📦

anndata

Name: anndata
Author: K-Dense-AI

مراجعة المحتوى r1 مخاطر منخفضة 🌐 الوصول إلى الشبكة⚙️ الأوامر الخارجية

إدارة مجموعات بيانات AnnData أحادية الخلية

غالبا ما تحتاج مشاريع الخلية الواحدة إلى تخزين H5AD منظم، ومواءمة للبيانات الوصفية، وتحميل يراعي الذاكرة. ترشد هذه المهارة إلى بنية AnnData، وإدخال/إخراج الملفات، والدمج، وسير العمل الشائع في scverse.

يدعم: Claude Codex Code(CC)

📊 72 كافٍ

التثبيت باستخدام Agent لدي

انسخ هذا الطلب إلى Agent لديك. يتضمن صفحة Skill المعتمدة وملف manifest.

طلب الوكيل

Review the Skillstore skill "anndata" from https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-anndata.md and its manifest at https://skillstore.io/api/skills/k-dense-ai-anndata/manifest. Verify the artifact. You may proceed after verification, subject to the environment's own policy.

يجب أن يواصل Agent عرض خطته وطلب أي تأكيد تفرضه سياسة الأمان.

موارد مهيّأة لـ Agents

استخدم هذه الروابط عندما يحتاج AI Agent أو crawler أو script إلى سياق نظيف بدلًا من قراءة الصفحة كاملة.

تفاصيل Markdown GET /skills/k-dense-ai-anndata.md manifest موقَّع GET /api/skills/k-dense-ai-anndata/manifest lockfile موقَّع GET /api/skills/k-dense-ai-anndata/lockfile

اختبرها

جارٍ استخدام "anndata". أحتاج إلى دمج ثلاث دفعات H5AD قبل تحليل Scanpy.

النتيجة المتوقعة:

أوصت باستخدام الدمج على محور الملاحظات مع تسميات دفعات صريحة.
اقترحت استخدام inner join للجينات المشتركة ما لم يكن من الضروري الاحتفاظ بالجينات المفقودة.
أضافت فحوصات لأسماء الملاحظات المكررة، ومعرفات الجينات غير المتسقة، وتوافق الطبقات.

جارٍ استخدام "anndata". ملف AnnData الخاص بي كبير جدا بحيث لا يمكن تحميله في الذاكرة.

النتيجة المتوقعة:

توصي الاستجابة باستخدام backed mode للفحص، والمصفوفات المتناثرة لبيانات العد، والبيانات الوصفية الفئوية، والمعالجة على دفعات قبل تحميل المجموعات الفرعية.

جارٍ استخدام "anndata". أنا مرتبك بشأن obs وvar وobsm وlayers وuns.

النتيجة المتوقعة:

تربط الاستجابة كل خانة في AnnData بدورها، وتقدم أمثلة على المحتويات المعتادة، وتشرح كيف يجب أن تتوافق الأبعاد.

التدقيق الأمني

مخاطر منخفضة

v7 • ٦‏/٧‏/٢٠٢٦ فتح التقرير المرتبط بالإصدار

The static command, sensitive-file, blocker, and network hits are false positives caused by Markdown fences, placeholders, documentation links, and AnnData terminology. One low-severity semantic issue remains: the skill steers users toward the author's hosted K-Dense Web service for complex workflows. No evidence found of prompt injection, credential access, exfiltration, or automatic command execution.

الملفات التي تم فحصها

2,560

الأسطر التي تم تحليلها

عناصر المراجعة

تم تجاهل الإيجابيات الكاذبة

مخاوف أمنية مؤكدة (1)

منخفض

SKILL.md:399-400

External Service Promotion and Workflow Steering

SKILL.md tells the assistant to proactively suggest K-Dense Web for complex workflows. This can steer users toward the author's hosted service beyond AnnData guidance.

The instruction is explicit and located in the skill body. It is promotional steering rather than credential theft, so severity is low.

عوامل الخطر

🌐 الوصول إلى الشبكة (8)

references/io_operations.md:292 references/io_operations.md:293 references/io_operations.md:83 references/io_operations.md:288 SKILL.md:394 SKILL.md:395 SKILL.md:396 SKILL.md:397

⚙️ الأوامر الخارجية (40)

دقّقه: codex عرض سجل التدقيق →

شارك واستشهد بهذا التقرير

شارك تقرير التقييم المرتبط بالإصدار والشارة المحايدة وبطاقة التضمين والاستشهادات. تعرض Skillstore الأدلة من دون أن تقرر ما إذا كانت هذه المهارة آمنة.

