malicious network intent.

9
الملفات التي تم فحصها
3,935
الأسطر التي تم تحليلها
0
عناصر المراجعة
0
تم تجاهل الإيجابيات الكاذبة

عوامل الخطر

🔑 متغيرات البيئة (4)
evaluation_output.json:48 evaluation_output.json:188 references/databases.md:26 SKILL.md:59
📁 الوصول إلى نظام الملفات (6)
references/advanced.md:71 references/advanced.md:465 references/advanced.md:85 references/blast.md:28 references/blast.md:403 SKILL.md:343
🌐 الوصول إلى الشبكة (6)
references/databases.md:35 references/databases.md:25 SKILL.md:409 SKILL.md:410 SKILL.md:411 SKILL.md:412
⚙️ الأوامر الخارجية (50)
SKILL.md:48-50 SKILL.md:50-54 SKILL.md:54-60 SKILL.md:60-68 SKILL.md:68-79 SKILL.md:79-88 SKILL.md:88-92 SKILL.md:92-102 SKILL.md:102-110 SKILL.md:110-114 SKILL.md:114-124 SKILL.md:124-133 SKILL.md:133-137 SKILL.md:137-147 SKILL.md:147-157 SKILL.md:157-161 SKILL.md:161-172 SKILL.md:172-183 SKILL.md:183-187 SKILL.md:187-198 SKILL.md:198-208 SKILL.md:208-212 SKILL.md:212-223 SKILL.md:223-230 SKILL.md:230-244 SKILL.md:244-253 SKILL.md:253-260 SKILL.md:260-263 SKILL.md:263-266 SKILL.md:266-268 SKILL.md:268-271 SKILL.md:271-273 SKILL.md:273-276 SKILL.md:276-279 SKILL.md:279-282 SKILL.md:282-285 SKILL.md:285-288 SKILL.md:288-293 SKILL.md:293-299 SKILL.md:299-311 SKILL.md:311-315 SKILL.md:315-328 SKILL.md:328-332 SKILL.md:332-351 SKILL.md:351-355 SKILL.md:355-372 SKILL.md:372-405 SKILL.md:405-419 SKILL.md:419-428 SKILL.md:428-435
لم يكتشف أحدث تدقيق ثابت ودلالي مكتمل أي نتائج أمنية مؤكدة. ولا يثبت ذلك أن المهارة خالية من الآثار الجانبية.
دقّقه: codex عرض سجل التدقيق →
شارك واستشهد بهذا التقرير

شارك تقرير التقييم المرتبط بالإصدار والشارة المحايدة وبطاقة التضمين والاستشهادات. تعرض Skillstore الأدلة من دون أن تقرر ما إذا كانت هذه المهارة آمنة.

فتح التقرير المرتبط بالإصدار
تقييم الأمان

نسخ رابط التقرير

https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-biopython/audits/7?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

شارة Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-biopython/security.svg)](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-biopython?utm_source=security_passport_badge)

شارة HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-biopython?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-biopython/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

بطاقة قابلة للتضمين

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-biopython.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>
الاستشهادات الأكاديمية (APA · BibTeX · CFF)

اقتباس APA

K-Dense-AI. (2026). biopython security audit report (audit version 7) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-biopython/audits/7

اقتباس BibTeX

@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-biopython-2026, author = {K-Dense-AI}, title = {biopython security audit report (audit version 7)}, institution = {Skillstore}, year = {2026}, number = {7}, url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-biopython/audits/7}, note = {Author version unspecified} }

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0 message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report." title: "biopython security audit report (audit version 7)" version: "unspecified" type: report authors: - name: "K-Dense-AI" date-released: "2026-07-05" url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-biopython/audits/7" identifiers: - type: other value: "skillstore:k-dense-ai-biopython:audit:7" description: "Skillstore immutable audit report identifier"

مقارنة المتغيرات

2 متغيرات قابلة للتثبيت

تبقى مهارة كل مؤلف عنصراً مستقلاً قابلاً للتثبيت. يُرتب المتغير الموصى به وفق أدلة Skillstore.

سبب تصدر هذا المتغير

أعلى تقييم في Skillstore
K-Dense-AI موصى به الحالي

k-dense-ai-biopython

تقييم Skillstore 74
موثوقية الأدلة مرتفع
استخدام Skillstore 7
تم التحديث

2026-09-09

davila7

davila7-biopython

تقييم Skillstore 66
موثوقية الأدلة مرتفع
استخدام Skillstore 7
تم التحديث

2026-09-09

تقييم Skillstore

سبب هذا التقييم موثوقية الأدلة: مرتفع
45
الهندسة المعمارية
75
قابلية الصيانة
87
المحتوى
75
المجتمع
83
الامتثال للمواصفات

ما الذي يمكنك بناؤه

معالجة مجموعات بيانات التسلسلات

تحليل ملفات FASTA أو GenBank، وحساب خصائص التسلسل، وتحويل الصيغ، وبث مجموعات البيانات الكبيرة بكفاءة.

استرجاع سجلات NCBI

البحث في PubMed أو GenBank، وجلب السجلات، وتتبع روابط قواعد البيانات ذات الصلة، والالتزام بمتطلبات استخدام NCBI.

