المهارات biopython
🧬

biopython

آمن 🔑 متغيرات البيئة⚙️ الأوامر الخارجية📁 الوصول إلى نظام الملفات🌐 الوصول إلى الشبكة

تحليل التسلسل البيولوجي باستخدام Biopython

متاح أيضًا من: davila7

معالجة تسلسلات DNA وRNA والبروتين بكفاءة باستخدام Biopython. الوصول إلى قواعد بيانات NCBI برمجياً، وإجراء محاذاة التسلسلات، وأتمتة خطوط العمل المعقدة للبيولوجيا الحاسوبية للبحث العلمي.

يدعم: Claude Codex Code(CC)
📊 71 كافٍ
1

تنزيل ZIP المهارة

2

رفع في Claude

اذهب إلى Settings → Capabilities → Skills → Upload skill

3

فعّل وابدأ الاستخدام

اختبرها

استخدام "biopython". قراءة ملف GenBank وطباعة معلومات عن كل سجل

النتيجة المتوقعة:

  • معرف السجل: NC_001416
  • الوصف: بكتريوفاج لامدا الإشريكي، الجينوم الكامل
  • طول التسلسل: 48502 زوج قاعدي
  • محتوى GC: 49.23%
  • الميزات: 73 المجموع (الجينات والمروجين والمشغلون)

استخدام "biopython". البحث في PubMed عن CRISPR والحصول على أول 5 نتائج

النتيجة المتوقعة:

  • تم العثور على 15432 نتيجة لـ 'CRISPR'
  • PMIDs: 37253479, 37253478, 37253477, 37253476, 37253475
  • النتيجة الأولى: العنوان، المؤلفون، معلومات المجلة

التدقيق الأمني

آمن
v4 • 1/17/2026

All 546 static findings are FALSE POSITIVES. This skill contains only markdown documentation files with Python code examples for Biopython. The scanner misidentified markdown code block delimiters as shell commands, Biopython module names (Bio.Align, Bio.Phylo) as cryptographic algorithms, and documentation placeholders as real secrets. No executable code exists. This is a legitimate scientific documentation skill.

8
الملفات التي تم فحصها
3,743
الأسطر التي تم تحليلها
4
النتائج
4
إجمالي عمليات التدقيق