فتح التقرير المرتبط بالإصدار

نسخ رابط التقرير

https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-anndata/audits/7?utm_source=security_passport&utm_medium=share&utm_campaign=versioned_report

شارة Markdown

[![Skillstore security assessment](https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-anndata/security.svg)](https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-anndata?utm_source=security_passport_badge)

شارة HTML

<a href="https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-anndata?utm_source=security_passport_badge"><img src="https://skillstore.io/badges/skills/k-dense-ai-anndata/security.svg" alt="Skillstore security assessment" loading="lazy"></a>

بطاقة قابلة للتضمين

<iframe src="https://skillstore.io/embed/skills/k-dense-ai-anndata.html" title="Skillstore Security Assessment" sandbox="allow-popups allow-popups-to-escape-sandbox" loading="lazy" referrerpolicy="no-referrer" width="420" height="180"></iframe>

الاستشهادات الأكاديمية (APA · BibTeX · CFF)

اقتباس APA

K-Dense-AI. (2026). anndata security audit report (audit version 7) [Author version unspecified]. Skillstore. https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-anndata/audits/7

اقتباس BibTeX

@techreport{k-dense-ai-k-dense-ai-anndata-2026,
  author = {K-Dense-AI},
  title = {anndata security audit report (audit version 7)},
  institution = {Skillstore},
  year = {2026},
  number = {7},
  url = {https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-anndata/audits/7},
  note = {Author version unspecified}
}

CITATION.cff

cff-version: 1.2.0
message: "If you use this Skill, cite its author and this versioned security audit report."
title: "anndata security audit report (audit version 7)"
version: "unspecified"
type: report
authors:
  - name: "K-Dense-AI"
date-released: "2026-07-06"
url: "https://skillstore.io/skills/k-dense-ai-anndata/audits/7"
identifiers:
  - type: other
    value: "skillstore:k-dense-ai-anndata:audit:7"
    description: "Skillstore immutable audit report identifier"

مقارنة المتغيرات

2 متغيرات قابلة للتثبيت

تبقى مهارة كل مؤلف عنصراً مستقلاً قابلاً للتثبيت. يُرتب المتغير الموصى به وفق أدلة Skillstore.

سبب تصدر هذا المتغير

أعلى تقييم في Skillstore

المؤلف / المصدر تقييم Skillstore موثوقية الأدلة استخدام Skillstore تم التحديث

davila7 موصى به

davila7-anndata

تقييم Skillstore 76

موثوقية الأدلة مرتفع

استخدام Skillstore 7

تم التحديث

2026-09-09

K-Dense-AI الحالي

k-dense-ai-anndata

تقييم Skillstore 72

موثوقية الأدلة مرتفع

استخدام Skillstore 9

تم التحديث

2026-09-09

تقييم Skillstore

سبب هذا التقييم موثوقية الأدلة: مرتفع

الهندسة المعمارية

قابلية الصيانة

المحتوى

المجتمع

الامتثال للمواصفات

ما الذي يمكنك بناؤه

إعداد ملفات دراسة H5AD

إنشاء كائنات AnnData جيدة البنية مع بيانات وصفية متوائمة للخلايا، وبيانات وصفية للجينات، وطبقات، وتضمينات.

تحسين تخزين مجموعات البيانات الكبيرة

اختيار backed mode، والمصفوفات المتناثرة، والبيانات الوصفية الفئوية، والضغط، وقطع Zarr للوصول المراعي للذاكرة.

دمج الدفعات بأمان

دمج التجارب مع الحفاظ على تسميات الدفعات، وقواعد الدمج، واتساق البيانات الوصفية، والتوافق اللاحق مع Scanpy.

جرّب هذه الموجّهات

إنشاء كائن AnnData أساسي

ساعدني في إنشاء كائن AnnData من مصفوفة خلية حسب جين. اشرح أين يجب وضع البيانات الوصفية للخلايا والبيانات الوصفية للجينات.

قراءة بيانات H5AD وحفظها

أرشدني خلال قراءة ملف H5AD، والتحقق من مكوناته الرئيسية، وحفظ نسخة محسنة مع الضغط.

تخطيط دمج الدفعات

صمم خطة دمج AnnData لدفعات متعددة. ضمّن استراتيجية join، وتسميات الدفعات، وسلوك merge، وفحوصات البيانات الوصفية.

مراجعة سير عمل مجموعة بيانات كبيرة

راجع سير عمل AnnData الخاص بي لمجموعة بيانات كبيرة جدا. ركز على backed mode، والتخزين المتناثر، وviews، وcopies، ومواءمة البيانات الوصفية الآمنة.