فحص بنى البروتين

قراءة ملفات PDB أو mmCIF، والتنقل بين السلاسل والبقايا، وحساب المسافات، وتصدير مناطق محددة من البنية.

جرّب هذه الموجّهات

قراءة ملفات التسلسلات 
أرني كيفية قراءة ملف FASTA باستخدام Biopython وتلخيص معرف كل تسلسل وطوله ووصفه.
البحث في سجلات NCBI 
ساعدني في البحث في NCBI PubMed عن موضوع في البيولوجيا، وجلب النتائج الأولى، وشرح إعدادات Entrez المطلوبة.
مقارنة نتائج BLAST 
أنشئ سير عمل Biopython يشغل بحث BLAST، ويحفظ النتيجة، ويحلل أفضل النتائج، ويرشحها حسب E-value.
بناء مسار تحليل 
صمم مسار Biopython قابلا لإعادة الإنتاج يحول سجلات GenBank إلى FASTA، ويحاذي التسلسلات، ويبني شجرة، ويسجل المعلمات.

أفضل الممارسات

  • اضبط بريد Entrez الإلكتروني واحترم حدود معدل NCBI قبل استخدام أمثلة قواعد البيانات عبر الإنترنت.
  • استخدم iterators ومحللات البث للملفات البيولوجية الكبيرة.
  • سجل صيغ الملفات، والعتبات، وأسماء قواعد البيانات، وإصدارات الأدوات لضمان تحليل قابل لإعادة الإنتاج.

تجنب

  • لا تضمن مفاتيح API حقيقية أو تفاصيل اتصال شخصية بشكل ثابت في السكربتات المشتركة.
  • لا تشغل طلبات BLAST عبر الويب أو Entrez كبيرة ومتكررة دون تخزين النتائج مؤقتا.
  • لا تفترض أن أسماء صيغ المحلل تطابق الملفات دون التحقق من صيغة الإدخال.

الأسئلة المتكررة

ما الغرض من هذه المهارة؟
تساعد المستخدمين على تطبيق Biopython على ملفات التسلسلات، وقواعد بيانات NCBI، ونتائج BLAST، وبنى البروتين، وأشجار الوراثة العرقية.
هل تثبت Biopython تلقائيا؟
لا. توفر توثيقا وأمثلة. يجب على المستخدمين تثبيت Biopython وأي أدوات خارجية في بيئتهم الخاصة.
هل يمكنها الوصول إلى قواعد بيانات NCBI؟
تشرح أنماط الوصول إلى Bio.Entrez. يتطلب الوصول الفعلي اتصالا بالإنترنت وإعدادات اتصال NCBI يوفرها المستخدم.
هل تدعم سير عمل BLAST؟
نعم. تغطي إرسال BLAST عبر الويب، وأغلفة أوامر BLAST المحلية، والنتائج المحفوظة، والتحليل بصيغة XML أو الصيغة الجدولية.
هل يمكنها تحليل بنى البروتين؟
نعم. تغطي تحليل Bio.PDB، والتنقل بين السلاسل والبقايا، ومسافات الذرات، والتراكب، وتصدير البنى المحددة.
هل هي مناسبة لمجموعات البيانات الكبيرة جدا؟
تتضمن إرشادات للبث والتخزين المؤقت، لكن لا يزال على المستخدمين إدارة الذاكرة، وحدود الشبكة، وموارد الحوسبة المحلية.

تفاصيل المطور

المؤلف

K-Dense-AI

الترخيص

Unknown

مراجعة Skillstore

r1

تنبيه الإصدار

لم يعلن المؤلف عن إصدار.

المستودع

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/biopython

مرجع

a25199bc7d6b82598536822d1738eb5d5f54025b

حداثة الصيانة

٢٢‏/٧‏/٢٠٢٦

الاستخدام

5 تنزيلات · 542 مشاهدات

بنية الملفات

📁 references/

📄 advanced.md

📄 alignment.md

📄 blast.md

📄 databases.md

📄 phylogenetics.md

📄 sequence_io.md

📄 structure.md

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md

المزيد من K-Dense-AI

عرض الكل
📦

pytdc

82

تحليل مجموعات بيانات التعلم الآلي العلاجية باستخدام PyTDC

تحتاج فرق اكتشاف الأدوية إلى مجموعات بيانات موثوقة وبروتوكولات تقييم عادلة. تساعد هذه المهارة Claude على استخدام PyTDC لبيانات التعلم الآلي العلاجية المنسقة، وتقسيمات المعايير المرجعية، والمقاييس، والأوراكل الجزيئية.

البيانات والتحليلات عرض
📦

statistical-analysis

80

تحليل بيانات البحث مع إرشادات إحصائية

قد يكون اختيار الاختبارات والإبلاغ عن النتائج بطيئًا ومعرّضًا للأخطاء. توجّه هذه المهارة اختيار الاختبارات، والافتراضات، وأحجام التأثير، وتحليل القدرة الإحصائية، والخيارات البايزية، وإعداد التقارير وفق APA.

البيانات والتحليلات عرض

مهارات ذات صلة

عرض الكل