عوامل الخطر

🔑 متغيرات البيئة (7)
evaluation_output.json:48 evaluation_output.json:188 references/databases.md:26 references/databases.md:26 skill-report.json:219 SKILL.md:59 SKILL.md:59
⚙️ الأوامر الخارجية (415)
references/advanced.md:7-23 references/advanced.md:23-27 references/advanced.md:27-36 references/advanced.md:36-40 references/advanced.md:40-48 references/advanced.md:48-52 references/advanced.md:52-64 references/advanced.md:64-68 references/advanced.md:68-79 references/advanced.md:79-83 references/advanced.md:83-87 references/advanced.md:87-93 references/advanced.md:93-109 references/advanced.md:109-113 references/advanced.md:113-128 references/advanced.md:128-134 references/advanced.md:134-141 references/advanced.md:141-145 references/advanced.md:145-157 references/advanced.md:157-161 references/advanced.md:161-174 references/advanced.md:174-178 references/advanced.md:178-185 references/advanced.md:185-189 references/advanced.md:189-219 references/advanced.md:219-223 references/advanced.md:223-245 references/advanced.md:245-249 references/advanced.md:249-267 references/advanced.md:267-271 references/advanced.md:271-287 references/advanced.md:287-291 references/advanced.md:291-325 references/advanced.md:325-333 references/advanced.md:333-343 references/advanced.md:343-347 references/advanced.md:347-363 references/advanced.md:363-367 references/advanced.md:367-387 references/advanced.md:387-391 references/advanced.md:391-403 references/advanced.md:403-407 references/advanced.md:407-424 references/advanced.md:424-443 references/advanced.md:443-483 references/advanced.md:483-487 references/advanced.md:487-509 references/advanced.md:509-513 references/advanced.md:513-542 references/advanced.md:542-546 references/advanced.md:546-577 references/alignment.md:11 references/alignment.md:15-25 references/alignment.md:25-29 references/alignment.md:29-48 references/alignment.md:48-52 references/alignment.md:52-58 references/alignment.md:58-62 references/alignment.md:62-78 references/alignment.md:78-82 references/alignment.md:82-93 references/alignment.md:93-102 references/alignment.md:102-106 references/alignment.md:106-114 references/alignment.md:114-124 references/alignment.md:124-141 references/alignment.md:141-147 references/alignment.md:147-151 references/alignment.md:151-172 references/alignment.md:172-176 references/alignment.md:176-192 references/alignment.md:192-198 references/alignment.md:198-212 references/alignment.md:212-216 references/alignment.md:216-226 references/alignment.md:226-232 references/alignment.md:232-241 references/alignment.md:241-245 references/alignment.md:245-249 references/alignment.md:249-253 references/alignment.md:253-265 references/alignment.md:265-271 references/alignment.md:271-287 references/alignment.md:287-291 references/alignment.md:291-299 references/alignment.md:299-315 references/alignment.md:315-329 references/alignment.md:329-333 references/alignment.md:333-344 references/alignment.md:344-348 references/alignment.md:348-362 references/blast.md:11 references/blast.md:13-31 references/blast.md:31-44 references/blast.md:44-45 references/blast.md:45-48 references/blast.md:48-49 references/blast.md:49-50 references/blast.md:50-51 references/blast.md:51-55 references/blast.md:55-67 references/blast.md:67-71 references/blast.md:71-81 references/blast.md:81-89 references/blast.md:89-95 references/blast.md:95-99 references/blast.md:99-122 references/blast.md:122-126 references/blast.md:126-137 references/blast.md:137-143 references/blast.md:143-159 references/blast.md:159-171 references/blast.md:171-190 references/blast.md:190-194 references/blast.md:194-195 references/blast.md:195-196 references/blast.md:196-197 references/blast.md:197-198 references/blast.md:198-202 references/blast.md:202-212 references/blast.md:212-218 references/blast.md:218-240 references/blast.md:240-244 references/blast.md:244-255 references/blast.md:255-259 references/blast.md:259-284 references/blast.md:284-290 references/blast.md:290-311 references/blast.md:311-315 references/blast.md:315-323 references/blast.md:323-342 references/blast.md:342-363 references/blast.md:363-367 references/blast.md:367-391 references/blast.md:391-395 references/blast.md:395-415 references/blast.md:415-419 references/blast.md:419-439 references/blast.md:439-443 