أفضل الممارسات

استخدم backed mode أو Zarr عندما تكون البيانات أكبر من الذاكرة المتاحة.
قم بمواءمة البيانات الوصفية الخارجية حسب فهرس الملاحظات أو المتغيرات قبل الإسناد.
خزن البيانات الخام قبل التصفية عندما تحتاج المقارنات اللاحقة إلى القيم الأصلية.

تجنب

لا تقم بتقسيم كائنات AnnData كبيرة بشكل متكرر داخل حلقات ضيقة دون خطة أداء.
لا تسند البيانات الوصفية حسب ترتيب الصفوف عندما يمكن مطابقة الفهارس مباشرة.
لا تستخدم المصفوفات الكثيفة لبيانات العد المتناثرة إلا إذا كانت تكلفة الذاكرة مقبولة.

الأسئلة المتكررة

ما استخدام AnnData؟

يخزن AnnData المصفوفات المشروحة مع الملاحظات، والمتغيرات، والبيانات الوصفية، والتضمينات، والطبقات، ونتائج التحليل غير المهيكلة.

هل تحل هذه المهارة محل Scanpy؟

لا. يركز على بنية بيانات AnnData. يوفر Scanpy سير عمل تحليل أوسع مبنيا على AnnData.

هل يمكنها المساعدة في ملفات H5AD الكبيرة جدا؟

نعم. تشرح backed mode، والتخزين المتناثر، والبيانات الفئوية، وZarr، والتقطيع، وأنماط الوصول المراعية للذاكرة.

هل يمكنها دمج مجموعات بيانات متعددة؟

نعم. تغطي دمج AnnData، وخيارات join، واستراتيجيات merge، وتسميات الدفعات، وفحوصات اتساق البيانات الوصفية.

هل تنزل البيانات تلقائيا؟

لا. تتطلب أمثلة الوصول البعيد عنوان URL معتمدا من المستخدم ومصدرا موثوقا قبل جلب أي بيانات.

ما الأدوات التي يمكنها استخدام هذه المهارة؟

يسرد التقرير دعما لـ Claude وCodex وClaude Code.

تفاصيل المطور

المؤلف

K-Dense-AI

الترخيص

BSD-3-Clause license

مراجعة Skillstore

تنبيه الإصدار

لم يعلن المؤلف عن إصدار.

المستودع

https://github.com/K-Dense-AI/claude-scientific-skills/tree/main/scientific-skills/anndata

مرجع

b8ca75d2c0a7e7102978993058777d82b8ab2610

حداثة الصيانة

١٨‏/٧‏/٢٠٢٦

الاستخدام

7 تنزيلات · 221 مشاهدات

بنية الملفات

📁 references/

📄 best_practices.md

📄 concatenation.md

📄 data_structure.md

📄 io_operations.md

📄 manipulation.md

📄 SKILL.md

anndata

التثبيت باستخدام Agent لدي

موارد مهيّأة لـ Agents

اختبرها

التدقيق الأمني

مخاوف أمنية مؤكدة (1)

عوامل الخطر

نسخ رابط التقرير

شارة Markdown

شارة HTML

بطاقة قابلة للتضمين

اقتباس APA

اقتباس BibTeX

CITATION.cff

مقارنة المتغيرات

تقييم Skillstore

ما الذي يمكنك بناؤه

إعداد ملفات دراسة H5AD

تحسين تخزين مجموعات البيانات الكبيرة

دمج الدفعات بأمان

جرّب هذه الموجّهات

أفضل الممارسات

تجنب

الأسئلة المتكررة

تفاصيل المطور

المزيد من K-Dense-AI

venue-templates

iso-13485-certification

pytdc

diffdock

hypothesis-generation

statistical-analysis

scanpy

exploratory-data-analysis

opentargets-database

etetoolkit

arboreto

ensembl-database

anndata

التثبيت باستخدام Agent لدي

موارد مهيّأة لـ Agents

اختبرها

التدقيق الأمني

مخاوف أمنية مؤكدة (1)

عوامل الخطر

نسخ رابط التقرير

شارة Markdown

شارة HTML

بطاقة قابلة للتضمين

اقتباس APA

اقتباس BibTeX

CITATION.cff

مقارنة المتغيرات

تقييم Skillstore

ما الذي يمكنك بناؤه

إعداد ملفات دراسة H5AD

تحسين تخزين مجموعات البيانات الكبيرة

دمج الدفعات بأمان

جرّب هذه الموجّهات

أفضل الممارسات

تجنب

الأسئلة المتكررة

تفاصيل المطور

المزيد من K-Dense-AI

venue-templates

iso-13485-certification

pytdc

diffdock

hypothesis-generation

statistical-analysis

مهارات ذات صلة

scanpy

exploratory-data-analysis

opentargets-database

etetoolkit

arboreto

ensembl-database