references/blast.md:443-455 references/databases.md:13-18 references/databases.md:18-24 references/databases.md:24-27 references/databases.md:27-43 references/databases.md:43-54 references/databases.md:54-60 references/databases.md:60-70 references/databases.md:70-74 references/databases.md:74-86 references/databases.md:86-92 references/databases.md:92-103 references/databases.md:103-109 references/databases.md:109-121 references/databases.md:121-128 references/databases.md:128-129 references/databases.md:129 references/databases.md:129-130 references/databases.md:130-133 references/databases.md:133-134 references/databases.md:134-137 references/databases.md:137-138 references/databases.md:138-144 references/databases.md:144-155 references/databases.md:155-161 references/databases.md:161-180 references/databases.md:180-186 references/databases.md:186-193 references/databases.md:193-199 references/databases.md:199-206 references/databases.md:206-212 references/databases.md:212-228 references/databases.md:228-232 references/databases.md:232-248 references/databases.md:248-252 references/databases.md:252-270 references/databases.md:270-274 references/databases.md:274-284 references/databases.md:284-288 references/databases.md:288-303 references/databases.md:303-309 references/databases.md:309-318 references/databases.md:318-322 references/databases.md:322-346 references/databases.md:346-352 references/databases.md:352-381 references/databases.md:381-385 references/databases.md:385-391 references/databases.md:391-408 references/databases.md:408-422 references/databases.md:422-428 references/databases.md:428-443 references/databases.md:443-447 references/databases.md:447-464 references/databases.md:464-468 references/databases.md:468-484 references/phylogenetics.md:19-28 references/phylogenetics.md:28-32 references/phylogenetics.md:32-38 references/phylogenetics.md:38-42 references/phylogenetics.md:42-46 references/phylogenetics.md:46-60 references/phylogenetics.md:60-75 references/phylogenetics.md:75-79 references/phylogenetics.md:79-96 references/phylogenetics.md:96-100 references/phylogenetics.md:100-109 references/phylogenetics.md:109-115 references/phylogenetics.md:115-128 references/phylogenetics.md:128-132 references/phylogenetics.md:132-153 references/phylogenetics.md:153-157 references/phylogenetics.md:157-167 references/phylogenetics.md:167-171 references/phylogenetics.md:171-194 references/phylogenetics.md:194-200 references/phylogenetics.md:200-211 references/phylogenetics.md:211-215 references/phylogenetics.md:215-223 references/phylogenetics.md:223-227 references/phylogenetics.md:227-231 references/phylogenetics.md:231-235 references/phylogenetics.md:235-246 references/phylogenetics.md:246-252 references/phylogenetics.md:252-258 references/phylogenetics.md:258-262 references/phylogenetics.md:262-279 references/phylogenetics.md:279-283 references/phylogenetics.md:283-300 references/phylogenetics.md:300-306 references/phylogenetics.md:306-327 references/phylogenetics.md:327-331 references/phylogenetics.md:331-348 references/phylogenetics.md:348-359 references/phylogenetics.md:359-363 references/phylogenetics.md:363-367 references/phylogenetics.md:367-381 references/phylogenetics.md:381-387 references/phylogenetics.md:387-405 references/phylogenetics.md:405-409 references/phylogenetics.md:409-421 references/phylogenetics.md:421-430 references/phylogenetics.md:430-440 references/phylogenetics.md:440-466 references/phylogenetics.md:466-470 references/phylogenetics.md:470-489 references/phylogenetics.md:489-493 references/phylogenetics.md:493-515 references/phylogenetics.md:515-519 references/phylogenetics.md:519-539 references/phylogenetics.md:539-543 references/phylogenetics.md:543-566 references/sequence_io.md:5 references/sequence_io.md:11-20 references/sequence_io.md:20-24 references/sequence_io.md:24-37 references/sequence_io.md:37-41 references/sequence_io.md:41-42 references/sequence_io.md:42-43 references/sequence_io.md:43-44 references/sequence_io.md:44-45 references/sequence_io.md:45-46 references/sequence_io.md:46-47 references/sequence_io.md:47-53 references/sequence_io.md:53-55 references/sequence_io.md:55-63 references/sequence_io.md:63-67 references/sequence_io.md:67-69 references/sequence_io.md:69-73 references/sequence_io.md:73-77 references/sequence_io.md:77-81 references/sequence_io.md:81-84 references/sequence_io.md:84-99 references/sequence_io.md:99-101 references/sequence_io.md:101-109 references/sequence_io.md:109-113 references/sequence_io.md:113-123 references/sequence_io.md:123-131 references/sequence_io.md:131-136 references/sequence_io.md:136-144 references/sequence_io.md:144-147 references/sequence_io.md:147-151 references/sequence_io.md:151-155 references/sequence_io.md:155-159 references/sequence_io.md:159-163 references/sequence_io.md:163-169 references/sequence_io.md:169-181 references/sequence_io.md:181-187 references/sequence_io.md:187-196 references/sequence_io.md:196-202 references/sequence_io.md:202-214 references/sequence_io.md:214-218 references/sequence_io.md:218-223 references/sequence_io.md:223-240 references/sequence_io.md:240-247 references/sequence_io.md:247-251 references/sequence_io.md:251-257 references/sequence_io.md:257-261 references/sequence_io.md:261-267 references/sequence_io.md:267-271 references/sequence_io.md:271-285 references/structure.md:11-17 references/structure.md:17-23 references/structure.md:23-35 references/structure.md:35-41 references/structure.md:41-49 references/structure.md:49-53 references/structure.md:53-67 references/structure.md:67-73 references/structure.md:73-80 references/structure.md:80-84 references/structure.md:84-91 references/structure.md:91-95 references/structure.md:95-103 references/structure.md:103-107 references/structure.md:107-115 references/structure.md:115-119 references/structure.md:119-132 references/structure.md:132-138 references/structure.md:138-151 references/structure.md:151-155 references/structure.md:155-164 references/structure.md:164-168 references/structure.md:168-178 references/structure.md:178-182 references/structure.md:182-193 references/structure.md:193-201 references/structure.md:201-220 references/structure.md:220-223 references/structure.md:223-224 references/structure.md:224-225 references/structure.md:225-226 references/structure.md:226-227 references/structure.md:227-228 references/structure.md:228-229 references/structure.md:229-230 references/structure.md:230-234 references/structure.md:234-239 references/structure.md:239-245 references/structure.md:245-264 references/structure.md:264-268 references/structure.md:268-286 references/structure.md:286-292 references/structure.md:292-309 references/structure.md:309-313 references/structure.md:313-330 references/structure.md:330-336 references/structure.md:336-356 references/structure.md:356-360 references/structure.md:360-376 references/structure.md:376-380 references/structure.md:380-408 references/structure.md:408-414 references/structure.md:414-420 references/structure.md:420-424 references/structure.md:424-430 references/structure.md:430-436 references/structure.md:436-447 references/structure.md:447-451 references/structure.md:451-470 references/structure.md:470-489 references/structure.md:489-509 references/structure.md:509-513 references/structure.md:513-539 references/structure.md:539-543 references/structure.md:543-564 SKILL.md:48-50 SKILL.md:50-54 SKILL.md:54-60 SKILL.md:60-68 SKILL.md:68-79 SKILL.md:79-88 SKILL.md:88-92 SKILL.md:92-102 SKILL.md:102-110 SKILL.md:110-114 SKILL.md:114-124 SKILL.md:124-133 SKILL.md:133-137 SKILL.md:137-147 SKILL.md:147-157 SKILL.md:157-161 SKILL.md:161-172 SKILL.md:172-183 SKILL.md:183-187 SKILL.md:187-198 SKILL.md:198-208 SKILL.md:208-212 SKILL.md:212-223 SKILL.md:223-230 SKILL.md:230-244 SKILL.md:244-253 SKILL.md:253-260 SKILL.md:260-263 SKILL.md:263-266 SKILL.md:266-268 SKILL.md:268-271 SKILL.md:271-273 SKILL.md:273-276 SKILL.md:276-279 SKILL.md:279-282 SKILL.md:282-285 SKILL.md:285-288 SKILL.md:288-293 SKILL.md:293-299 SKILL.md:299-311 SKILL.md:311-315 SKILL.md:315-328 SKILL.md:328-332 SKILL.md:332-351 SKILL.md:351-355 SKILL.md:355-372 SKILL.md:372-405 SKILL.md:405-419 SKILL.md:419-428 SKILL.md:428-435
📁 الوصول إلى نظام الملفات (6)
references/advanced.md:71 references/advanced.md:465 references/advanced.md:85 references/blast.md:28 references/blast.md:403 SKILL.md:343
🌐 الوصول إلى الشبكة (8)
references/databases.md:35 references/databases.md:25 skill-report.json:219 skill-report.json:6 SKILL.md:409 SKILL.md:410 SKILL.md:411 SKILL.md:412
تم تدقيقه بواسطة: claude عرض سجل التدقيق →

درجة الجودة

45
الهندسة المعمارية
90
قابلية الصيانة
87
المحتوى
20
المجتمع
100
الأمان
100
الامتثال للمواصفات

ماذا يمكنك بناءه

معالجة التسلسلات دفعة واحدة

معالجة ملفات FASTA الكبيرة، وحساب محتوى GC، وترجمة التسلسلات، وتحضير البيانات للتحليل اللاحق.

بناء خطوط تحليل العمل

إنشاء workflows آلية لاسترجاع التسلسلات والمحاذاة والتطور والتحليل.

تعلم البيولوجيا الحاسوبية

استكشاف عمليات التسلسل والوصول إلى قواعد البيانات والبيولوجيا الهيكلية من خلال أمثلة عملية.

جرّب هذه الموجهات

قراءة ملفات التسلسل 
أظهر لي كيفية قراءة ملف FASTA واستخراج سجلات التسلسل باستخدام Bio.SeqIO.
الوصول إلى قواعد بيانات NCBI 
اكتب كود للبحث في PubMed باستخدام Bio.Entrez وجلب أفضل 10 نتائج لاستعلام عن بروتين كيناز.
محاذاة التسلسل 
إجراء محاذاة عالمية مزدوجة بين تسلسلي DNA باستخدام Bio.Alward وإظهار درجة المحاذاة.
هيكل البروتين 
تحميل ملف PDB وحساب المسافة بين ذرتين من الكربون ألفا في سلسلة بروتين.

أفضل الممارسات

  • قم دائماً بتعيين Entrez.email عند الوصول إلى قواعد بيانات NCBI للامتثال لسياسة الاستخدام الخاصة بهم
  • استخدم iterators مثل SeqIO.parse() للملفات الكبيرة لتجنب تحميل كل شيء في الذاكرة
  • قم بتخزين التسلسلات التي تم تنزيلها مؤقتاً لتجنب طلبات الشبكة المتكررة واحترام حدود المعدل

تجنب

  • لا تضع مفاتيح API الثابتة في السكربتات؛ استخدم متغيرات البيئة بدلاً من ذلك
  • لا تتخطى معالجة الأخطاء لعمليات الشبكة التي قد تفشل بسبب مشاكل الاتصال
  • لا تعالج المحاذاة الكبيرة دون التحقق من متطلبات الذاكرة أولاً

الأسئلة المتكررة

ما هي صيغ الملفات التي يدعمها Biopython؟
FASTA، GenBank، FASTQ، EMBL، SwissProt، PDB، mmCIF، والعديد من صيغ المحاذاة الأخرى.
كيف يمكنني الوصول إلى قواعد بيانات NCBI؟
استخدم Bio.Entrez مع تعيين بريدك الإلكتروني. ابحث باستخدام esearch، وجلب باستخدام efetch، وحلل النتائج باستخدام Entrez.read.
هل يمكن لـ Biopython تشغيل عمليات البحث BLAST المحلية؟
نعم، ولكنه يتطلب تثبيت NCBI BLAST+ بشكل منفصل. استخدم Bio.Blast.Applications للتنفيذ عبر سطر الأوامر.
كيف أحسب خصائص التسلسل؟
استخدم Bio.SeqUtils لحساب محتوى GC والوزن الجزيئي ودرجة حرارة الانصهار وتحليل البروتين.
ما الفرق بين parse و read؟
parse() يُرجع iterator للسجلات المتعددة؛ read() يتوقع سجلاً واحداً بالضبط في الملف.
كيف أتعامل مع حدود المعدل مع NCBI؟
عيّن Entrez.api_key لـ 10 طلبات في الثانية، أو استخدم 3 في الثانية بدون مفتاح. أضف فترات توقف بين الطلبات.

تفاصيل المطور

المؤلف

K-Dense-AI

الترخيص

BSD-3-Clause

المستودع

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/biopython

مرجع

main

بنية الملفات

📁 references/

📄 advanced.md

📄 alignment.md

📄 blast.md

📄 databases.md

📄 phylogenetics.md

📄 sequence_io.md

📄 structure.md

📄 evaluation_output.json

📄 SKILL.md